twofeate - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

twofeat - Nakahanap ng mga kalapit na pares ng mga feature sa (mga) sequence

SINOPSIS

twofeat -pagkakasunod-sunod seqall [-pinagmulan pisi] -atype pisi [-asense listahan] [-aminscore lumutang]
[-amaxscore lumutang] [-atag pisi] [-halaga pisi] [-bsource pisi] -btype pisi
[-walang kwenta listahan] [-bminscore lumutang] [-bmaxscore lumutang] [-btag pisi]
[-bhalaga pisi] [-nagsasapawan listahan] -minrange kabuuan -maxrange kabuuan
[-rangetype listahan] [- sense listahan] [-utos listahan] [-twoout toggle] -typeout pisi
-outfile ulat

twofeat -tulong

DESCRIPTION

twofeat ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Mga feature table."

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall

una tampok pagpipilian
-pinagmulan pisi
Bilang default, pinapayagan ang anumang pinagmulan ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda ito sa
tumugma sa anumang pinagmulan ng tampok na nais mong payagan. Ang pangalan ng pinagmulan ay karaniwang alinman sa pangalan
ng program na nakakita ng feature o ito ay ang feature table (hal: EMBL) na
nagmula ang tampok. Ang pinagmulan ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong payagan
higit sa isang pinagmulan, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: gene* | embl
Default na halaga: *

-atype pisi
Bilang default, pinapayagan ang bawat feature sa feature table. Maaari mong itakda ito sa alinman
uri ng tampok na nais mong payagan. Tingnan mo http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para sa isang listahan ng
ang mga uri ng feature ng EMBL at tingnan ang Appendix A ng Swissprot user manual sa
http://www.expasy.org/sprot/userman.html para sa isang listahan ng mga uri ng tampok na Swissprot.
Ang uri ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong payagan ang higit sa isang uri,
paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: *UTR | intron Default na halaga: *

-asense listahan
Bilang default, pinapayagan ang anumang feature sense. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa kinakailangang kahulugan.

-aminscore lumutang
Kung ito ay mas malaki sa o katumbas ng pinakamataas na marka, kung gayon ang anumang marka ay pinapayagan.
Default na halaga: 0.0

-amaxscore lumutang
Kung ito ay mas mababa sa o katumbas ng pinakamataas na marka, kung gayon ang anumang marka ay pinahihintulutan.
Default na halaga: 0.0

-atag pisi
Ang mga tag ay ang mga uri ng mga karagdagang halaga na maaaring mayroon ang isang feature. Halimbawa sa EMBL
feature table, ang isang 'CDS' na uri ng feature ay maaaring may mga tag na '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/ebidensya', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', o '/usedin'.
Ang ilan sa mga tag na ito ay mayroon ding mga halaga, halimbawa '/gene' ay maaaring magkaroon ng halaga ng
pangalan ng gene. Bilang default, pinapayagan ang anumang tag ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda
ito upang tumugma sa anumang tag ng tampok na nais mong payagan. Maaaring wildcard ang tag sa pamamagitan ng paggamit
'*'. Kung gusto mong payagan ang higit sa isang tag, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter
'|', hal: gene | label Default na halaga: *

-halaga pisi
Ang mga value ng tag ay ang mga value na nauugnay sa isang feature tag. Ang mga tag ay ang mga uri ng dagdag
mga halaga na maaaring mayroon ang isang tampok. Halimbawa sa EMBL feature table, isang 'CDS' na uri ng
Ang feature ay maaaring may mga tag na '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/ebidensya', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table', o '/usedin'. Ilan lang sa mga tag na ito ang maaaring magkaroon
mga halaga, halimbawa '/gene' ay maaaring magkaroon ng halaga ng pangalan ng gene. Bilang default, anuman
Ang halaga ng tag ng tampok sa talahanayan ng tampok ay pinapayagan. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa alinman
halaga ng tag ng tampok na nais mong payagan. Maaaring wildcard ang value ng tag sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung
gusto mong payagan ang higit sa isang halaga ng tag, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter
'|', hal: pax* | 10 Default na halaga: *

Pangalawa tampok pagpipilian
-bsource pisi
Bilang default, pinapayagan ang anumang pinagmulan ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda ito sa
tumugma sa anumang pinagmulan ng tampok na nais mong payagan. Ang pangalan ng pinagmulan ay karaniwang alinman sa pangalan
ng program na nakakita ng feature o ito ay ang feature table (hal: EMBL) na
nagmula ang tampok. Ang pinagmulan ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong payagan
higit sa isang pinagmulan, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: gene* | embl
Default na halaga: *

-btype pisi
Bilang default, pinapayagan ang bawat feature sa feature table. Maaari mong itakda ito sa alinman
uri ng tampok na nais mong payagan. Tingnan mo http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para sa isang listahan ng
ang mga uri ng feature ng EMBL at tingnan ang Appendix A ng Swissprot user manual sa
http://www.expasy.org/sprot/userman.html para sa isang listahan ng mga uri ng tampok na Swissprot.
Ang uri ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong payagan ang higit sa isang uri,
paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: *UTR | intron Default na halaga: *

-walang kwenta listahan
Bilang default, pinapayagan ang anumang feature sense. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa kinakailangang kahulugan.

-bminscore lumutang
Kung ito ay mas malaki sa o katumbas ng pinakamataas na marka, kung gayon ang anumang marka ay pinapayagan.
Default na halaga: 0.0

-bmaxscore lumutang
Kung ito ay mas mababa sa o katumbas ng pinakamataas na marka, kung gayon ang anumang marka ay pinahihintulutan.
Default na halaga: 0.0

-btag pisi
Ang mga tag ay ang mga uri ng mga karagdagang halaga na maaaring mayroon ang isang feature. Halimbawa sa EMBL
feature table, ang isang 'CDS' na uri ng feature ay maaaring may mga tag na '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/ebidensya', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', o '/usedin'.
Ang ilan sa mga tag na ito ay mayroon ding mga halaga, halimbawa '/gene' ay maaaring magkaroon ng halaga ng
pangalan ng gene. Bilang default, pinapayagan ang anumang tag ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda
ito upang tumugma sa anumang tag ng tampok na nais mong payagan. Maaaring wildcard ang tag sa pamamagitan ng paggamit
'*'. Kung gusto mong payagan ang higit sa isang tag, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter
'|', hal: gene | label Default na halaga: *

-bhalaga pisi
Ang mga value ng tag ay ang mga value na nauugnay sa isang feature tag. Ang mga tag ay ang mga uri ng dagdag
mga halaga na maaaring mayroon ang isang tampok. Halimbawa sa EMBL feature table, isang 'CDS' na uri ng
Ang feature ay maaaring may mga tag na '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/ebidensya', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table', o '/usedin'. Ilan lang sa mga tag na ito ang maaaring magkaroon
mga halaga, halimbawa '/gene' ay maaaring magkaroon ng halaga ng pangalan ng gene. Bilang default, anuman
Ang halaga ng tag ng tampok sa talahanayan ng tampok ay pinapayagan. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa alinman
halaga ng tag ng tampok na nais mong payagan. Maaaring wildcard ang value ng tag sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung
gusto mong payagan ang higit sa isang halaga ng tag, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter
'|', hal: pax* | 10 Default na halaga: *

tampok kaugnayan pagpipilian
-nagsasapawan listahan
Binibigyang-daan ka nitong tukuyin ang pinapayagang mga overlap ng mga feature A at B. Maaari mong payagan
anuman o walang mga overlap, tukuyin na dapat o hindi dapat mag-overlap ang mga ito, na dapat o dapat
hindi ganap na nakapaloob sa loob ng isa pang tampok. Default na halaga: A

-minrange kabuuan
Kung ito ay mas malaki o katumbas ng 'maxrange', walang min o max na hanay ang tinukoy

-maxrange kabuuan
Kung ito ay mas mababa sa o katumbas ng 'minrange', walang min o max na hanay ang tinukoy

-rangetype listahan
Ito ay nagpapahintulot sa iyo na tukuyin ang mga posisyon kung saan ang pinapayagang minimum o maximum
ang distansya sa pagitan ng mga tampok ay sinusukat Default na halaga: N

- sense listahan
Binibigyang-daan ka nitong tukuyin ang kinakailangang kahulugan na dapat naka-on ang dalawang feature. Ito
ay binabalewala (laging 'Any') kapag tumitingin sa mga feature ng pagkakasunud-sunod ng protina. Default na halaga: A

-utos listahan
Ito ay nagpapahintulot sa iyo na tukuyin ang kinakailangang pagkakasunud-sunod ng dalawang tampok. Ang utos ay
sinusukat mula sa mga panimulang posisyon ng mga tampok. Palaging inilalapat ang pamantayang ito
sa kabila ng tinukoy na uri ng overlap na kinakailangan. Default na halaga: A

Pagbubuhos seksyon
-twoout toggle
Kung itinakda mo ito na totoo, ang dalawang feature mismo ay isusulat. Kung
ito ay iniwan bilang false, pagkatapos ay isang solong tampok ang isusulat na sumasaklaw sa dalawa
mga feature na nahanap mo. Default na halaga: N

-typeout pisi
Kung tinukoy mo na ang mga pares ng mga tampok na natagpuan ay dapat iulat bilang
isang tampok sa output, pagkatapos ay maaari mong tukuyin ang 'uri' na pangalan ng bagong tampok
dito. Bilang default, pinapayagan ang bawat feature sa feature table. Tingnan mo
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para sa isang listahan ng mga uri ng tampok na EMBL at tingnan
Appendix A ng Swissprot user manual sa http://www.expasy.org/sprot/userman.html
para sa isang listahan ng mga uri ng tampok na Swissprot. Kung tumukoy ka ng di-wastong uri ng feature
pangalan, pagkatapos ay ginamit ang default na pangalan na 'misc_feature'. Default na halaga: misc_feature

-outfile ulat

Gumamit ng twofeate online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net