Ito ang Linux app na pinangalanang FineSplice na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang FineSplice-0.2.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang FineSplice sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
FineSplice
DESCRIPTION
Ang FineSplice ay isang Python wrapper sa TopHat2 na nakatuon sa isang maaasahang pagkakakilanlan ng mga ipinahayag na exon junction mula sa RNA-Seq data, sa pinahusay na katumpakan ng pagtuklas na may maliit na pagkawala ng sensitivity.
Kasunod ng pag-align sa TopHat2 gamit ang mga kilalang transcript annotation, kinukuha ng FineSplice bilang input ang nagreresultang BAM file at naglalabas ng kumpiyansa na hanay ng mga ipinahayag na splice junction na may kaukulang bilang ng nabasa. Ang mga potensyal na maling positibong nagmumula sa mga huwad na pag-align ay sinasala sa pamamagitan ng isang diskarte sa pagtuklas ng anomalya na kalahating pinangangasiwaan batay sa logistic regression. Maramihang pagbabasa ng pagmamapa na may natatanging lokasyon pagkatapos na mailigtas ang pag-filter at muling inilalaan sa pinaka-maaasahang lokasyon ng kandidato.
Ang FineSplice ay nangangailangan ng Python 2.x (>= 2.6) na may mga sumusunod na module na naka-install: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) at scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
Para sa karagdagang detalye tingnan ang aming publikasyon: Nucl. Mga Acid Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
Mga tampok
- I-align sa TopHat2 gamit ang mga transcript annotation para sa mahusay na pagganap sa pagmamapa
- Patakbuhin ang FineSplice para maalis ang mga hindi mapagkakatiwalaang gapped alignment at pagbutihin ang katumpakan ng pagtuklas ng splice junction
- Naglalabas ng kumpiyansa na hanay ng mga exon-exon junction na may kaukulang read count para sa mga downstream na pagsusuri
Wika ng Programming
Sawa
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
