matchere - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

matcher - Waterman-Eggert lokal na pagkakahanay ng dalawang sequence

SINOPSIS

matcher -pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod -pagkakasunod pagkakasunud-sunod [-datafile matris] [-mga alternatibo kabuuan]
[-gapopen kabuuan] [-gapextend kabuuan] -outfile align

matcher -tulong

DESCRIPTION

matcher ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Alignment:Local".

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod

-pagkakasunod pagkakasunud-sunod

-datafile matris
Ito ang scoring matrix file na ginagamit kapag naghahambing ng mga sequence. Bilang default ito ay ang
file na 'EBLOSUM62' (para sa mga protina) o ang file na 'EDNAFULL' (para sa mga nucleic sequence). Ang mga ito
Ang mga file ay matatagpuan sa direktoryo ng 'data' ng pag-install ng EMBOSS.

karagdagan seksyon
-mga alternatibo kabuuan
Itinatakda nito ang bilang ng mga alternatibong tugma na output. Bilang default, ang pinakamataas lang
ipinapakita ang pagkakahanay ng pagmamarka. Ang halaga ng 2 ay nagbibigay sa iyo ng iba pang mga makatwirang pagkakahanay. Sa
ilang mga kaso, halimbawa mga multidomain na protina ng cDNA at genomic DNA na paghahambing,
maaaring may iba pang kawili-wili at makabuluhang pagkakahanay. Default na halaga: 1

-gapopen kabuuan
Ang gap penalty ay ang score na inalis kapag may ginawang gap. Ang pinakamahusay na halaga ay nakasalalay
sa pagpili ng paghahambing matrix. Ipinapalagay ng default na halaga ng 14 na ginagamit mo ang
EBLOSUM62 matrix para sa mga sequence ng protina, o isang halaga ng 16 at ang EDNAFULL matrix para sa
mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide. Default na halaga: @($(acdprotein)? 14 : 16)

-gapextend kabuuan
Ang haba ng gap, o extension ng gap, ay idinaragdag sa karaniwang parusa ng gap para sa
bawat base o nalalabi sa puwang. Ito ay kung gaano katagal ang mga puwang ay pinarusahan. Kadalasan ay gagawin mo
asahan ang ilang mahabang gaps sa halip na maraming maikling gaps, kaya ang parusa sa pagpapalawig ng gap
dapat mas mababa kaysa sa gap penalty. Ang isang pagbubukod ay kung saan ang isa o parehong mga sequence ay
solong pagbabasa na may posibleng mga error sa pagkakasunud-sunod kung saan marami kang aasahan
solong base gaps. Makukuha mo ang resultang ito sa pamamagitan ng pagtatakda ng gap penalty sa zero (o very
mababa) at paggamit ng parusa sa pagpapalawig ng gap upang kontrolin ang pagmarka ng gap. Default na halaga:
@($(acdprotein)? 4 : 4)

Pagbubuhos seksyon
-outfile align

Gumamit ng matchere online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net