locuspocus - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

locuspocus - kalkulahin ang mga coordinate ng locus para sa ibinigay na anotasyon ng gene

SINOPSIS

locuspocus [pagpipilian] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESCRIPTION

Pangunahing mga pagpipilian:

-d|--debug
mag-print ng mga detalyadong mensahe sa pag-debug sa terminal (karaniwang error)

-h|--tulong
i-print ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

-v|--bersyon
i-print ang numero ng bersyon at lumabas

iLocus parsing:

-l|--delta: INT
kapag nag-parse ng interval loci, gamitin ang sumusunod na delta para i-extend ang gene loci at isama
potensyal na mga rehiyon ng regulasyon; ang default ay 500

-s|--mga skipend
kapag nag-enumerate ng interval loci, ibukod ang hindi nabanggit (at maaaring hindi kumpleto)
iLoci sa magkabilang dulo ng sequence

-e|--sa wakas
mag-ulat lamang ng mga hindi kumpletong fragment ng iLocus sa mga hindi na-notate na dulo ng mga sequence
(pandagdag ng --skipends)

-y|--skipiiloci
huwag mag-ulat ng intergenic iLoci

Mga opsyon sa pagpipino:

-r|--pinuhin
bilang default, ang mga gene ay pinagsama-sama sa parehong iLocus kung mayroon silang anumang magkakapatong; 'pinuhin'
nagbibigay-daan ang mode para sa isang mas nuanced na paghawak ng mga magkakapatong na gene

-c|--mga cd
gumamit ng CDS sa halip na mga UTR para sa pagtukoy ng overlap ng gene; nagpapahiwatig ng mode na 'pinuhin'

-m|--minoverlap: INT
ang pinakamababang bilang ng mga nucleotide na dalawang gene ay dapat magkapatong upang mapangkat sa pareho
iLocus; ang default ay 1

Mga pagpipilian sa output:

-n|--namefmt: STR
magbigay ng printf-style na format string upang i-override ang default na format ng ID para sa bago
nilikha loci; default ay 'locus%lu' (locus1, locus2, atbp) para sa loci at 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, atbp) para sa interval loci; tandaan ang format na string ay dapat may kasamang a
solong %lu specifier na pupunan ng mahabang unsigned integer value

-i|--ilens: FILE
lumikha ng isang file na may mga haba ng bawat intergenic iLocus

-g|--genemap: FILE
mag-print ng pagmamapa mula sa bawat anotasyon ng gene sa kaukulang locus nito sa ibinigay
file

-o|--outfile: FILE
pangalan ng file kung saan isusulat ang mga resulta; default ay terminal (standard
output)

-T|--retainids
panatilihin ang mga orihinal na feature ID mula sa mga input file; lilitaw ang mga salungatan kung input
naglalaman ng mga dobleng halaga ng ID

-t|--transmap: FILE
mag-print ng pagmamapa mula sa bawat transcript annotation sa kaukulang locus nito sa
ibinigay na file

-V|--verbose
isama ang lahat ng locus subfeatures (genes, RNAs, atbp) sa GFF3 output; default
kasama lamang ang mga tampok ng locus

Mga pagpipilian sa pag-input:

-f|--filter: TYPE
comma-separated list ng mga uri ng feature na gagamitin sa pagbuo ng loci/iLoci; default ay
'gene'

-p|--magulang: CT:PT
kung mayroong isang tampok na uri ng $CT na walang magulang, lumikha ng isang magulang para sa tampok na ito
na may uri na $PT; halimbawa, ang mRNA:gene ay gagawa ng feature ng gene bilang magulang para sa
anumang top-level na tampok na mRNA; ang pagpipiliang ito ay maaaring tukuyin nang maraming beses

-u|--pseudo
iwasto ang maling label na pseudogenes

Gumamit ng locuspocus online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net