macs2_bdgcmp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

macs2_bdgcmp - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing

DESCRIPTION

paggamit: macs2 bdgcmp [-h] -t TFILE -c CFILE [-S SFACTOR] [-p PSEUDOCOUNT]

[-m {ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--outdir OUTDIR] (--o-prefix OPREFIX | -o OFILE [OFILE ...])

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

-t TFILE, --tfile TFILE
Treatment bedGraph file, hal *_treat_pileup.bdg mula sa MACSv2. KAILANGAN

-c CFILE, --cfile CFILE
Kontrolin ang bedGraph file, hal *_control_lambda.bdg mula sa MACSv2. KAILANGAN

-S SFACTOR, --scaling-factor SFACTOR
Scaling factor para sa paggamot at control track. Panatilihin ito bilang 1.0 o default sa karamihan
kaso. Itakda ito LAMANG habang mayroon kang SPMR output mula sa MACS2 callpeak, at magplano na
kalkulahin ang mga marka bilang MACS2 callpeak module. Kung gusto mong gayahin ang 'callpeak' w/o
'--to-large', kalkulahin ang epektibong mas maliit na laki ng sample pagkatapos ng pag-filter ng redudant
nabasa sa milyon (hal., maglagay ng 31.415926 kung ang epektibong pagbabasa ay 31,415,926) at input
ito para sa '-S'; para sa 'callpeak --sa-malaki', kalkulahin ang mga epektibong pagbabasa sa mas malaking sample.
DEFAULT: 1.0

-p PSEUDOCOUNT, --pseudocount PSEUDOCOUNT
Ang pseudocount na ginagamit para sa pagkalkula ng logLR, logFE o FE. Ang bilang ay ilalapat
pagkatapos ng normalisasyon ng sequencing depth. DEFAULT: 0.0, walang pseudocount na inilapat.

-m {ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], --paraan
{ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois,bawas,logFE,FE,logLR,slogLR}
...]
Paraan na gagamitin habang nagkalkula ng marka sa anumang bin sa pamamagitan ng paghahambing ng halaga ng paggamot at
halaga ng kontrol. Ang mga available na pagpipilian ay: ppois, qpois, subtract, logFE, logLR, at
slogLR. Kinakatawan nila ang Poisson Pvalue (-log10(pvalue) form) gamit ang kontrol bilang lambda
at paggamot bilang pagmamasid, q-value sa pamamagitan ng proseso ng BH para sa mga poisson pvalues,
pagbabawas mula sa paggamot, linear scale fold enrichment, log10 fold
enrichment(kailangan magtakda ng pseudocount), log10 na posibilidad sa pagitan ng ChIP-enriched na modelo
at bukas na modelo ng chromatin (kailangan magtakda ng pseudocount), at simetriko log10 na posibilidad
sa pagitan ng dalawang modelo ng pagpapayaman ng ChIP. Ang default na opsyon ay ppois.

--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo

--o-prefix OPREFIX
Ang PREFIX ng output bedGraph file para magsulat ng mga score. Kung ito ay ibinigay bilang A, at pamamaraan
ay 'ppois', ang output file ay magiging A_ppois.bdg. Parehong eksklusibo sa -o/--ofile.

-o OFILE [OFILE ...], --ofile OFILE [OFILE ...]
Pangalan ng file output. Parehong eksklusibo sa --o-prefix. Ang bilang at ang pagkakasunud-sunod ng
mga argumento para sa --ofile dapat ay kapareho ng para sa -m.

Gumamit ng macs2_bdgcmp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net