Ito ang command load_genbankp na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
load_genbank.pl - Mag-load ng Bio::DB::GFF database mula sa GENBANK file.
SINOPSIS
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
TANDAAN: Ang script na bp_genbank2gff.pl sa pamamahagi ng BioPerl ay kapareho ng script na ito.
DESCRIPTION
Ang script na ito ay naglo-load ng Bio::DB::GFF database na may mga tampok na nilalaman sa alinman sa isang lokal
genbank file o isang accession na kinukuha mula sa genbank. Iba't ibang mga pagpipilian sa command-line
nagbibigay-daan sa iyong kontrolin kung aling database ang ilo-load at kung papayagan ang isang umiiral nang database
ma-overwrite.
Ang script na ito ay kasalukuyang gumagamit lamang ng MySQL, kahit na ito ay isang patunay ng prinsipyo at madali
mapalawak upang gumana sa iba pang RDMS na sinusuportahan ng GFF sa pamamagitan ng mga adaptor.
COMMAND-LINE Opsyon
Ang mga opsyon sa command-line ay maaaring paikliin sa mga opsyon sa solong titik. hal -d sa halip na
--database.
--create Force creation at initialization ng database
--dsn Pinagmulan ng data (default na dbi:mysql:test)
--gumagamit Username para sa pagpapatunay ng mysql
--pasa Password para sa pagpapatunay ng mysql
--proxy Proxy server na gagamitin para sa malayuang pag-access
--file Ang mga kasunod na argumento ay Genbank/EMBL file name (default)
--accession Ang mga sumusunod na argumento ay mga numero ng pag-access ng genbank
--stdout Isulat ang na-convert na GFF file sa stdout sa halip na mag-load
Gamitin ang load_genbankp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
