Ito ang Linux app na pinangalanang simulate_pcr na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang simulate_pcr sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
simulate_pcr
Ad
DESCRIPTION
Ang pagtatasa sa pagtitiyak ng panimulang aklat at paghula sa parehong ninanais at hindi target na mga produkto ng amplification ay isang mahalagang hakbang para sa matatag na disenyo ng PCR assay. Ang script na ito ay hinuhulaan ang mga potensyal na polymerase chain reaction (PCR) amplicon sa isang malaking sequence database gaya ng NCBI nt mula sa alinman sa singleplex o isang malaking multiplexed set ng mga primer, na nagpapahintulot sa mga degenerate na primer at probe base, na may target na mismatch tolerance at hanay ng haba ng amplicon na itatakda ng ang gumagamit. Ang PCR amplicon simulation code ay nag-annotate din ng mga amplicon na may impormasyon ng gene na awtomatikong na-download mula sa NCBI, at maaari itong mahulaan kung mayroon ding mga TaqMan/Luminex probe na tugma sa loob ng mga hinulaang amplicon. Ito ay isang open source command line Perl script na tinatawag na simulate_PCR.pl na tumatawag sa BLAST (Altschul, et al., 1990) na mga programang makeblastdb, blastn, at blastdbcmd, at ang NCBI efetch utility (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
