prof - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

prof - pangalawang istraktura at solvent accessibility predictor

SINOPSIS

prof [INPUTFILE+] [OPSYON]

DESCRIPTION

Ang pangalawang istraktura ay hinuhulaan ng isang sistema ng rating ng mga neural network sa isang inaasahan
average na katumpakan > 72% para sa tatlong estadong helix, strand at loop (Rost & Sander, PNAS,
1993 , 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; at Rost & Sander,
Protina, 1994, 19, 55-72; pagsusuri ng katumpakan). Sinuri sa parehong set ng data,
Ang PROFsec ay na-rate sa sampung porsyentong puntos na mas mataas sa tatlong estadong katumpakan kaysa sa mga pamamaraang ginagamit
iisang sequence information lamang, at higit sa anim na porsyentong puntos na mas mataas kaysa,
hal, isang paraan gamit ang impormasyon ng pagkakahanay batay sa mga istatistika (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Ang mga hula ng PHDsec ay may tatlong pangunahing tampok:

1. pinahusay na katumpakan sa pamamagitan ng ebolusyonaryong impormasyon mula sa maraming pagkakahanay ng pagkakasunod-sunod
2. pinahusay na hula sa beta-strand sa pamamagitan ng balanseng pamamaraan ng pagsasanay
3. mas tumpak na hula ng mga segment ng pangalawang istraktura sa pamamagitan ng paggamit ng multi-level system

Ang kakayahang magamit ng solvent ay hinuhulaan ng isang neural network method rating sa isang ugnayan
koepisyent (kaugnayan sa pagitan ng naobserbahang eksperimento at hinulaang kamag-anak na solvent
accessibility) na 0.54 cross-validated sa isang set ng 238 globular protein (Rost & Sander,
Protina, 1994, 20, 216-226; pagsusuri ng katumpakan). Ang output ng neural network
mga code para sa 10 estado ng relatibong accessibility. Ipinahayag sa mga yunit ng pagkakaiba
sa pagitan ng hula sa pamamagitan ng pagmomodelo ng homology (pinakamahusay na pamamaraan) at hula nang random (pinakamasama
paraan), ang PROFacc ay humigit-kumulang 26 na porsyentong puntos na mas mataas sa isang maihahambing na neural network
gamit ang tatlong output states (nalibing, intermediate, exposed) at hindi gumagamit ng impormasyon mula sa
maramihang pagkakahanay.

Ang mga transmembrane helice sa mga integral na protina ng lamad ay hinuhulaan ng isang sistema ng neural
mga network. Ang pagkukulang ng sistema ng network ay madalas na masyadong mahaba ang mga helice
hinulaan. Ang mga ito ay pinutol ng isang empirical na filter. Ang huling hula (Rost et al.,
Agham ng protina, 1995, 4, 521-533; pagsusuri ng katumpakan) ay may inaasahang bawat nalalabi
katumpakan ng tungkol sa 95%. Ang bilang ng mga maling positibo, ibig sabihin, mga transmembrane helice
hinulaang sa mga globular na protina, ay tungkol sa 2%. Ang hula ng neural network ng
Ang mga transmembrane helice (PHDhtm) ay pinino ng isang dynamic na algorithm na tulad ng programming. Ito
Ang pamamaraan ay nagresulta sa mga tamang hula ng lahat ng transmembrane helice para sa 89% ng 131
mga protina na ginagamit sa isang cross-validation test; higit sa 98% ng mga transmembrane helice ay
wastong hinulaan. Ang output ng pamamaraang ito ay ginagamit upang mahulaan ang topology, ibig sabihin, ang
oryentasyon ng N-term na may paggalang sa lamad. Ang inaasahang katumpakan ng
Ang hula sa topology ay > 86%. Ang katumpakan ng hula ay mas mataas kaysa sa average para sa eukaryotic
protina at mas mababa kaysa sa karaniwan para sa mga prokaryote. Ang PHDtopology ay mas tumpak kaysa sa lahat
iba pang mga pamamaraan na nasubok sa magkatulad na set ng data.

Kung walang opsyon sa output file (tulad ng --fileRdb or --fileOut) ay binibigyan ng RDB formatted
ang output ay nakasulat sa ./INPUTFILENAME.prof kung saan pinapalitan ng 'prof' ang extension ng
input file. Sa kakulangan ng extension '.prof' ay idinagdag sa pangalan ng input file.

Pagbubuhos format
Ang format ng RDB ay self-annotating, tingnan ang mga halimbawang output sa /share/profphd/prof/exa.

Mga sanggunian

Rost, B. at Sander, C. (1994a). Pinagsasama-sama ang ebolusyonaryong impormasyon at mga neural network sa
hulaan ang pangalawang istraktura ng protina. protina, 19(1), 55-72.
Rost, B. at Sander, C. (1994b). Pag-iingat at paghula ng solvent accessibility sa
pamilya ng protina. protina, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., and Sander, C. (1995). Mga transmembrane helice
hinulaan sa 95% na katumpakan. Sci ng protina, 4(3), 521-33.

Opsyon

Tingnan ang bawat keyword para sa higit pang tulong. Karamihan sa mga ito ay malamang na masira.

isang alternatibong pattern ng koneksyon (default=3)

3 hulaan ang sec + acc + htm

acc predict solvent accessibility, lang

ali magdagdag ng alignment sa 'nababasa ng tao' na PROF na output file (mga)

arko
arkitektura ng system (hal: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
isulat ang (mga) output file ng PROF na 'nababasa ng tao'

pinakamahusay
PROF na may pinakamahusay na katumpakan at pinakamahabang run-time

kapwa
hulaan ang pangalawang istraktura at kakayahang magamit ng solvent

data
data= para sa HTML out: ang mga bahagi lamang ng mga hulang nakasulat

mag-alis ng mga insekto
panatilihin ang karamihan sa mga intermediate na file, mag-print ng mga mensahe sa pag-debug

dirWork
direktoryo ng trabaho, default: isang pansamantalang direktoryo mula sa File::Temp::tempdir. Dapat buo
kwalipikadong landas.

Kilala sa trabaho.

doEval
DO evaluation para sa listahan (para lamang sa mga kilalang istruktura at listahan)

doFilterHssp
i-filter ang input na HSSP file (hindi kasama ang ilang pares)

doHtmfil
I-filter ang hula ng lamad (default)

doHtmisit
DO check strength of predicted membrane helix (default)

doHtmref
GAWIN pinuhin ang hula ng lamad (default)

doHtmtop
DO membrane helix topology (default)

dssp
i-convert ang PROF sa DSSP format

lumawak
palawakin ang mga insertion kapag nagko-convert ng output sa MSF na format

mabilis
PROF na may pinakamababang katumpakan at pinakamataas na bilis

fileCasp
pangalan ng PROF output sa CASP format (file.caspProf)

fileDssp
pangalan ng PROF output sa DSSP format (file.dsspProf)

fileHtml
pangalan ng PROF output sa HTML format (file.htmlProf)

fileMsf
pangalan ng PROF output sa MSF format (file.msfProf)

fileNotHtm
pangalan ng pag-flag ng file na walang nakitang membrane helix

fileOut
pangalan ng PROF output sa RDB format (file.rdbProf)

Kilala sa trabaho.

fileProf
pangalan ng PROF output sa nababasa ng tao na format (file.prof)

Nasira.

fileRdb
pangalan ng PROF output sa RDB format (file.rdbProf)

Kilala sa trabaho.

fileSaf
pangalan ng PROF output sa SAF format (file.safProf)

filter
i-filter ang input na HSSP file (hindi kasama ang ilang pares)

mahusay
PROF na may mahusay na katumpakan at katamtamang bilis

talangguhit
magdagdag ng ASCII graph sa 'nababasa ng tao' na PROF na output file (mga)

htm gamitin: 'htm= ' nagbibigay ng kaunting transmembrane helix na nakitang default ay 'htm=0'
(resp. htm=0.8) mas maliliit na numero mas maling positibo at mas kaunting maling negatibo!

html argumento
'hmtl' o 'html= ' isulat ang HTML na format ng hula na 'html' ay magreresulta sa
na ang PROF output ay na-convert sa HTML 'html=body' ay naghihigpit sa HTML file sa
Ang bahagi ng tag ng HTML_BODY na 'html=head' ay naghihigpit sa HTML file sa bahagi ng tag na HTML_HEADER
Ang 'html=all' ay nagbibigay ng HEADER at BODY

panatilihinConv
panatilihin ang conversion ng input file sa HSSP format

argumento keepFilter
<*|doKeepFilter=1> panatilihin ang na-filter na HSSP file

keepHssp argument
<*|doKeepHssp=1> panatilihin ang intermediate HSSP file

keepNetDb argument
<*|doKeepNetDb=1> panatilihin ang (mga) intermediate na DbNet file

argumento ng listahan
Ang <*|isList=1> input file ay listahan ng mga file

msf i-convert ang PROF sa MSF na format

maganda
magbigay ng 'nice-D' para itakda ang magandang halaga (priority) ng trabaho

walangProfHead
HUWAG kopyahin ang file na may mga talahanayan sa lokal na direktoryo

walang Paghahanap
maikli para sa doSearchFile=0, ibig sabihin, walang paghahanap ng mga DB file

noascii
pigilin ang pagsulat ng mga file ng resulta ng ASCII (ibig sabihin nababasa ng tao).

nohtml
pigilin ang pagsulat ng mga file ng resulta ng HTML

noice
hindi magiging maganda ang trabaho, ibig sabihin, hindi tatakbo nang may mababang priyoridad

notEval
HUWAG suriin ang katumpakan kahit na kilala ang mga istruktura

hindiHtmfil
HUWAG i-filter ang hula ng lamad

hindiHtmisit
HUWAG suriin kung sapat o hindi ang membrane helix

hindiHtmref
HUWAG pinuhin ang hula ng lamad

hindiHtmtop
HUWAG membrane helix topology

nresPerLineAli
Bilang ng mga character na ginamit para sa MSF file. Default: 50.

numeroMin
Minimal na bilang ng mga residues upang patakbuhin ang network, kung hindi, prd=symbolPrdShort. Default: 9.

optJury
Nagdaragdag ng PHD sa hurado. Default: `normal,usePHD'.

Maraming iba pang mga parameter ang nagbabago sa default para sa isang ito bilang isang side-effect, ang listahan ay
hindi komprehensibo:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Parameter file para sa sec+acc+htm. Default: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Parameter file para sa acc. Default: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraBoth
Parameter file para sa sec+acc. Default: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Parameter file para sa sec. Default: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Minimal reliability index (RI) para sa subset na PROFacc. Default: 4.

riSubSec
Minimal reliability index (RI) para sa subset na PROFsec. Default: 5.

riSubSym
Simbolo para sa mga nalalabi na hinulaang may RI < riSubSec/Acc. Default: `.'.

s_k_i_p
mga problema, manual, mga pahiwatig, notasyon, txt, kilala, TAPOS, Petsa, petsa, aa, Lhssp, numaa,
code

saf i-convert ang PROF sa format na SAF

scrAddHelp
scrGoal
paglipat ng neural network

scrHelpTxt
Tinanggap ang mga format ng input file:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
list_of_files (o solong file) parameter_file

scrName
prof

scrNarg
2

sec hulaan ang pangalawang istraktura, lamang

tahimik
walang impormasyong nakasulat sa screen - ito ang default

skipMissing
huwag i-abort kung nawawala ang input file!

sourceFile
prof

pagsusulit
ay isang pagsubok lamang (mas mabilis)

translate-jobid-in-param-values
Ang string na 'jobid' ay mapapalitan ng $par{jobid}

tst mabilis na tumakbo sa pamamagitan ng programa, mababang katumpakan

gumagamit
pangalan ng gumagamit

--bersyon
I-print na bersyon

Gumamit ng prof online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net