Ito ang Linux app na pinangalanang BLAST Ring Image Generator na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang BRIG-0.95-dist.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang BLAST Ring Image Generator na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
BLAST Ring Image Generator
DESCRIPTION
Ang BRIG ay isang cross-platform (Windows/Mac/Unix) na application na maaaring magpakita ng mga circular na paghahambing sa pagitan ng malaking bilang ng mga genome, na may pagtuon sa paghawak ng data ng genome assembly.Mangyaring banggitin ang papel ng BRIG kung ang BRIG ay ginagamit upang bumuo ng mga numero para sa mga publikasyon: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simpleng prokaryote genome comparisons, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Mga tampok
- Ang mga larawan ay nagpapakita ng pagkakatulad sa pagitan ng isang sentral na reference sequence at iba pang mga sequence bilang concentric ring.
- Gagawin ng BRIG ang lahat ng paghahambing ng BLAST at awtomatikong pag-parse ng file sa pamamagitan ng isang simpleng GUI.
- Maaaring ipakita ang mga contig boundaries at read coverage para sa mga draft na genome; maaaring ipakita ang mga customized na graph at anotasyon.
- Gamit ang set ng mga gene na tinukoy ng user bilang input, maaaring ipakita ng BRIG ang presensya ng gene, kawalan, truncation o sequence variation sa isang set ng kumpletong genome, draft genome o kahit na raw, unassembled sequence data.
- Tumatanggap din ang BRIG ng mga file na read-mapping na naka-format sa SAM na nagbibigay-daan sa mga genomic na rehiyon na nasa hindi naka-assemble na data ng sequence mula sa maraming sample upang maikumpara nang sabay-sabay
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Java
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/brig/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.