idfetch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

idfetch - kunin ang biological data mula sa NCBI ID1 server

SINOPSIS

idfetch [-] [-F STR] [-G filename] [-Q filename] [-c N] [-d STR] [-e N] [-f STR] [-g N]
[-i N] [-l filename] [-n] [-o filename] [-q STR] [-s STR] [-t N]

DESCRIPTION

idfetch ay isang kliyente para sa ID1 server ng NCBI, na naglalaman ng malaking database ng na-annotate
mga biyolohikal na pagkakasunud-sunod.

Opsyon

Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.

- I-print ang mensahe ng paggamit

-F STR Idagdag ang mga tinukoy na uri ng tampok (comma-delimited); Ang mga pinapayagang halaga ay CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA, at microRNA.

-G filename
File na may listahan ng mga GI, (na may bersyon) na mga accession, FASTA SeqID na itatambak

-Q filename
Bumuo ng listahan ng GI sa pamamagitan ng Enrez query sa filename; nangangailangan -dn or -dp.

-c N Max complexity:
0 makuha ang buong blob (default)
1 makuha ang bioseq ng interes
2 makuha ang minimal na bioseq-set na naglalaman ng bioseq na interes
3 makuha ang kaunting nuc-prot na naglalaman ng bioseq ng interes
4 makuha ang minimal na pub-set na naglalaman ng bioseq ng interes

-d STR Database na gagamitin (kasama ang -q, maaaring alinman n para sa mga nucleotides o p para sa mga protina).

-e N Numero ng entity (numero ng pagkuha) na itatambak

-f STR Naka-flatten SeqId. Mga posibleng format:
uri([pangalan][,[pag-akyat][,[pakawalan][,bersyon]]]) bilang '5(HUMHBB)'
uri=pag-akyat
uri:numero
(uri ay isang numerong nagsasaad ng subtype ng ASN.1 Seq-id.)

-g N GI id para sa iisang Entity na itatapon

-i N Uri ng paghahanap:
0 makakuha ng Seq-entry (default)
1 makakuha ng estado ng GI (output sa stderr)
2 kumuha ng SeqIds
3 makakuha ng kasaysayan ng GI (pagbabago ng pagkakasunud-sunod lamang)
4 makakuha ng kasaysayan ng rebisyon (anumang pagbabago sa ASN.1)

-l filename
Mag-log file

-n Output lamang ang listahan ng mga GI (na may -q at -Q).

-o filename
Filename para sa output (default = stdout)

-q STR Bumuo ng listahan ng gi sa pamamagitan ng Entrez query. Nangangailangan -dn or -dp.

-s STR FASTA style SeqId NA KASAMA SA MGA SIPI. Mga format:
lcl|int or STR
bbs|int
bbm|int
gb|acc|loc
emb|acc|loc
pir|acc|pangalan
sp|acc|pangalan
tapik|bansa|patente|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|pangalan
pdb|pagpasok|kadena

-t N Uri ng output:
1 text ASN.1 (default)
2 binary ASN.1
3 GenBank (Seq-entry lang)
4 GenPept (Seq-entry lang)
5 FASTA (talahanayan para sa kasaysayan)
6 na marka ng kalidad (Seq-entry lang)
7 Entrez DocSums
8 FASTA reverse complement

Gumamit ng idfetch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net