InglesPransesEspanyol

Patakbuhin ang mga server | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks favicon

linsi - Online sa Cloud

Patakbuhin ang linsi sa OnWorks na libreng hosting provider sa Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

Ito ang command linsi na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

PROGRAMA:

NAME


mafft - Multiple alignment program para sa amino acid o nucleotide sequence

SINOPSIS


mafft [pagpipilian] input [> output]

Linsi. input [> output]

ginsi input [> output]

einsi input [> output]

fftnsi input [> output]

fftns input [> output]

nwns input [> output]

nwnsi input [> output]

mafft-profile group1 group2 [> output]

input, group1 at group2 dapat nasa FASTA na format.

DESCRIPTION


MAFFT ay isang multiple sequence alignment program para sa unix-like na operating system. Nag-aalok ito
isang hanay ng maramihang paraan ng pag-align.

Nakatuon sa katumpakan paraan:
· L-INS-i (marahil pinakatumpak; inirerekomenda para sa <200 sequence; umuulit na pagpipino
pamamaraan na nagsasama ng lokal na impormasyon ng pairwise alignment):

mafft --localpair --maxiterate 1000 input [> output]

Linsi. input [> output]

· G-INS-i (angkop para sa mga pagkakasunud-sunod ng magkatulad na haba; inirerekomenda para sa <200 mga pagkakasunud-sunod;
iterative refinement method na nagsasama ng pandaigdigang pairwise alignment na impormasyon):

mafft --globalpair --maxiterate 1000 input [> output]

ginsi input [> output]

· E-INS-i (angkop para sa mga pagkakasunud-sunod na naglalaman ng malalaking hindi nakahanay na mga rehiyon; inirerekomenda para sa
<200 sequence):

mafft --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 input [> output]

einsi input [> output]

Para sa E-INS-i, ang --ep 0 ang opsyon ay inirerekomenda upang payagan ang malalaking gaps.

Bilis-oriented paraan:
· FFT-NS-i (paraan ng umuulit na refinement; dalawang cycle lang):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 input [> output]

fftnsi input [> output]

· FFT-NS-i (paraan ng umuulit na refinement; max. 1000 na mga pag-ulit):

mafft --retree 2 --maxiterate 1000 input [> output]

· FFT-NS-2 (mabilis; progresibong paraan):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 input [> output]

fftns input [> output]

· FFT-NS-1 (napakabilis; inirerekomenda para sa >2000 sequence; progresibong pamamaraan na may magaspang
puno ng gabay):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 input [> output]

· NW-NS-i (paraan ng umuulit na refinement nang walang pagtatantya ng FFT; dalawang cycle lang):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft input [> output]

nwnsi input [> output]

· NW-NS-2 (mabilis; progresibong pamamaraan nang walang pagtatantya ng FFT):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft input [> output]

nwns input [> output]

· NW-NS-PartTree-1 (inirerekomenda para sa ~10,000 hanggang ~50,000 sequence; progresibong paraan
gamit ang PartTree algorithm):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree input [> output]

Pangkat-pangkat mga pagkakahanay

mafft-profile group1 group2 [> output]

o:

mafft --maxiterate 1000 --binhi group1 --binhi group2 /dev/null [> output]

Opsyon


Algorithm
--auto
Awtomatikong pumipili ng naaangkop na diskarte mula sa L-INS-i, FFT-NS-i at FFT-NS-2,
ayon sa laki ng data. Default: naka-off (laging FFT-NS-2)

--6merpair
Ang distansya ay kinakalkula batay sa bilang ng mga nakabahaging 6mer. Default: naka-on

--globalpair
Ang lahat ng pairwise alignment ay kinukuwenta gamit ang Needleman-Wunsch algorithm. Higit pa
tumpak ngunit mas mabagal kaysa --6merpair. Angkop para sa isang set ng globally alignable
mga pagkakasunod-sunod. Naaangkop sa hanggang ~200 sequence. Isang kumbinasyon na may --maxiterate 1000
ay inirerekomenda (G-INS-i). Default: naka-off (6mer na distansya ang ginagamit)

--localpair
Ang lahat ng pairwise alignment ay kinukuwenta gamit ang Smith-Waterman algorithm. Mas sakto
ngunit mas mabagal kaysa --6merpair. Angkop para sa isang hanay ng mga lokal na alignable na pagkakasunud-sunod.
Naaangkop sa hanggang ~200 sequence. Ang kumbinasyon sa --maxiterate 1000 ay
inirerekomenda (L-INS-i). Default: naka-off (6mer na distansya ang ginagamit)

--genafpair
Ang lahat ng pairwise alignment ay kinukuwenta gamit ang isang lokal na algorithm na may pangkalahatan
affine gap cost (Altschul 1998). Mas tumpak ngunit mas mabagal kaysa sa --6merpair. Angkop
kapag inaasahan ang malalaking panloob na puwang. Naaangkop sa hanggang ~200 sequence. A
Ang kumbinasyon sa --maxiterate 1000 ay inirerekomenda (E-INS-i). Default: naka-off (6mer
ginagamit ang distansya)

--fastapair
Ang lahat ng pairwise alignment ay kinukuwenta gamit ang FASTA (Pearson at Lipman 1988). Ang FASTA ay
kailangan. Default: naka-off (6mer na distansya ang ginagamit)

--weighti numero
Weighting factor para sa consistency term na kinakalkula mula sa pairwise alignment. Wasto
kapag ang alinman sa --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair o --blastpair ay
pinili. Default: 2.7

--retree numero
Ang puno ng gabay ay itinayo numero beses sa progresibong yugto. May bisa sa 6mer na distansya.
Default: 2

--maxiterate numero
numero ang mga siklo ng umuulit na pagpipino ay isinasagawa. Default: 0

--fft
Gumamit ng FFT approximation sa group-to-group alignment. Default: naka-on

--nofft
Huwag gumamit ng FFT approximation sa group-to-group alignment. Default: naka-off

--noscore
Ang marka ng pagkakahanay ay hindi sinusuri sa yugto ng umuulit na pagpipino. Default: naka-off (iskor
ay naka-check)

--memsave
Gamitin ang Myers-Miller (1988) algorithm. Default: awtomatikong naka-on kapag ang
ang haba ng pagkakahanay ay lumampas sa 10,000 (aa/nt).

--parttree
Gumamit ng mabilis na paraan ng pagbuo ng puno (PartTree, Katoh at Toh 2007) na may 6mer na distansya.
Inirerekomenda para sa isang malaking bilang (> ~10,000) ng mga sequence ay input. Default: naka-off

--dpparttree
Ang PartTree algorithm ay ginagamit sa mga distansya batay sa DP. Bahagyang mas tumpak at
mas mabagal kaysa --parttree. Inirerekomenda para sa isang malaking bilang (> ~10,000) ng mga sequence ay
input. Default: naka-off

--fastaparttree
Ang PartTree algorithm ay ginagamit sa mga distansya batay sa FASTA. Medyo mas tumpak
at mas mabagal kaysa --parttree. Inirerekomenda para sa isang malaking bilang (> ~10,000) ng mga sequence
ay input. Kinakailangan ang FASTA. Default: naka-off

--partsize numero
Ang bilang ng mga partisyon sa PartTree algorithm. Default: 50

--grupo numero
Huwag gawing mas malaki ang pagkakahanay kaysa numero mga pagkakasunod-sunod. May bisa lang sa --*parttree
mga pagpipilian. Default: ang bilang ng mga sequence ng input

Parametro
--op numero
Gap opening penalty sa group-to-group alignment. Default: 1.53

--ep numero
Offset na halaga, na gumagana tulad ng parusa sa extension ng gap, para sa pag-align ng grupo-sa-grupo.
Default: 0.123

--lop numero
Gap opening penalty sa lokal na pairwise alignment. Wasto kapag ang --localpair o
--genafpair na opsyon ay pinili. Default: -2.00

--lep numero
Offset na halaga sa lokal na pairwise alignment. Wasto kapag ang --localpair o --genafpair
ang pagpipilian ay pinili. Default: 0.1

--lexp numero
Parusa ng extension ng gap sa lokal na pairwise alignment. Wasto kapag ang --localpair o
--genafpair na opsyon ay pinili. Default: -0.1

--LOP numero
Gap opening penalty para laktawan ang alignment. Wasto kapag ang --genafpair na opsyon ay
pinili. Default: -6.00

--LEXP numero
Gap extension penalty para laktawan ang alignment. Wasto kapag ang --genafpair na opsyon ay
pinili. Default: 0.00

--bl numero
BLOSUM numero matrix (Henikoff at Henikoff 1992) ang ginagamit. numero=30, 45, 62 o 80.
Default: 62

--jtt numero
JTT PAM numero (Jones et al. 1992) ang ginamit na matrix. numero>0. Default: BLOSUM62

--tm numero
Transmembrane PAM numero (Jones et al. 1994) ang ginamit na matrix. numero>0. Default:
BLOSUM62

--aamatrix matrixfile
Gumamit ng AA scoring matrix na tinukoy ng user. Ang format ng matrixfile ay kapareho ng sa
SABOG. Binabalewala kapag ang mga nucleotide sequence ay input. Default: BLOSUM62

--fmodel
Isama ang impormasyon ng komposisyon ng AA/nuc sa scoring matrix. Default: naka-off

Pagbubuhos
--clustalout
Output format: clustal format. Default: naka-off (fasta format)

--inputorder
Output order: katulad ng input. Default: naka-on

--muling ayusin
Output order: nakahanay. Default: naka-off (inputorder)

--treeout
Ang puno ng gabay ay output sa input.tree file. Default: naka-off

--tahimik
Huwag mag-ulat ng pag-unlad. Default: naka-off

input
--nuc
Ipagpalagay na ang mga sequence ay nucleotide. Default: auto

--amino
Ipagpalagay na ang mga sequence ay amino acid. Default: auto

--binhi pagkakahanay1 [--binhi pagkakahanay2 --binhi pagkakahanay3 ...]
Mga pagkakahanay ng binhi na ibinigay sa pagkakahanay_n (fasta format) ay nakahanay sa mga sequence sa
input. Ang pagkakahanay sa loob ng bawat buto ay napanatili.

Gumamit ng linsi online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net


Ad


Ad