Ito ang Linux app na pinangalanang codonPhyML na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang codonPhyML sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
codonPhyML
DESCRIPTION
Ang codonPhyML ay gumagamit ng Markovian codon na mga modelo ng ebolusyon sa phylogeny reconstruction. Dahil sa isang hanay ng mga species na nailalarawan ng kanilang mga sequence ng DNA bilang input, ibabalik ng codonPhyML ang phylogenetic tree na pinakamahusay na naglalarawan sa kanilang ebolusyonaryong relasyon. Ang aming papel na naglalarawan sa codonPhyML ay nai-publish sa journal na "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Para sa karagdagang detalye, sundan ang link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. Ang codonPhyML ay nasa cover ng MBE! Tingnan ito (Agosto 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Para sa multimodel na bersyon ng CodonPhyML, mangyaring gamitin ang 'codonphyml_multi.tgz' tarball.
Mga tampok
- Markovian codon models of evolution: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Ang NNI at SPR tree topology ay naghahanap ng heuristic
- mga parameter ng rate ng pagpapalit na tinatantya ng pinakamataas na posibilidad
- multicore na suporta sa pamamagitan ng OpenMP
- posibilidad na maihahambing sa iba't ibang modelo (ibig sabihin, AA, NT at CODON)
Audience
Agham/Pananaliksik, Edukasyon
Interface ng gumagamit
Console/Terminal, Command-line
Wika ng Programming
C
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
