Ito ang command insegt na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
insegt - Intersecting SEcond Generation sequencing daTa na may annotation
SINOPSIS
insegt [OPSYON]
DESCRIPTION
Ang INSEGT ay isang tool para pag-aralan ang mga alignment ng RNA-Seq reads (single-end o paired-end)
sa pamamagitan ng paggamit ng mga gene-annotation.
Ang input sa INSEGT ay isang SAM file na naglalaman ng mga alignment at isang file na naglalaman ng
mga anotasyon ng reference genome, alinman sa GFF o GTF na format.
-h, - Tumulong
Ipinapakita ang mensahe ng tulong na ito.
--bersyon
Ipakita ang impormasyon ng bersyon
Mga Pagpipilian: :
-ro, --read-output FILE
Output filename para sa read-output, na naglalaman ng mga nakamapang anotasyon na sinusundan ng
kanilang annotation ng magulang. Ang wastong uri ng file ay: gff.
-sa, --anno-output FILE
Output filename para sa anno-output, na naglalaman ng mga anotasyong katulad ng GFF
input at bilang karagdagan sa mga bilang ng mga nakamapang nabasa at ang normalized na expression
mga antas sa RPKM. Ang wastong uri ng file ay: gff.
-sa, --tuple-output FILE
Output filename para sa tuple-output, na naglalaman ng mga exon tuple na konektado ng reads o
magkapares. Ang wastong uri ng file ay: gff.
-fo, --fusion-output STR
Output filename para sa fusion-output, na naglalaman ng exon tuple ng mga gene fusion
(Advanced na opsyon, kasalukuyang walang output port para sa KNIME). Isa sa gff.
-n, --tuple Int
ntuple Default: 2.
-o, --offset-interval Int
Offset sa maikling alignment-intervals para sa paghahanap. Default: 5.
-t, --threshold-gaps Int
Threshold para sa mga pinapayagang gaps sa alignment (hindi introns). Default: 5.
-c, --bilang ng threshold Int
Threshold para sa min. bilang ng tuple para sa output. Default: 1.
-r, --threshold-rpkm DOUBLE
Threshold para sa min. RPKM ng tuple para sa output. Default: 0.0.
-m, --max-tuple
Lumikha lamang ng maxTuple (na sinasaklaw ng buong nabasa).
-e, --eksaktong-ntuple
Lumikha lamang ng Tuple ng eksaktong haba n. Bilang default, lahat ng tuple hanggang sa ibinigay na haba
ay nakalkula (kung -m ay nakatakda, -e ay hindi papansinin).
-u, --hindi kilalang-orientation
Hindi alam ang oryentasyon ng mga nabasa.
HALIMBAWA
insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff
Patakbuhin ang INSEGT sa mga halimbawang file na may mga default na parameter.
insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff
Patakbuhin ang INSEGT sa mga halimbawang file at kalkulahin lamang ang maxTuple.
insegt -c 2 halimbawa/alignments.sam example/annotation.gff
Patakbuhin ang INSEGT sa mga halimbawang file at output lang ang tuple na may min. bilang ng 2.
VERSION
insegt na bersyon: 1.0 Huling na-update noong 2012-09-11
Gamitin ang insegt online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
