Ito ang Linux app na pinangalanang MCPerm: Monte Carlo SNP permutation na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang MCPerm_1.1.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang MCPerm: Monte Carlo SNP permutation sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MCPerm: Monte Carlo SNP permutation
Ad
DESCRIPTION
MCPerm: Isang paraan ng permutasyon ng Monte Carlo para sa maramihang pagsubok na ugnayan sa pag-aaral ng case-control association
Ang tradisyunal na permutation (TradPerm) na pagsubok ay isang mahalagang non-parametric na paraan ng pagsusuri na maaaring ituring bilang gold standard para sa maraming pagwawasto sa pagsubok sa case-control association na pag-aaral. Gayunpaman, umaasa ito sa orihinal na solong nucleotide polymorphism (SNP) genotypes at phenotypes data upang magsagawa ng isang malaking bilang ng mga random shuffles, at sa gayon ito ay computationally intensive, lalo na para sa genome-wide association study (GWAS). Upang mapahusay ang bilis ng pagkalkula nang hindi binabago ang laki ng TradPerm p-value, bumuo kami ng Monte Carlo permutation (MCPerm) na paraan bilang isang mahusay na alternatibo sa TradPerm.
Mga Paraan: Hindi kailangang i-shuffle ng MCPerm ang orihinal na data ng genotype at phenotypes. Gumagamit ito ng pamamaraang Monte Carlo, gumagamit ng dalawang-hakbang na hypergeometric distribution upang makabuo ng random na bilang ng mga genotype (AA, Aa at aa) sa mga kaso at kontrol.
Wika ng Programming
S / R
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
