indelible - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

indelible - malakas at nababaluktot na simulator ng biological evolution

SINOPSIS

indelible

Walang mga opsyon na maipapasa sa pamamagitan ng commandline.

DESCRIPTION

indelible maaaring gayahin ang ebolusyon ng multi-partitioned nucleotide, amino-acid, o codon
set ng data sa pamamagitan ng mga proseso ng pagpasok, pagtanggal, at pagpapalit sa tuluy-tuloy
oras. Sinusuportahan ang lahat ng karaniwang ebolusyonaryong modelo.

Ang buong dokumentasyon para sa indelible ay magagamit sa ilalim
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

Configuration

indelible binabasa ang mga setting para sa isang simulation run mula sa isang file na pinangalanan control.txt nasa
kasalukuyang direktoryo. Ang file ay nahahati sa mga bloke, na ang bawat bloke ay kumokontrol sa isa
partikular na aspeto ng simulation. Maaaring maglaman ang mga block ng karagdagang sub-block. Pwede ang mga komento
ibigay sa C o C++ na istilo. Kung indelible ay pinaandar nang walang control file na naroroon, isang
nabuo ang halimbawang file.

[URI] uri
Ang bawat control file ay dapat magsimula sa a TYPE harangan. Ang mga posibleng uri ay NUCLEOTIDE,
AMINO ACID, at CODON.

[SETTINGS]
Tinutukoy ng block na ito ang mga hindi mahalagang kagustuhan ng user gaya ng mga uri ng output file at
mga format, mga buto para sa generator ng random na numero, at kung ilalabas nang detalyado
ulat.

[MODEL] pangalan ng modelo
Nagsisimula ang block na ito ng bagong evolutionary model na gagamitin para sa simulation. Ang
partikular na mga parameter kabilang ang mga modelo ng pagpapalit, indel-rate at codon-site
ang mga modelo ay kinokontrol sa pamamagitan ng mga submodel. pangalan ng modelo maaaring maging anumang pangalan na iyong pinili.

[TREE] treename newick
Ang block na ito ay ginagamit upang tukuyin ang isang guide-tree na may ibinigay na pangalan treename.
Ang mga ebolusyonaryong distansya ay kinakatawan bilang mga haba ng sanga para sa puno NEWICK
format.

[SUNGA]
Ang mga bloke na ito ay ginagamit upang gayahin ang hindi nakatigil at hindi homogenous na mga proseso.
Maaaring tukuyin ang iba't ibang modelo sa iba't ibang sangay ng guide-tree na nagpapahintulot
sangay na magkaroon ng iba't ibang mga modelo ng pagpapalit, pamamahagi ng haba ng indel, rate
heterogeneity, base composition atbp.

[PARTITIONS] pangalan ng partisyon
Sa bawat pagtakbo, maaaring gayahin ang maraming sequence partition. Para sa bawat partisyon
kailangang tukuyin ang guide-tree, evolutionary model at sequence length.

[EVOLVE]
Sa loob ng block na ito maramihang mga replika ng partition ang maaaring mabuo.

COPYRIGHT

Copyright © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL bersyon 3 o mas bago.
Ito ay libreng software: malaya kang baguhin at ipamahagi ito. Walang WARRANTY,
sa lawak na pinahihintulutan ng batas. Ang buong teksto ng lisensya ay makukuha sa
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

Pagkilala

William Fletcher at Ziheng Yang (2009). INDELible: Isang Flexible Simulator ng Biological
Sequence Evolution, Molekular Aghambuhay at Ebolusyon 26(8): 1879-1888.

Gumamit ng indelible online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net