mkdssp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mkdssp - Kalkulahin ang pangalawang istraktura para sa mga protina sa isang PDB file

SINOPSIS

mkdssp [OPTION] pdbfile [dsspfile]

DESCRIPTION

Ang mkdssp Ang programa ay orihinal na idinisenyo nina Wolfgang Kabsch at Chris Sander upang
gawing pamantayan ang pagtatalaga ng pangalawang istraktura. Ang DSSP ay isang database ng pangalawang istraktura
mga takdang-aralin (at marami pang iba) para sa lahat ng mga entry ng protina sa Protein Data Bank (PDB) at
mkdssp ay ang application na kinakalkula ang mga entry ng DSSP mula sa mga entry ng PDB. Pakitandaan
na mkdssp ang hindi hulaan pangalawang istraktura.

Opsyon

Kung mag-invoke ka mkdssp na may isang parameter lamang, ito ay bibigyang-kahulugan bilang ang PDB file sa
ang proseso at output ay ipapadala sa stdout. Kung ang pangalawang parameter ay tinukoy ito ay
binibigyang kahulugan bilang pangalan ng DSSP file na gagawin. Parehong ang input at ang output file
ang mga pangalan ay maaaring may alinman sa .gz o .bz2 bilang extension na nagreresulta sa wastong compression.

-i, --input filename
Ang pangalan ng file ng a PDB na-format na file na naglalaman ng data ng istruktura ng protina. Ito
Ang file ay maaaring isang file na na-compress ng gzip o bzip2.

-o, --output filename
Ang pangalan ng file ng a DSSP file na gagawin. Kung ang filename ay nagtatapos sa .gz o .bz2 a
nilikha ang naka-compress na file.

-v, --verbose
Sumulat ng impormasyon sa diagnostic.

--bersyon
I-print ang numero ng bersyon at lumabas.

-h, - Tumulong
I-print ang mensahe ng tulong at lumabas. Ang direktoryo na naglalaman ng mga parser script para sa
Gng.

TEORYA

Gumagana ang programa ng DSSP sa pamamagitan ng pagkalkula ng pinaka-malamang na ibinigay na pagtatalaga ng pangalawang istraktura
ang 3D na istraktura ng isang protina. Ginagawa ito sa pamamagitan ng pagbabasa ng posisyon ng mga atomo sa a
protina (ang mga tala ng ATOM sa isang PDB file) na sinusundan ng pagkalkula ng enerhiya ng H-bond
sa pagitan ng lahat ng mga atomo. Ang pinakamahusay na dalawang H-bond para sa bawat atom ay gagamitin upang matukoy ang pinaka
malamang na klase ng pangalawang istraktura para sa bawat nalalabi sa protina.

Nangangahulugan ito na kailangan mong magkaroon ng buo at wastong 3D na istraktura para magawa ng isang protina
kalkulahin ang pangalawang istraktura. Walang magic sa DSSP, kaya hal. hindi nito mahulaan ang
pangalawang istraktura para sa isang mutated na protina kung saan wala kang 3D na istraktura.

DSSP FILE FORMAT

Ang bahagi ng header ng bawat file ng DSSP ay nagpapaliwanag sa sarili, naglalaman ito ng ilan sa impormasyon
kinopya mula sa PDB file at mayroong ilang mga istatistika na nakalap habang kinakalkula ang
pangalawang istraktura.

Ang ikalawang kalahati ng file ay naglalaman ng kinakalkula na pangalawang istraktura ng impormasyon sa bawat
nalalabi. Ang sumusunod ay isang maikling paliwanag para sa bawat hanay.

Haligi Pangalan paglalarawan
────────────────────────────────────────────────── .
# Ang natitirang numero bilang binibilang ng mkdssp
RESIDUE Ang residue number na tinukoy ng PDB file
sinusundan ng isang chain identifier.

AA Ang isang letrang code para sa amino acid. Kung ito
maliit na letra ang ibig sabihin nito ay a
cysteine ​​na bumubuo ng sulfur bridge na may
iba pang amino acid sa column na ito na may pareho
maliit na titik.
STRUCTURE Ito ay isang kumplikadong column na naglalaman ng maramihang sub
mga hanay. Ang unang hanay ay naglalaman ng isang liham
na nagpapahiwatig ng pangalawang istraktura na itinalaga sa
nalalabi na ito. Ang mga wastong halaga ay:
kodigo paglalarawan
H Alpha Helix
B Beta Bridge
E Strand
G Helix-3
I Helix-5
T Lumiko
S Baluktot
Ang sumusunod ay tatlong hanay na nagpapahiwatig para sa
bawat isa sa tatlong uri ng helix (3, 4 at 5)
kung ang residue na ito ay kandidato sa pagbubuo
itong helix. A > ang karakter ay nagsasaad na ito ay nagsisimula a
helix, ang isang numero ay nagpapahiwatig na ito ay nasa loob ng naturang a
helix at a < ang ibig sabihin ng karakter ay tinatapos nito ang helix.
Ang susunod na column ay naglalaman ng S character kung ito
ang nalalabi ay isang posibleng liko.
Pagkatapos ay mayroong isang column na nagsasaad ng chirality
at ito ay maaaring maging positibo o negatibo
(ibig sabihin ang alpha torsion ay alinman sa positibo o
negatibo).
Ang huling dalawang column ay naglalaman ng mga beta bridge label.
Ang lower case dito ay nangangahulugan ng parallel bridge at sa gayon
ang ibig sabihin ng upper case ay anti parallel.
BP1 at BP2 Ang una at pangalawang bridge pair na kandidato, ito
ay sinusundan ng isang liham na nagpapahiwatig ng sheet.
ACC Ang accessibility ng residue na ito, ito ang
surface area na ipinahayag sa square Ångstrom na
maaaring ma-access ng isang molekula ng tubig.
NH-->O..O-->HN Apat na column, ibinibigay nila para sa bawat residue ang
H-bond na enerhiya na may isa pang nalalabi kung saan ang
kasalukuyang nalalabi ay alinman sa acceptor o donor.
Ang bawat hanay ay naglalaman ng dalawang numero, ang una ay
isang offset mula sa kasalukuyang nalalabi hanggang sa
nalalabi ng kasosyo sa H-bond na ito (sa DSSP
pagnunumero), ang pangalawang numero ay ang kinakalkula
enerhiya para sa H-bond na ito.
TCO Ang cosine ng anggulo sa pagitan ng C=O ng
kasalukuyang nalalabi at C=O ng nakaraang nalalabi. Para sa
alpha-helices, malapit sa +1 ang TCO, para sa mga beta-sheet
Ang TCO ay malapit na sa -1. Hindi ginagamit para sa istraktura
kahulugan.
Kappa Ang virtual bond angle (bend angle) na tinukoy ng
ang tatlong C-alpha atoms ng mga residue na kasalukuyang
- 2, kasalukuyan at kasalukuyang + 2. Ginagamit upang tukuyin
yumuko (code ng istraktura 'S').
PHI at PSI IUPAC peptide backbone torsion angle.
X-CA, Y-CA at Z-CA Ang mga coordinate ng C-alpha

KASAYSAYAN

Ang orihinal na aplikasyon ng DSSP ay isinulat nina Wolfgang Kabsch at Chris Sander sa Pascal.
Ang bersyon na ito ay isang kumpletong muling pagsulat sa C++ batay sa orihinal na source code. Ilang mga bug
ay naayos mula noon at ang mga algorithm ay na-tweak dito at doon.

LAHAT

Ang code ay lubhang nangangailangan ng pag-update. Ang unang bagay na kailangang ipatupad ay ang
pinahusay na pagkilala sa mga pi-helice. Ang pangalawang pagpapabuti ay ang paggamit ng angle dependent
Pagkalkula ng enerhiya ng H-bond.

Gumamit ng mkdssp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net