Ito ang command transeqe na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
transeq - Isalin ang mga pagkakasunud-sunod ng nucleic acid
SINOPSIS
transeq -pagkakasunod-sunod seqall [-frame listahan] [-mesa listahan] [-mga rehiyon saklaw] [-trim boolean]
[-malinis boolean] -alternatibo boolean -outseq seqoutall
transeq -tulong
DESCRIPTION
transeq ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Nucleic:Translation."
Opsyon
input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall
karagdagan seksyon
-frame listahan
Default na halaga: 1
-mesa listahan
-mga rehiyon saklaw
Mga rehiyon na isasalin. Kung iiwan itong blangko, isasalin ang kumpletong pagkakasunud-sunod.
Ang isang hanay ng mga rehiyon ay tinukoy ng isang hanay ng mga pares ng mga posisyon. Ang mga posisyon ay
mga integer. Ang mga ito ay pinaghihiwalay ng anumang non-digit, non-alpha na character. Mga halimbawa ng rehiyon
ang mga pagtutukoy ay: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99 Tandaan: ikaw
hindi dapat subukang gamitin ang opsyong ito sa anumang iba pang frame kaysa sa default, -frame=1
-trim boolean
Inaalis nito ang lahat ng 'X' at '*' na mga character mula sa kanang dulo ng pagsasalin. Ang
Ang proseso ng pag-trim ay nagsisimula sa dulo at magpapatuloy hanggang ang susunod na character ay hindi isang 'X'
o isang '*' Default na halaga: N
-malinis boolean
Binabago nito ang lahat ng mga posisyon ng STOP codon mula sa '*' na character sa 'X' (isang hindi kilalang
nalalabi). Ito ay kapaki-pakinabang dahil ang ilang mga programa ay hindi tumatanggap ng mga pagkakasunud-sunod ng protina na may
'*' mga character sa kanila. Default na halaga: N
Advanced seksyon
-alternatibo boolean
Ang default na kahulugan ng frame '-1' ay ang reverse-complement ng set ng mga codon
ginamit sa frame 1. (Ang Frame -2 ay ang hanay ng mga codon na ginagamit ng frame 2, katulad ng mga frame -3
at 3). Ito ay isang karaniwang pamantayan, na ginagamit ng pakete ng Staden at iba pang mga programa. Kung
mas gusto mong tukuyin ang frame '-1' bilang paggamit ng set ng mga codon na nagsisimula sa huli
codon ng sequence, pagkatapos ay itakda ito upang maging totoo. Default na halaga: N
Pagbubuhos seksyon
-outseq seqoutall
Gumamit ng transeqe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
