infoaligne - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

infoalign - Ipakita ang pangunahing impormasyon tungkol sa maramihang pagkakahanay ng pagkakasunod-sunod

SINOPSIS

infoalign -pagkakasunod-sunod seqset [-matrix matris] [-refseq pisi] -pluralidad lumutang
-pagkakakilanlan lumutang -outfile outfile [-html boolean] -isa lang boolean -heading boolean
-usa boolean -yam boolean -seqlength boolean -alignlength boolean - gaps boolean
-gapcount boolean -idcount boolean -simcount boolean -diffcount boolean
-pagbabago boolean -timbang boolean - paglalarawan boolean

infoalign -tulong

DESCRIPTION

infoalign ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng "Alignment:Multiple,Data retrieval:Sequence data"
(mga) command group.

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqset
Ang pagkakahanay ng sequence na ipapakita.

-matrix matris
Ito ang scoring matrix file na ginagamit kapag naghahambing ng mga sequence. Bilang default ito ay ang
file na 'EBLOSUM62' (para sa mga protina) o ang file na 'EDNAFULL' (para sa mga nucleic sequence). Ang mga ito
Ang mga file ay matatagpuan sa direktoryo ng 'data' ng pag-install ng EMBOSS.

-refseq pisi
Kung ibibigay mo ang numero sa alignment o ang pangalan ng isang sequence, dadalhin ito sa
maging reference sequence. Ang reference sequence ay ang laban kung saan ang lahat ng
ang iba pang mga sequence ay inihambing. Kung ito ay nakatakda sa 0 kung gayon ang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan ay magiging
ginamit bilang reference sequence. Bilang default, ginagamit ang consensus sequence bilang ang
pagkakasunud-sunod ng sanggunian.

Advanced seksyon
-pluralidad lumutang
Magtakda ng cut-off para sa % ng mga positibong tugma sa pagmamarka sa ibaba kung saan walang pinagkasunduan.
Ang default na plurality ay kinuha bilang 50% ng kabuuang bigat ng lahat ng mga sequence sa
pagkakahanay. Default na halaga: 50.0

-pagkakakilanlan lumutang
Nagbibigay ng pasilidad ng pagtatakda ng kinakailangang bilang ng mga pagkakakilanlan sa isang posisyon para sa
ito upang magbigay ng pinagkasunduan. Samakatuwid, kung ito ay nakatakda sa 100% mga hanay lamang ng mga pagkakakilanlan
mag-ambag sa pinagkasunduan. Default na halaga: 0.0

Pagbubuhos seksyon
-outfile outfile
Kung ilalagay mo ang pangalan ng isang file dito, isusulat ng program na ito ang mga detalye ng pagkakasunud-sunod
sa file na iyon.

-html boolean
Default na halaga: N

-isa lang boolean
Ito ay isang paraan ng pagpapaikli ng command line kung gusto mo lamang ng ilang bagay
ipinapakita. Sa halip na tukuyin ang: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' para makuha lang ang output ng sequence length,
maaari mong tukuyin ang '-only -seqlength' Default na halaga: N

-heading boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-usa boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-yam boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-seqlength boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-alignlength boolean
Default na halaga: @(!$(only))

- gaps boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-gapcount boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-idcount boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-simcount boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-diffcount boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-pagbabago boolean
Default na halaga: @(!$(only))

-timbang boolean
Default na halaga: @(!$(only))

- paglalarawan boolean
Default na halaga: @(!$(only))

Gumamit ng infoaligne online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net