hmmemit - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hmmemit - sample sequence mula sa isang profile HMM

SINOPSIS

hmmemit [mga pagpipilian] hmmfile

DESCRIPTION

Ang hmmemit mga sample ng program (naglalabas) ng mga sequence mula sa profile HMM(s) in hmmfile, at
isinusulat ang mga ito sa output. Maaaring maging kapaki-pakinabang ang mga sampling sequence para sa iba't ibang layunin,
kabilang ang paggawa ng mga sintetikong totoong positibo para sa mga benchmark o pagsubok.

Ang default ay ang sample ng isang hindi nakahanay na pagkakasunud-sunod mula sa pangunahing modelo ng posibilidad, na
nangangahulugan na ang bawat sequence ay binubuo ng isang buong-haba na domain. Bilang kahalili, kasama ang -c
opsyon, maaari kang maglabas ng isang simpleng pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan; o kasama ang -a option, ikaw
maaaring maglabas ng pagkakahanay (kung saan, malamang na gusto mo ring itakda -N sa ibang bagay
kaysa sa default nitong 1 sequence bawat modelo).

Bilang isa pang pagpipilian, kasama ang -p opsyon na maaari mong sample ng isang sequence mula sa isang ganap na na-configure
Profile sa paghahanap ng HMMER. Nangangahulugan ito ng pag-sample ng `homologous sequence' ayon sa kahulugan ng HMMER,
kabilang ang mga nonhomologous flanking sequence, lokal na pagkakahanay, at maraming domain bawat
pagkakasunud-sunod, depende sa modelo ng haba at alignment mode na pinili para sa profile.

Ang hmmfile maaaring maglaman ng library ng mga HMM, kung saan ang bawat HMM ay gagamitin sa turn.

maaaring '-' (gitling), na nangangahulugang binabasa ang input na ito mula sa si stdin sa halip na isang file.

KARANIWANG Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

-o Idirekta ang mga pagkakasunud-sunod ng output sa file , sa halip na sa stdout.

-N Patikim mga sequence bawat modelo, sa halip na isa lang.

Opsyon KONTROL ANO SA EMIT

Ang default ay sa sample N mga pagkakasunud-sunod mula sa pangunahing modelo. Bilang kahalili, maaari kang pumili
isa (at isa lamang) sa mga sumusunod na alternatibo.

-a Maglabas ng alignment para sa bawat HMM sa hmmfile sa halip na sampling hindi nakahanay
magkakasunod-sunod.

-c Maglabas ng pagkakasunud-sunod na pinagkasunduan ng maramihan-panuntunan, sa halip na mag-sample ng pagkakasunod-sunod mula sa
profile ang pamamahagi ng posibilidad ng HMM. Ang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan ay nabuo sa pamamagitan ng
pagpili ng pinakamataas na posibilidad na nalalabi sa bawat estado ng tugma.

-C Maglabas ng mas mahilig sa plurality-rule consensus sequence kaysa sa -c opsyon. Kung ang maximum
probability residue ay may p minl ipakita ito bilang isang maliit na titik na 'anumang' nalalabi (n o x); kung
p >= minl at minu ipakita ito bilang isang lower case residue; at kung p >= minu ipakita ito bilang
isang upper case residue. Ang mga default na setting ng minu at minl ay parehong 0.0, na
paraan -C nagbibigay ng parehong output bilang -c maliban kung ikaw din ang nagtakda minu at minl sa ano mo
gusto mo.

-p Sample ng mga hindi nakahanay na pagkakasunud-sunod mula sa implicit na profile sa paghahanap, hindi mula sa core
modelo. Ang pangunahing modelo ay binubuo lamang ng mga homologous na estado (sa pagitan ng simula
at mga end state ng isang HMMER Plan7 na modelo). Kasama sa profile ang nonhomologous N,
C, at J states, local/glocal at uni/multihit algorithm configuration, at ang
modelo ng target na haba. Samakatuwid, maaaring kasama ang mga pagkakasunod-sunod na na-sample mula sa isang profile
nonhomologous pati na rin homologous sequence, at maaaring maglaman ng higit sa isa
homologous sequence segment. Bilang default, ang profile ay nasa multihit local mode, at
ang target na haba ng sequence ay naka-configure para sa L=400.

Opsyon KONTROL EMISYON MULA SA MGA PROFILES

Ang mga opsyon na ito ay nangangailangan na itakda mo ang -p pagpipilian.

-L I-configure ang modelo ng target na sequence length ng profile upang makabuo ng average na haba ng
humigit-kumulang sa halip na ang default na 400.

--lokal
I-configure ang profile para sa multihit local alignment.

--unilocal
I-configure ang profile para sa unihit local alignment (Smith/Waterman).

--glokal
I-configure ang profile para sa multihit glocal alignment.

--uniglocal
I-configure ang profile para sa unihit glocal alignment.

Opsyon KONTROL FANCY KONSENSUS EMISYON

Ang mga opsyon na ito ay nangangailangan na itakda mo ang -C opsyon.

--minl
Itinatakda ang minl threshold para sa pagpapakita ng mahinang natipid na mga nalalabi bilang lower case. (0 <=
x <= 1)

--minu
Itinatakda ang minu threshold para sa pagpapakita ng mga nalalabi nang malakas bilang upper case. (0
<= x <= 1)

OTHER Opsyon

--binhi
Binhi ang random number generator gamit ang , isang integer >= 0. Kung ay nonzero, anuman
stochastic simulation ay maaaring kopyahin; ang parehong utos ay magbibigay ng pareho
resulta. Kung ay 0, ang generator ng random na numero ay na-seed nang arbitraryo, at
Ang mga stochastic simulation ay mag-iiba mula sa run hanggang run ng parehong command. Ang default
ay 0: gumamit ng di-makatwirang binhi, kaya iba hmmemit ang mga run ay bubuo ng iba
mga sample.

Gamitin ang hmmemit online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net