Ito ang Linux app na pinangalanang sRNAWorkbench na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang UEA_Workbench_4.7_update.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang sRNAWorkbench na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
sRNAWorkbench
DESCRIPTION
Isang hanay ng mga tool para sa pagsusuri ng maliit na RNA (sRNA) na data mula sa Next Generation Sequencing device. Kabilang ang expression profiling ng kilalang mirco RNA (miRNA), pagkilala sa nobelang miRNA sa deep-sequencing data at pagkilala sa iba pang mga kawili-wiling landmark sa loob ng high-throughput na genetic data
Mga tampok
- Adapter Remover: nag-aalis ng mga fragment ng adapter mula sa raw short read sequence data at naglalabas ng data sa FASTA na format.
- Filter: gumagawa ng na-filter na bersyon ng isang dataset ng sRNA, na kinokontrol ng ilang pamantayang tinukoy ng user, kabilang ang haba ng sequence, kasaganaan, pagiging kumplikado, paglilipat at pag-aalis ng ribosomal RNA.
- miRCat2 (miRNA Categorization): hinuhulaan ang mga mature na miRNA at ang kanilang mga precursor mula sa isang sRNA dataset at isang genome.
- SiLoCo (Short interfering RNA Locus Comparison): inihahambing ang mga antas ng expression ng sRNA sa maraming sample sa pamamagitan ng pagpapangkat ng mga sRNA sa loci batay sa genomic na lokasyon
- ta-siRNA (trans-acting short interfering RNA): hula ng mga phased ta-siRNA sa mga dataset ng sRNA ng halaman.
- miRProf (miRNA Profiler): tinutukoy ang mga normalized na antas ng expression ng mga sRNA na tumutugma sa mga kilalang miRNA sa miRBase.
- Hairpin Annotation: bumubuo ng pangalawang istraktura mula sa isang RNA sequence at nagha-highlight ng mga rehiyon ng interes gamit ang RNAplot
- VisSR (Visualization of sRNAs): bumuo ng visual na representasyon ng mga sRNA at mga genomic na feature na na-import ng user.
- PAREsnip2: Tukuyin ang mga target ng miRNA na napatunayan sa pamamagitan ng pagkasira
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Java Swing
Wika ng Programming
C++, Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
