Ito ang command sumatra na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
sumatra - mabilis at eksaktong paghahambing at clustering ng mga sequence
SINOPSIS
Sumatra [mga pagpipilian] [dataset2]
DESCRIPTION
Kinakalkula ng Sumatra ang lahat ng pairwise na marka ng LCS (Longest Common Subsequence) ng isa
nucleotide dataset o sa pagitan ng dalawang nucleotide dataset.
Opsyon
-h [H]tulong - i-print tulong
-l Ang haba ng pagkakasunud-sunod ng sanggunian ay ang pinakamaikling.
-L Ang haba ng pagkakasunud-sunod ng sanggunian ay ang pinakamalaki.
-a Ang haba ng sequence ng sanggunian ay ang haba ng pagkakahanay (default).
-n Na-normalize ang marka ayon sa haba ng pagkakasunud-sunod ng sanggunian (default).
-r Raw score, hindi na-normalize.
-d Ang marka ay ipinahayag sa distansya (default: ang marka ay ipinahayag sa pagkakatulad).
-t ##.##
Threshold ng marka. Kung ang marka ay na-normalize at ipinahayag sa pagkakatulad (default),
ito ay isang pagkakakilanlan, hal 0.95 para sa isang pagkakakilanlan ng 95%. Kung ang iskor ay normalized at
ipinahayag sa distansya, ito ay (1.0 - pagkakakilanlan), hal 0.05 para sa isang pagkakakilanlan ng 95%.
Kung ang marka ay hindi na-normalize at ipinahayag sa pagkakatulad, ito ay ang haba ng
Pinakamahabang Karaniwang Kasunod. Kung ang marka ay hindi na-normalize at ipinahayag sa
distansya, ito ay (haba ng sanggunian - haba ng LCS).
Tanging mga pares ng pagkakasunud-sunod na may pagkakatulad sa itaas ##.## ang naka-print. Default: 0.00 (hindi
threshold).
-p ## Bilang ng mga thread na ginamit para sa pagkalkula (default=1).
-g Ang mga n ay pinalitan ng mga a (default: ang mga pagkakasunud-sunod na may mga n ay itinatapon).
-x Nagdadagdag ng apat na karagdagang column na may bilang at haba ng parehong sequence.
dataset1
(Unang argumento) ang dataset ng nucleotide na susuriin
dataset2
(Ikalawang argumento) opsyonal ang pangalawang dataset ng nucleotide
MGA RESULTA
Paglalarawan ng talahanayan ng mga resulta
column 1 : Pagkakasunud-sunod ng pagkakakilanlan 1
column 2 : Pagkakasunud-sunod ng pagkakakilanlan 2
hanay 3 : Iskor
column 4 : Bilang ng sequence 1 (may opsyon lang -x)
column 5 : Bilang ng sequence 2 (may opsyon lang -x)
column 6 : Haba ng sequence 1 (may opsyon lang -x)
column 7 : Haba ng sequence 2 (may opsyon lang -x)
Gamitin ang sumatra online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
