xcrysden - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

xcrysden - visualizer ng mala-kristal at molekular na istraktura

SINOPSIS

xcrysden [mga espesyal na opsyon]
xcrysden [mga espesyal na opsyon] mga pagpipilian sa format file|direktoryo

DESCRIPTION

XCrySDen ay isang mala-kristal at molecular structure visualization program, na naglalayong
pagpapakita ng mga isosurface at contour, na maaaring i-superimpose sa mga kristal na istruktura
at interactive na iniikot at manipulahin.

ESPESYAL Opsyon

-h
- Tumulong
Ipakita ang mensahe ng tulong.

-v
--bersyon
Ipakita ang impormasyon ng bersyon ng programa.

-u id
--gamitin id
I-load ang XCrySDen na naka-embed sa window ng container na may window-ID=id.

-r Sun.
--reducedim Sun.
Bawasan ang pana-panahong dimensyon ng XSF file sa Sun.. Dapat tukuyin bago --xsf pagpipilian,
Halimbawa, xcrysden -r 2 --xsf file.

-c file
--pasadya file
Mag-load ng mga custom-definition mula sa isang tinukoy na file (ang syntax ay sa
~/.xcrysden/custom-definitions).

-a file
--mga katangian file
Mag-load ng mga katangian mula sa file. Ang format ng file ng mga katangian ay ang sumusunod:

ELEMENTCOLOR
atomic-number1 red1 blue1 green1
atomic-number2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
atomic-number1 radius1
atomic-number2 radius2
...

-l file
--mga ilaw file
Mag-load ng mga parameter ng mga ilaw mula sa file na na-format ng mga ilaw ng XCrySDen.

FORMAT Opsyon

--xsf file
I-load ang istraktura mula sa XCrySDen's-Structure-File (XSF) na naka-format na file.

--animxsf file
--axsf file
Mag-load ng mga istruktura mula sa Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF) na naka-format na file.

--bxsf file
Mag-load ng mga banda mula sa BXSF (Band-XSF) file at i-visualize ang Fermi Surface.

--xmol file
--xyz file
I-load ang istraktura mula sa XYZ formatted file.

--pdb file
I-load ang istraktura mula sa PDB formatted file.

--gzmat file
I-load ang istraktura mula sa Gaussian Z-matrix (nangangailangan ng Open-Babel program).

--gaussian_out file
--gxx_out file
--g98_out file
I-load ang istraktura mula sa Gaussian output file. Iisang punto lamang ang pagkalkula at
optimization run ay suportado sa ngayon. Para sa optimization run posible na
i-render ang lahat ng mga istraktura na ginawa sa panahon ng pagtakbo.

--kubo file
--gXX_cube file
--g98_cube file
I-load ang istraktura mula sa Gaussian cube file. Ang cube file ay dapat gawin gamit ang
Cube=Mga Card na opsyon. Mga scalar cube file lang ang sinusuportahan, ibig sabihin, Cube=(Mga Card, Density)
o Cube=(Mga Card, Orbital) o Cube=(Mga Card, Potensyal). Sumangguni sa GAUSSIAN manual para sa
kahulugan ng mga keyword na ito.

--crystal_inp file
I-load ang istraktura mula sa CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) input file.

--crystal_f9 file
I-load ang istraktura mula sa CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) fortran unit 9.

--wien_struct filehead|file|direktoryo
Istruktura ng pag-load mula sa WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, kung saan:

filehead = pangalan ng struct file na walang .struct extension,
file = pangalan ng file,
direktoryo = pangalan ng direktoryo ng kaso.

--wien_kpath direktoryo|struct-file
Basahin istruktura file at i-render ang unang Brillouin zone na may mga espesyal na k-point. Pwedeng K-path
pinili nang interactive sa pamamagitan ng pag-click ng mouse sa mga espesyal na k-point. Dapat tukuyin ng user EMIN
at EMAX enerhiya at kabuuang bilang ng mga k-point sa daan. Ang numerong ito ay pawang
isang pagtatantya ng kabuuang bilang ng mga k-point, dahil sinusubukan ng XCrySDen na maging napaka-uniporme
sampling ng mga k-point sa daanan (huwag tukuyin ang WIEN2k maximum na pinapayagang bilang ng k-
puntos, dahil ang XCrySDen ay maaaring makabuo ng ilang puntos pa).

--wien_renderdensity direktoryo
Basahin istruktura, output, at rho mga file at nag-render ng mala-kristal na istraktura at na-precomputed
density ng singil.

--wien_density direktoryo
Alinman sa 2D o 3D na rehiyon para sa pagkalkula ng density ng singil ay interactive na pinili ng
pag-click ng mouse. XCrySDen bumubuo in5 (mga) file, kinakalkula at ini-render ang density ng singil
alinman bilang mga isoline/colorplanes (2D) o isosurfaces (3D).

--wien_fermisurface direktoryo
Mag-pop-up ng task window para sa paggawa ng ibabaw ng Fermi. Matapos ang ilang hakbang ay si Fermi
ibabaw ay (sana) iginuhit bilang 3D isosurface.

--fhi_inpini file
Istruktura ng pag-load mula sa FHI98MD inp.ini na-format na file.

--fhi_coord file
Istruktura ng pag-load mula sa FHI98MD coordinate.out na-format na file.

--pwi
--pw_inp file
I-load ang istraktura mula sa pw.x input file. pw.x ay isang pseudopotential planewave program ng
ang pamamahagi ng Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out file
I-load ang istraktura mula sa pw.x output file. pw.x ay isang pseudopotential planewave program ng
ang pamamahagi ng Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s script
--script script
Mag-load ng script mula sa file na naglalaman ng Tcl script.

Gamitin ang xcrysden online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net