hmmfetch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hmmfetch - kunin ang (mga) profile na HMM mula sa isang file

SINOPSIS

hmmmfetch [mga pagpipilian]
(kinukuha ang pangalan ng HMM )

hmmmfetch -f [mga pagpipilian]
(kinukuha ang lahat ng HMM na nakalista sa )

hmmmfetch --index [mga pagpipilian]
(mga index para sa pagkuha)

DESCRIPTION

Mabilis na kinukuha ang isa o higit pang mga profile HMM mula sa isang (isang malaking database ng Pfam, para sa
halimbawa).

Para sa pinakamataas na bilis, ang dapat munang i-index, gamit ang hmmmfetch --index. ang
index ay isang binary file na pinangalanan .ssi. Gayunpaman, ito ay opsyonal, at retrieval will
gumagana pa rin mula sa hindi na-index na mga file, kahit na mas mabagal.

Ang default na mode ay upang kunin ang isang solong profile sa pamamagitan ng pangalan o pag-access, na tinatawag na .
Halimbawa:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Kasama ang -f opsyon, a na naglalaman ng isang listahan ng isa o higit pang mga key ay binabasa sa halip.
Ang unang field na nalilimitahan ng whitespace sa bawat hindi blangko na linya ng hindi komento ng
ay ginagamit bilang a , at anumang natitirang data sa linya ay binabalewala. Ito ay nagbibigay-daan sa iba't-ibang
ng mga whitespace delimited na datafile na gagamitin bilang s.

Kapag gumagamit -f at , Kung hmmfile ay na-index, ang mga susi ay nakuha sa
pagkakasunud-sunod na nangyari sa keyfile, ngunit kung hmmfile ay hindi na-index, ang mga susi ay kinukuha sa
pagkakasunud-sunod na nangyari sa hmmfile. Ito ay isang side effect ng isang pagpapatupad na nagbibigay-daan
maramihang mga susi na makukuha kahit na ang ay isang nonrewindable stream, tulad ng a
karaniwang input pipe.

Sa normal na paggamit (nang walang --index or -f mga pagpipilian), maaaring '-' (gitling), ibig sabihin
pagbabasa ng input mula sa si stdin sa halip na isang file. Kasama ang --index pagpipilian, maaaring hindi
maging '-'; hindi makatuwirang mag-index ng karaniwang input stream. Kasama ang -f pagpipilian,
alinman sa or (ngunit hindi pareho) ay maaaring '-'. Ito ay kadalasang partikular na kapaki-pakinabang
upang basahin mula sa karaniwang input, dahil pinapayagan nito ang paggamit na gumamit ng arbitrary na utos
line invocations para gumawa ng listahan ng mga pangalan o accession ng HMM, pagkatapos ay kunin ang lahat sa bago
file, sa isang utos lamang.

Bilang default, ang mga kinuhang HMM ay naka-print sa karaniwang output sa HMMER3 na format.

Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

-f Ang pangalawang commandline argument ay a sa halip na isang single . ang
unang field sa bawat linya ng ay ginagamit bilang retrieval (isang pangalan ng HMM
o pag-akyat). Ang mga blangkong linya at linya ng komento (na nagsisimula sa # character) ay
hindi pinansin

-o I-output ang (mga) HMM sa file sa halip na sa karaniwang output.

-O I-output ang (mga) HMM sa (mga) indibidwal na file na pinangalanan sa halip na karaniwang output. Sa
ang -f opsyon, maaari itong magresulta sa maraming file na nalikha.

--index
Sa halip na kunin ang isa o higit pang mga profile mula sa , i-index ang para
mga retrieval sa hinaharap. Lumilikha ito ng a .ssi binary index file.

Gamitin ang hmmfetch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net