Ito ang command na mcmc_analysis na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
mcmc_analysis - Pagsusuri ng MCMC
SINOPSIS
mcmc_analysis [Opsyon] MCMC-data ...
DESCRIPTION
Binabasa ng program na ito ang output ng MCMC, mula sa isa o ilang mga file, mula sa mga programa sa BEEP
pakete. Mahalaga na ang parehong mga column ay naroroon sa bawat input file.
Format ng pag-input:
Output mula sa mga pag-ulit ng MCMC sa format
saan
ay ang logarithm ng posibilidad sa float format
ay tab whitespace na naghihiwalay sa mga field
ay isang integer para sa ordinal ng pag-ulit
ay isang listahan ng mga field na pinaghihiwalay ng mga semicolon na naglalaman ng
ang mga parameter ng MCMC.
Ang mga param ng MCMC ay tina-type at binibigyan ng mga pangalan sa pamamagitan ng unang linya sa file,
na nasa format
# L N [ ( )]+
Ang mga pangalan ay dapat na natatangi, ngunit hindi kailangang maging. Ang ay isa
of
lumutang
logfloat
kabuuan
puno
mga pares ng ortolohiya
at ginamit upang ipahiwatig kung paano i-parse at pag-aralan ang natitirang mga linya.
Format ng output:
Isang ulat sa pagtakbo ng MCMC, na may mga posterior na pagtatantya ng mga parameter.
Opsyon
-b [FLOAT|INT]
Ang porsyento (0 <= x <1), o ang bilang ng (x ay integer >= 1) ng magiging input
itinapon bilang burnin. Default: 0.1.
-p STRING
I-plot ang pinangalanang parameter . Ang output ay dalawang column, ang numero ng pag-ulit at
ang halaga ng parameter sa pag-ulit.
-i STRING
Huwag pansinin ang pinangalanang parameter. Tingnan ang linya ng header sa output ng MCMC para sa mga pangalan ng column. Ikaw
maaaring pangalanan ang ilang column nang sabay-sabay gamit ang comma-delimited na format, (hal -i
Haba, Pangalan). Walang pinapayagang mga puwang sa pagitan ng mga pangalan ng column.
-t Output LaTex para sa pagsusuri.
-l Bilangin at iulat ang bilang ng mga sample sa input file.
-mp NT Ang maximum na bilang ng mga puntos upang i-plot.
-sp Tahasang ipahiwatig ang mga punto sa mga plot.
-coda Output file para sa CODA package sa R
-codatrees
Pareho sa -coda, ngunit may kasamang mga parameter ng puno. Ang bawat puno ay output bilang isang integer ID
(order ng pagbisita sa chain, 1,2,...). Tiyaking gamitin ang -i upang itago ang anumang mga puno
naglalaman ng mga haba/oras/rate.
-P Parallel chain. Ito ay nagpapahiwatig na ang ilang mga file ng (parallel) na mga sample ay nakalista.
URL
Ang prime-phylo home page: http://prime.sbc.su.se
Gumamit ng mcmc_analysis online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
