primer3_core - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

primer3_core - Nagdidisenyo ng mga primer para sa PCR

SINOPSIS

primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ input_file]

DESCRIPTION

Ang primer3_core ay pumipili ng mga primer para sa mga reaksyon ng PCR, na isinasaalang-alang bilang pamantayang oligonucleotide
temperatura ng pagkatunaw, laki, nilalaman ng GC at mga posibilidad ng primer-dimer, laki ng produkto ng PCR,
positional na mga hadlang sa loob ng source sequence, at iba pang mga hadlang.

Bilang default, ang primer3_core ay tumatanggap ng input at gumagawa ng output sa Boulder-io na format, isang pre-XML
text-based na format ng input/output para sa format ng pagpapalitan ng data ng program-to-program. Ang
Boulder-io na format at ang mga utos na naiintindihan ng primer3_core ay inilarawan sa
README file, na matatagpuan sa mga Debian system /usr/share/doc/primer3/.

Opsyon

-format_output
Nagpi-print ng isang ulat na higit na nakatuon sa gumagamit para sa bawat sequence.

-strict_tags
Ang primer3_core ay umaalingawngaw at binabalewala ang anumang mga tag na hindi nito nakikilala, maliban kung ang
-strict_tags flag ay nakatakda sa command line, kung saan ang primer3_core ay nagpi-print ng isang
error sa PRIMER_ERROR output tag, at nagpi-print ng karagdagang impormasyon sa stdout;
maaaring maging kapaki-pakinabang ang opsyong ito para sa mga sistema ng pag-debug na may kasamang primer.

nota
Ang lumang flag -2x_compat ay hindi na suportado.

EXIT STATUS MGA CODE

· 0 sa normal na operasyon.

· -1 sa ilalim ng mga sumusunod na kundisyon: iligal na command-line na mga argumento, hindi ma-flush
stdout, hindi mabuksan (para sa pagsulat at paggawa) ng .for, .rev o .int file (marahil
dahil sa isang problema sa proteksyon).

· -2 sa out-of-memory.

· -3 walang laman na input.

· -4 na error sa isang "Global" na input tag (mensahe sa PRIMER_ERROR).

Sanggunian

Mangyaring banggitin ang Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 sa WWW para sa mga pangkalahatang gumagamit at para sa
biologist programmer." Sa S. Krawetz at S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Mga Protocol sa seryeng Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
mga pahina 365-386.

Gumamit ng primer3_core online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net