Ito ang Linux app na pinangalanang PRADA na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang PRADA.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang PRADA kasama ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
PRADA
Ad
DESCRIPTION
Ang napakalaking parallel na pagkakasunud-sunod ng cDNA reverse transcribe mula sa RNA (RNASeq) ay nagbibigay ng tumpak na pagtatantya ng dami at komposisyon ng mga mRNA. Upang makilala ang transcriptome sa pamamagitan ng pagsusuri ng data ng RNA-seq, binuo namin ang PRADA. Nakatuon ang PRADA sa pagproseso at pagsusuri ng mga pagtatantya ng expression ng gene, pinangangasiwaan at hindi pinangangasiwaang gene fusion identification, at pinangangasiwaang intragenic deletion identification.
Kasalukuyang sinusuportahan ng PRADA ang 7 modules para maproseso at matukoy ang mga abnormalidad mula sa RNAseq data:
preprocess: Bumubuo ng nakahanay at na-recalibrate na mga BAM file.
expression: Bumubuo ng gene expression (RPKM) at mga sukatan ng kalidad.
fusion: Kinikilala ang mga fusion ng gene ng kandidato.
guess-ft: Pinangangasiwaang paghahanap para sa mga transcript ng fusion.
guess-if: Pinangangasiwaang paghahanap para sa mga intragenic fusion.
homology: Kinakalkula ang homology sa pagitan ng ibinigay na dalawang gene.
frame: Hinulaan ang functional na resulta ng fusion transcript
Mga tampok
- Ang PRADA ay nakasulat sa python programing language at nilayon na tumakbo sa isang command line environment sa UNIX o LINUX operating system.
- Ang detalyadong paglalarawan ng mga hakbang sa pag-install at ang paggamit ng bawat module na may mga halimbawa ay makukuha sa dokumentasyon sa https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Ang hg19 reference na mga file ay magagamit upang i-download sa http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Upang alisin ang mga fusion artifact, sinasala namin ang mga gene na may maraming kasosyo sa parehong sample at homology.
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/prada/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
