megablast - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Basic Local Alignment Search Tool

SINOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I "simula itigil"] [-J "simula itigil"] [-M STR]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a filename] [-d N] [-e X] [-g F] -i filename
-j filename [-m] [-o filename] -p STR [-q N] [-r N] [-t N]

sabog2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H] [-I "simula itigil"]
[-J "simula itigil"] [-K N] [-L] [-M STR] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i filename]
[-j filename] [-k STR] [-m N] [-n] [-o filename] -p STR [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

blastall [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L magsimula, huminto] [-M STR] [-O filename] [-P N] [-Q N] [-R filename] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename]
[-l STR] [-m N] [-n] [-o filename] -p STR [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L magsimula, huminto] [-M STR] [-O filename] [-P N] [-Q N] [-R filename] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename] [-l STR]
[-m N] [-n] [-o filename] -p STR [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L magsimula, huminto]
[-M STR] [-O filename] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d STR] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename] [-m N] [-n] [-o filename] -p STR [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u STR] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B filename] [-C filename] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M STR] [-N X] [-O filename] [-P N] [-Q filename] [-R filename] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d STR] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i filename] [-j N] [-k filename] [-l STR] [-m N] [-o filename] [-p STR] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M STR] [-O filename] [-P filename]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d STR] [-e X] [-h X] [-i filename] [-j N] [-m N] [-o filename]
[-v N] [-y X] [-z N]

megablast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F STR] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L magsimula, huminto] [-M N]
[-N N] [-O filename] [-P N] [-Q filename] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d STR] [-e X] [-f] [-g F] [-i filename] [-l STR] [-m N] [-n]
[-o filename] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F STR] [-I] [-J] [-L magsimula, huminto] [-N X] [-O filename] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d filename [-e X] [-i filename] [-l filename] [-m N]
[-o filename] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

seedtop [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M STR] [-O filename]
[-S N] [-X N] [-d STR] [-e X] [-f] [-i filename] [-k filename] [-o filename] [-p STR]
[-q N] [-r N]

DESCRIPTION

Ang manu-manong pahinang ito ay nagdodokumento ng maikling mga utos bl2seq, sabog, blastall, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, at seedtop. Nakadokumento ang mga utos na ito
magkasama dahil marami silang karaniwang mga pagpipilian.

bl2seq gumaganap ng paghahambing sa pagitan ng dalawang sequence gamit ang alinman sa blastn o blastp
algorithm. Ang parehong mga pagkakasunud-sunod ay dapat na alinman sa mga nucleotide o mga protina.

sabog2 inihahambing ang isang sequence laban sa alinman sa isang lokal na database o isang pangalawang sequence; ito
isinasama ang karamihan sa pag-andar ng pareho bl2seq at blastall, ngunit gumagamit ng semi-
pang-eksperimentong bagong panloob na makina.

blastall at blastall_old hanapin ang pinakamahusay na mga tugma sa isang lokal na database para sa isang sequence.
blastall gumagamit ng mas bagong makina kaysa sa blastall_old bilang default, ngunit sinusuportahan ang paggamit ng mas luma
engine pati na rin (kapag tinawag na may opsyon -V F).

blastcl3 ina-access ang pinakabagong search engine ng NCBI BLAST (bersyon 2.0). Ang software sa likod
Ang BLAST na bersyon 2.0 ay isinulat mula sa simula upang payagan ang BLAST na pangasiwaan ang mga bagong hamon
ibinabanta ng mga database ng sequence sa mga darating na taon. Ang mga update sa software na ito ay
magpatuloy sa mga susunod na taon.

blastpgp nagsasagawa ng mga gapped blastp na paghahanap at maaaring magamit upang magsagawa ng mga umuulit na paghahanap sa
psi-blast at phi-blast mode.

impala naghahanap ng database ng mga score matrice, na inihanda ni copymat(1), gumagawa ng parang BLAST
output.

megablast gumagamit ng matakaw na algorithm ng Webb Miller et al. para sa nucleotide sequence
paghahanap ng alignment at pinagsama-sama ang maraming mga query upang makatipid ng oras na ginugol sa pag-scan sa database.
Ang program na ito ay na-optimize para sa pag-align ng mga sequence na bahagyang naiiba bilang resulta ng
sequencing o iba pang katulad na "errors". Ito ay hanggang sa 10 beses na mas mabilis kaysa sa mas karaniwan
pagkakasunod-sunod ng mga programa ng pagkakatulad at samakatuwid ay maaaring magamit upang mabilis na paghambingin ang dalawang malalaking set
ng mga pagkakasunod-sunod laban sa isa't isa.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) ay naghahanap ng isang query sequence laban sa isang database ng mga profile.
Ito ang kabaligtaran ng PSI-BLAST na naghahanap sa isang profile laban sa isang database ng mga sequence,
kaya ang `Reverse'. rpsblast gumagamit ng algorithm na parang BLAST, naghahanap ng isa o dobleng salita
mga hit at pagkatapos ay gumaganap ng hindi nakuhang extension sa mga laban ng kandidatong ito. Kung ang
sapat na mataas na marka ang hindi naka-align na pagkakahanay ay ginawa, isang gapped extension ay ginanap
at ang mga (gapped) na pagkakahanay na may sapat na mababang inaasahang halaga ay iniuulat. Ito
ang pamamaraan ay kabaligtaran sa IMPALA na nagsasagawa ng pagkalkula ng Smith-Waterman sa pagitan ng
query at bawat profile, sa halip na gumamit ng word-hit na diskarte upang matukoy ang mga tugma doon
dapat palawigin.

seedtop sumasagot sa dalawang medyo simpleng tanong:
1. Binigyan ng sequence at database ng mga pattern, kung aling mga pattern ang nangyayari sa sequence
at saan?
2. Binigyan ng pattern at database ng sequence, kung saan ang mga sequence ay naglalaman ng pattern at
saan?

Sinusuportahan ng ilan sa mga utos na ito ang maraming uri ng paghahambing, na pinamamahalaan ng -p
("program") flag:

Inihahambing ng blastp ang isang sequence ng query ng amino acid laban sa isang database ng sequence ng protina.

Inihahambing ng blastn ang isang nucleotide query sequence laban sa isang nucleotide sequence database.

Inihahambing ng blastx ang anim na frame na konseptong produkto ng pagsasalin ng isang query sa nucleotide
sequence (parehong strands) laban sa isang database ng sequence ng protina. Para sa bl2seq, ang
Ang nucleotide ay dapat ang unang sequence na ibinigay.

Inihahambing ng psiblastn ang isang sequence ng query ng protina laban sa isang database ng sequence ng nucleotide
dynamic na isinalin sa lahat ng anim na reading frame (parehong strands) gamit ang a
tiyak na posisyon na matrix na nilikha ng PSI-BLAST.

Inihahambing ng tblastn ang isang sequence ng query ng protina laban sa isang database ng sequence ng nucleotide
dynamic na isinalin sa lahat ng anim na reading frame (parehong strands). Para sa bl2seq,
ang nucleotide ay dapat ang pangalawang sequence na ibinigay.

Inihahambing ng tblastx ang anim na frame na pagsasalin ng isang nucleotide query sequence laban sa
anim na frame na pagsasalin ng isang nucleotide sequence database.

Opsyon

Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.

- I-print ang mensahe ng paggamit

-A (bl2seq)
Input sequence sa anyo ng accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Laki ng window ng Maramihang Hit; sa pangkalahatan ay default sa 0 (para sa mga single-hit na extension), ngunit
default sa 40 kapag gumagamit ng magkahiwalay na mga template.

-B N (sabog2)
Gumawa ng on-the-fly na output:
0 wala (default)
1 talahanayan ng mga offset at mga halaga ng kalidad
2 magdagdag ng data ng pagkakasunud-sunod
3 tekstong ASN.1
4 binary ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
Bilang ng mga pinagsama-samang query, sa blastn o tblastn mode

-B filename (blastpgp)
Input Alignment File para sa PSI-BLAST Restart

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gumamit ng mga istatistikang batay sa komposisyon para sa blastp o tblastn:
T, t, D, o d
Default (katumbas ng 1 para sabog2 at blastall_old at upang 2 para blastall
at blastcl3)
0, F, o f
Walang mga istatistikang batay sa komposisyon
1 Mga istatistikang nakabatay sa komposisyon tulad ng sa POMEGRANATE 29:2994-3005, 2001
2 Pagsasaayos ng marka batay sa komposisyon tulad ng sa bioinformatics 21:902-911, 2005,
nakakondisyon sa mga katangian ng pagkakasunod-sunod
3 Pagsasaayos ng marka batay sa komposisyon tulad ng sa bioinformatics 21:902-911, 2005,
walang kondisyon
Kapag pinapagana ang mga istatistika sa blastall, blastall_old, o blastcl3 (ibig sabihin, hindi sabog2),
nakakabit u (case-insensitive) sa mode ay nagbibigay-daan sa paggamit ng pinag-isang p-values
pagsasama-sama ng alignment at compositional p-values ​​sa round 1 lamang.

-C filename (blastpgp)
Output File para sa PSI-BLAST Checkpointing

-C N (seedtop)
Score lang o hindi (default = 1)

-D N (bl2seq)
Format ng output:
0 tradisyonal (default)
1 talaan

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Isalin ang mga sequence sa database ayon sa genetic code N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (default ay 1; nalalapat lang sa tblast*)

-D N (megablast)
Uri ng output:
0 alignment endpoints at score
1 lahat ng hindi nagamit na mga segment na endpoint
2 tradisyonal na BLAST output (default)
3 tab-delimited isang linyang format
4 incremental text ASN.1
5 incremental binary ASN.1

-D N (seedtop)
Pagbaba ng gastos upang ihanay (default = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Pagpapalawak ng isang gap na gastos N (-1 ay humihimok ng default na gawi)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Pagpapalawak ng isang gap na gastos N (-1 invokes default behavior: non-affine kung matakaw, 2
kung hindi)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Pagpapalawak ng isang gap na gastos N (default ay 1)

-F STR (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Mga opsyon sa filter para sa DUST o SEG; default sa
T para sa bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, at megablast, at sa F para
blastpgp, impala, at rpsblast.

-F (seedtop)
I-filter ang pagkakasunud-sunod gamit ang SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Mga gastos sa pagbubukas ng gap N (-1 ay humihimok ng default na gawi)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Mga gastos sa pagbubukas ng gap N (-1 invokes default na pag-uugali: non-affine kung sakim, 5 kung
gamit ang dynamic na programming)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Mga gastos sa pagbubukas ng gap N (default ay 11)

-H (sabog2)
Gumawa ng HTML na output

-H N (blastpgp)
Katapusan ng kinakailangang rehiyon sa query (-1 ay nagpapahiwatig ng pagtatapos ng query)

-H (impala)
Tulong sa pag-print (iba sa mensahe ng paggamit)

-H N (megablast)
Pinakamataas na bilang ng mga HSP na ise-save sa bawat sequence ng database (default ay 0, walang limitasyon)

-I "simula itigil" (bl2seq, blast2)
Lokasyon sa unang (query) sequence (nalalapat lamang kung ang file ay tinukoy sa -i naglalaman ng
iisang sequence)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Ipakita ang mga GI sa mga defline

-J "simula itigil" (bl2seq, blast2)
Lokasyon sa pangalawang (paksa) sequence (nalalapat lamang kung ang file ay tinukoy sa -j
naglalaman ng isang solong pagkakasunud-sunod)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Maniwala ka sa defline ng query

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Bilang ng mga pinakamahusay na hit mula sa isang rehiyon na dapat panatilihin. Naka-off bilang default. Kung ginamit ang halagang 100
Inirerekomenda. Napakataas na halaga ng -v or -b ay iminungkahi din.

-K N (seedtop)
Panloob na hit buffer size multiplier (wrt query haba; default = 2)

-L (sabog2)
Gumamit ng (classical Mega BLAST) lookup table na may lapad na 12

-L magsimula, huminto (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Lokasyon sa query sequence (para sa rpsblast, valid lang sa blastp mode)

-M STR (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Gumamit ng matrix STR (default = BLOSUM62)

-M N (megablast)
Pinakamataas na kabuuang haba ng mga query para sa isang paghahanap (default = 5000000)

-N (sabog2)
Ipakita lamang ang mga accession para sa mga sequence ID sa tabular na output

-N X (blastpgp, rpsblast)
Bilang ng mga bit na magti-trigger ng gapping (default = 22.0)

-N N (megablast)
Uri ng isang hindi magkadikit na template ng salita:
0 coding (default)
1 pinakamainam
2 dalawa sabay-sabay

-O filename (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Sumulat ng (ASN.1) mga pagkakahanay ng sequence
sa filename; valid lang para sa blastpgp, impala, rpsblast, at seedtop na may -J, at
valid lang para sa megablast na may -D2.

-P X (sabog2)
Cut-off ng porsyento ng pagkakakilanlan

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Itakda sa 1 para sa single-hit mode o 0 para sa multiple-hit mode (default). Hindi nalalapat
sa blastn.

-P filename (impala)
Basahin ang mga profile ng matrix mula sa database filename

-P N (megablast)
Pinakamataas na bilang ng mga posisyon para sa isang hash value (itakda sa 0 [default] upang balewalain)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Isalin ang query ayon sa genetic code N sa /usr/share/ncbi/data/gc.prt (default
ay 1)

-Q filename (blastpgp)
Output File para sa PSI-BLAST Matrix sa ASCII

-Q filename (megablast)
Naka-mask na output ng query; nangangailangan -D 2

-R (sabog2)
Kalkulahin ang lokal na pinakamainam na pagkakahanay ng Smith-Waterman. (Ang pagpipiliang ito ay magagamit lamang
para sa gapped tblastn.)

-R filename (blastall, blastall_old)
Basahin ang PSI-TBLASTN checkpoint file filename

-R (blastcl3)
Paghahanap sa RPS Blast

-R filename (blastpgp)
Input File para sa PSI-BLAST Restart

-R (megablast)
Iulat ang impormasyon ng log sa dulo ng output

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Query strands upang maghanap laban sa database para sa blastn, blastx, tblastx:
1 tuktok
2 ibaba
3 pareho (default)

-S N (blastpgp)
Simula ng kinakailangang rehiyon sa query (default = 1)

-S N (seedtop)
Cutoff cost (default = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Gumawa ng HTML na output

-T N (sabog2)
Uri ng isang hindi magkadikit na template ng salita:
0 coding (default)
1 pinakamainam
2 dalawa sabay-sabay

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Gumamit ng lower case na pag-filter para sa pagkakasunud-sunod ng query

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Sapilitang paggamit ng legacy na makina

-V (sabog2)
Gumamit ng variable na diskarte sa laki ng salita sa pag-scan ng database

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Gumamit ng mga salitang may sukat N (haba ng pinakamahusay na perpektong tugma;
zero invokes default na gawi, maliban sa megablast, na default sa 28, at
blastpgp, na nagde-default sa 3. Ang mga default na halaga para sa iba pang mga utos ay iba-iba
"program": 11 para sa blastn, 28 para sa megablast, at 3 para sa lahat ng iba pa.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) X dropoff value para sa gapped alignment (sa
bits) (zero invokes default na pag-uugali, maliban sa megablast, na default sa 20,
at rpsblast at seedtop, na default sa 15. Ang mga default na halaga para sa isa pa
nag-iiba ang mga command sa "program": 30 para sa blastn, 20 para sa megablast, 0 para sa tblastx, at
15 para sa lahat ng iba pa.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Epektibong haba ng espasyo sa paghahanap (gamitin ang zero para sa
ang tunay na laki)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X dropoff na halaga para sa panghuling [dynamic programming?] gapped
alignment sa mga bits (default ay 100 para sa blastn at megablast, 0 para sa tblastx, 25 para sa
iba pa)

-a filename (bl2seq)
Sumulat ng tekstong ASN.1 na output sa filename

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilang ng mga thread na gagamitin (default ay isa)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilang ng mga sequence ng database upang ipakita ang mga alignment para sa
(B) (ang default ay 250)

-c (sabog2)
Mask lower case

-c N (impala)
Constant sa pseudocounts para sa multipass na bersyon; 0 (default) ay gumagamit ng entropy method;
kung hindi, inirerekomenda ang isang halaga na malapit sa 30

-c N (impala)
Constant sa pseudocounts para sa multipass na bersyon (default ay 10)

-d N (bl2seq)
Gumamit ng teoretikal na laki ng DB ng N (zero ay kumakatawan sa tunay na sukat)

-d STR (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Database na gagamitin (default ay nr para sa lahat ng executable
maliban sa blast2, na nangangailangan ng pangalawang FASTA sequence kung hindi ito nakatakda)

-d filename (rpsblast)
Database ng RPS BLAST

-e X Halaga ng inaasahan (E) (default = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Threshold para sa pagpapalawig ng mga hit, default kung zero: 0 para sa blastn at megablast, 11 para sa
blastp, 12 para sa blastx, at 13 para sa tblasn at tblastx.

-f N (blastpgp)
Threshold para sa pagpapalawak ng mga hit (default 11)

-f (megablast)
Ipakita ang mga buong ID sa output (default: mga GI lang o accession)

-f (seedtop)
Pilitin ang paghahanap ng mga pattern kahit na masyadong malamang ang mga ito

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Huwag magsagawa ng gapped alignment (N/A para sa tblastx)

-g (sabog2)
Gumamit ng matakaw na algorithm para sa mga gapped na extension

-g F (megablast)
Gumawa ng magkahiwalay na megablast na bumuo ng mga salita para sa bawat base ng database
(sapilitan kasama ang kasalukuyang BLAST engine)

-h N (sabog2)
Frame shift penalty para sa out-of-frame gapping (blastx, tblastn lang; ang default ay
zero)

-h X (blastpgp, impala)
e-value threshold para sa pagsasama sa multipass model (default = 0.002 para sa blastpgp,
0.005 para sa impala)

-i filename
Basahin ang (una, query) sequence o itakda mula sa filename (default ay stdin; hindi kailangan para sa
blastpgp kung mag-restart mula sa scoremat)

-j filename (bl2seq, blast2)
Basahin ang pangalawang (paksa) sequence o itakda mula sa filename

-j N (blastpgp)
Maximum na bilang ng mga pass na gagamitin sa multipass na bersyon (default = 1)

-k STR (sabog2)
Pattern para sa PHI-BLAST

-k filename (blastpgp, seedtop)
Input hit file para sa PHI-BLAST (default = hit_file)

-l STR (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Limitahan ang paghahanap ng database sa listahan ng [String] ng GI

-l filename (rpsblast)
Mag-log ng mga mensahe sa filename kaysa sa karaniwang error.

-m (bl2seq)
Gamitin ang Mega Blast para sa paghahanap

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) alignment view na mga opsyon:
0 pairwise (default)
1 query-angkla na nagpapakita ng mga pagkakakilanlan
2 query-angkla, walang pagkakakilanlan
3 flat query-angkla, ipakita ang mga pagkakakilanlan
4 na flat query-angkla, walang pagkakakilanlan
5 query-angkla, walang pagkakakilanlan at mapurol dulo
6 flat query-angkla, walang pagkakakilanlan at mapurol dulo
7 XML Blast output (hindi magagamit para sa impala)
8 tabular (hindi magagamit para sa impala)
9 na tabular na may mga linya ng komento (hindi magagamit para sa impala)
10 ASN.1 text (hindi available para sa impala o rpsblast)
11 ASN.1 binary (hindi magagamit para sa impala o rpsblast)

-n (sabog2)
Ipakita ang mga GI sa mga sequence ID

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
MegaBlast paghahanap

-n (megablast)
Gumamit ng hindi matakaw (dynamic na programming) na extension para sa mga marka ng affine gap

-o filename
Sumulat ng huling ulat ng pagkakahanay sa filename sa halip na stdout

-p STR (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gamitin ang "program" (uri ng paghahambing) STR. ang DESCRIPTION sakop ito ng seksyon
opsyon nang mas detalyado.

-p STR (blastpgp)
opsyon sa programa para sa PHI-BLAST (default = blastpgp)

-p X (megablast)
Cut-off ng porsyento ng pagkakakilanlan (default = 0)

-p F (rpsblast)
Ang sequence ng query ay nucleotide, hindi protina

-p STR (seedtop)
pangalan ng programa:
Ipinapahiwatig ng patmatchp kung aling mga pattern ang nangyayari sa isang pagkakasunud-sunod
patternp ay nagpapahiwatig kung aling mga sequence ang naglalaman ng isang pattern

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Parusa para sa isang nucleotide mismatch (blastn lang) (default = -10
para sa seedtop, -3 para sa lahat ng iba pa)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat input ng checkpoint data:
0 walang scoremat input (default)
1 restart mula sa ASCII scoremat checkpoint file
2 i-restart mula sa binary scoremat checkpoint file

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Gantimpala para sa isang nucleotide match (blastn lang) (default = 10 para sa
seedtop, -10 para sa lahat ng iba pa)

-s (sabog2)
No-op (dating hiniling na pagbuo ng mga salita para sa bawat base ng database)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Kalkulahin ang lokal na pinakamainam na pagkakahanay ng Smith-Waterman. Para sa blastall, blastall_old, at
blastcl3, ito ay magagamit lamang sa gapped tblastn mode.

-s N (megablast)
Minimal na marka ng hit na iuulat (0 para sa default na gawi)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Haba ng isang hindi magkadikit na template ng salita (ang pinakamalaking intron na pinapayagan sa isang isinalin
pagkakasunud-sunod ng nucleotide kapag nag-uugnay ng maraming natatanging takdang-aralin; default = 0;
hindi pinapagana ng mga negatibong halaga ang pag-link para sa blastall, blastall_old, at blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Pagsasaayos ng marka batay sa komposisyon. Ang unang karakter ay binibigyang kahulugan tulad ng sumusunod:
0, F, o f
walang mga istatistikang batay sa komposisyon
1 mga istatistikang nakabatay sa komposisyon tulad ng sa POMEGRANATE 29:2994-3005, 2001
2, T, o t
pagsasaayos ng marka batay sa komposisyon tulad ng sa bioinformatics 21:902-911, 2005,
nakakondisyon sa mga katangian ng sequence sa round 1 (default)
3 pagsasaayos ng marka batay sa komposisyon tulad ng sa bioinformatics 21:902-911, 2005,
walang kondisyon sa round 1

Kapag ginagamit ang mga istatistikang batay sa komposisyon, idinadagdag u (case-insensitive) sa
hinihiling ng argumento ang pinag-isang p-value na pinagsasama ang alignment na p-value at compositional p-
halaga sa round 1 lamang.

-t N (megablast)
Haba ng template ng hindi magkadikit na salita (magkadikit na salita kung 0 [default])

-u (sabog2)
Gawin lamang ang hindi naka-align na pagkakahanay (palaging TOTOO para sa tblastx)

-u STR (blastcl3)
Limitahan ang paghahanap ng database sa mga resulta ng Entrez2 lookup

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat output ng data ng checkpoint:
0 walang scoremat output (default)
1 output ASCII scoremat checkpoint file (nangangailangan -J)
2 output binary scoremat checkpoint file (nangangailangan -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilang ng isang linyang paglalarawan na ipapakita (V) (default =
500)

-w N (sabog2)
Laki ng window (max. pinapayagang distansya sa pagitan ng isang pares ng mga unang hit; 0 invoke
default na pag-uugali, -1 ay nag-o-off ng maramihang mga hit)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Frame shift penalty (OOF algorithm para sa blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff para sa hindi na-napped na mga extension sa bits (0.0 invokes default
pag-uugali: 20 para sa blastn, 10 para sa megablast, at 7 para sa lahat ng iba pa.)

-y N (megablast)
X dropoff na halaga para sa hindi nagamit na extension (default ay 10)

-z N (sabog2)
Pinakamahabang haba ng intron para sa hindi pantay na agwat sa pag-link ng HSP (tblastn lang; ang default ay 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Epektibong haba ng database (gamitin ang zero para sa tunay na laki)

Gumamit ng megablast online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net