Ito ang command na WigeoN na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
wigeon - muling pagpapatupad ng Pintail 16S DNA anomaly detection utility
DESCRIPTION
Sinusuri ng WigeoN ang sequence conservation sa pagitan ng isang query at isang pinagkakatiwalaang sanggunian
pagkakasunud-sunod, parehong nasa NAST alignment format. Batay sa pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod sa pagitan ng query
at ang pagkakasunud-sunod ng sanggunian, mayroong inaasahang dami ng pagkakaiba-iba sa pagkakahanay.
Kung ang naobserbahang variation ay mas malaki sa 95% quantile ng distribution ng
pagkakaiba-iba na naobserbahan sa pagitan ng mga hindi maanomalyang pagkakasunud-sunod, pagkatapos ay na-flag ito bilang isang anomalya.
Ang WigeoN ay isang flexible command-line based na muling pagpapatupad ng Pintail algorithm Appl
Microbiol sa kapaligiran. 2005 Dis;7112:7724-36.
Ang WigeoN ay kapaki-pakinabang para sa pag-flag ng mga chimera at anomalya lamang sa halos buong-haba na 16S rRNA
mga pagkakasunod-sunod. Walang sensitivity ang WigeoN na may mga sequence na mas mababa sa 1000 bp.
Upang patakbuhin ang WigeoN, kailangan mo ng NAST-formatted sequences na nabuo ng nast-ier utility.
Ang WigeoN ay bahagi ng microbiomeutil suite.
Opsyon
Kailangan:
--query_NAST
multi-fasta file na naglalaman ng mga query sequence sa alignment na format
Opsyonal:
--db_NAST
db sa NAST na format
--db_FASTA
db sa fasta format (megablast formatted)
--num_top_hits
default 1: gumagamit lang ng solong pinakamahusay na tugma.
--plot
--DEBUG
--exec_dir
cd sa exec_dir bago tumakbo
Gamitin ang WigeoN online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
