Ito ang command na kmer-mask na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
kmer-mask - mask at filter na hanay ng mga nucleotide sequence ayon sa nilalaman ng kmer
SINOPSIS
kmer-mask {-nobela|-nakumpirma} [-mdb mer-database] [-MS mer-size] [-edb umiiral-database] [-m
min-size] [-e extend-size] [-lowthreshold l] [-highthreshold h] [-t mga thread] [-v] [-h
histogram] [-promote|-demote|- itapon] -1 sa.1.fastq [-2 sa.2.fastq] -o output-prefix
DESCRIPTION
I-mask at i-filter ang hanay ng mga sequence (ipinapalagay na binabasa) ayon sa nilalaman ng kmer. Ang masking ay maaaring
ginawa upang mapanatili ang pagkakasunud-sunod ng nobela na wala sa database, o upang mapanatili ang nakumpirmang pagkakasunod-sunod na naroroon
sa database. Ihihiwalay ng pag-filter ang mga sequence nang buo, bahagyang o hindi naka-mask.
Opsyon
-mdb mer-database
load masking kmers mula sa meryl(1) mer-database
-MS mer-size
-edb umiiral-database
save masking kmers to an existDB(1) file umiiral-database para sa mas mabilis na pag-restart
-1 sa.1.fastq
-2 sa.2.fastq
binabasa ng input ang mga file sa fastq, fastq.gz, fastq.bz2 o fastq.xz na format. Ang pangalawa ay
opsyonal, ngunit ginulo ang pag-uuri ng output kung hindi naroroon.
-o Palabas
prefix para sa output reads
Palabas.ganap na nakamaskara.[12].mabilisq
nagbabasa na may mga nasa ibabang 'lowthreshold' na mga base na pinanatili
Palabas. bahagyang nakamask.[12].mabilisq
nagbabasa sa pagitan
Palabas.napanatili.[12].mabilisq
nagbabasa nang higit pa sa mga base na 'hightreshold' na napanatili
Palabas.tinapon.[12].mabilisq
nagbabasa na may magkasalungat na katayuan
-m min-size
huwag pansinin ang database hits sa ibaba nitong maraming magkakasunod na kmer (0)
-e extend-size
pahabain ang mga hit ng database sa maraming nawawalang kmer (0)
-nobela PANATILIIN ang pagkakasunod-sunod ng nobela na wala sa database
-nakumpirma
Panatilihin ang nakumpirma na pagkakasunod-sunod na naroroon sa database
-promote
isulong ang mas mababang RETAINED read sa status ng mas RETAINED read
read1=fullymasked at read2=partiallymasked -> pareho ay partiallymasked
-demote
i-demote ang mas RETAINED read sa status ng lesser RETAINED read
read1=fullymasked at read2=partiallymasked -> pareho ay ganap na nakamask
- itapon
itapon ang mga pares na may magkasalungat na katayuan (DEFAULT) read1=fullymasked at
read2=partiallymasked -> pareho ay itinapon
stats on stderr, numero of pagkakasunud-sunod sa dami NAPITILI:
-lowthreshold t
(0.3333)
-highthreshold t
(0.6667)
-h histogram
sumulat ng histogram ng dami ng pagkakasunod-sunod na NAPITILI
-t t gamitin t kalkulahin ang mga thread
-v ipakita ang pag-unlad
Gumamit ng kmer-mask online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
