masai_mapper - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

masai_mapper - Masai Mapper

SINOPSIS

masai_mapper [OPTIONS]

DESCRIPTION

Ang Masai ay isang mabilis at tumpak na read mapper batay sa tinatayang mga buto at maramihang
pag-urong.

Tingnan http://www.seqan.de/projects/masai para sa karagdagang impormasyon.

(c) Copyright 2011-2012 ni Enrico Siragusa.

-h, - Tumulong

Ipinapakita ang mensahe ng tulong na ito.

--bersyon

Ipakita ang impormasyon ng bersyon

Mga Pagpipilian sa Pagmamapa:

-mm, --mapping-mode STR

Piliin ang mapping mode. Isa sa lahat, lahat-ng-magaling, at anumang-pinakamahusay. Default: anumang-pinakamahusay.

-mb, --mapping-block NUM

Pinakamataas na bilang ng mga babasahin na imamapa nang sabay-sabay. Nasa hanay [10000..inf]. Default:
2147483647.

-e, --mga pagkakamali NUM

Pinakamataas na bilang ng mga error sa bawat nabasa. Nasa hanay [0..32]. Default: 5.

-sl, --haba ng buto NUM

Pinakamababang haba ng buto. Nasa hanay [10..100]. Default: 33.

-ng, --walang-gaps

Huwag ihanay ang mga nabasa sa mga puwang.

Mga Opsyon sa Genome Index:

-x, --index STR

Piliin ang uri ng genome index. Isa sa esa, sa, qgram, at fm. Default: sa.

-xp, --index-prefix STR

Tumukoy ng pangalan ng prefix ng genome index. Default: gamitin ang genome filename prefix.

Mga Opsyon sa Output:

-o, --output-file FILE

Tukuyin ang isang output file. Default: gamitin ang reads filename prefix. Mga wastong uri ng file
ay: hilaw at sam.

-nc, --walang-sigarilyo

Huwag mag-output ng CIGAR string. Nakakaapekto lang ito sa output ng SAM.

Mga Pagpipilian sa Pag-debug:

-nv, --no-verify

Huwag i-verify ang mga hit ng binhi.

-nd, --walang-dump

Huwag itapon ang mga resulta.

-nm, --walang-maramihan

Huwag paganahin ang maramihang pag-backtrack.

VERSION

bersyon ng masai_mapper: 0.7.1 [14053] Huling na-update noong 2013-05-16

Gumamit ng masai_mapper online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net