macs2_bdgdiff - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

macs2_bdgdiff - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing

DESCRIPTION

paggamit: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefix OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph para sa kundisyon 1. Hindi tugma sa callpeak --SPMR output.
KAILANGAN

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph para sa kundisyon 2. Hindi tugma sa callpeak --SPMR output.
KAILANGAN

--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph para sa kundisyon 1. Hindi tugma sa callpeak --SPMR
output. KAILANGAN

--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph para sa kundisyon 2. Hindi tugma sa callpeak --SPMR
output. KAILANGAN

-C PUTULIN, --putulin PUTULIN
logLR cutoff. DEFAULT: 3 (likelihood ratio=1000)

-l MINLEN, --min-len MINLEN
Minimum na haba ng differential region. Subukan ang mas malaking halaga upang alisin ang maliliit na rehiyon.
DEFAULT: 200

-g MAXGAP, --max-gap MAXGAP
Pinakamataas na agwat upang pagsamahin ang mga kalapit na rehiyon ng pagkakaiba. Isaalang-alang ang isang mas malawak na puwang para sa malawak
mga marka. Ang maximum na agwat ay dapat na mas maliit kaysa sa pinakamababang haba (-g). DEFAULT: 100

--d1 DEPTH1, --lalim1 LALIM1
Depth ng sequencing (# ng hindi redundant reads sa milyon) para sa kundisyon 1. Magiging
ginamit kasama ng --d2. Tingnan ang paglalarawan para sa --d2 sa ibaba para sa kung paano italaga ang mga ito.
Default: 1

--d2 DEPTH2, --lalim2 LALIM2
Depth ng sequencing (# ng hindi redundant reads sa milyon) para sa kundisyon 2. Magiging
ginamit kasama ng --d1. Ang DEPTH1 at DEPTH2 ay gagamitin para kalkulahin ang scaling
factor para sa bawat sample, upang pababain ang mas malaking sample sa antas ng mas maliit.
Halimbawa, habang inihahambing ang 10 milyong kondisyon 1 at 20 milyong kondisyon 2, gamitin
--d1 10 --d2 20, pagkatapos ay hahatiin ang pileup value sa bedGraph para sa kondisyon 2 sa
2. Default: 1

--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo

--o-prefix OPREFIX
Output file prefix. Ang mga aktwal na file ay papangalanan bilang PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed at PREFIX_common.bed. Parehong eksklusibo sa -o/--ofile.

-o OFILE OFILE OFILE, --ofile OFILE OFILE OFILE
Mga filename ng output. Dapat magbigay ng tatlong argumento sa pagkakasunud-sunod: 1. file para sa mga natatanging rehiyon sa
kondisyon 1; 2. file para sa mga natatanging rehiyon sa kondisyon 2; 3. file para sa mga karaniwang rehiyon
sa parehong mga kondisyon. Tandaan: kapwa eksklusibo sa --o-prefix.

Gumamit ng macs2_bdgdiff online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net