Ito ang Linux app na pinangalanang VarScan na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang VarScan.v2.3.9.jar. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang VarScan sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
VarScan
DESCRIPTION
Variant detection sa massively parallel sequencing. Para sa isang sample, tumatawag sa mga SNP, indels, at consensus genotypes. Para sa mga tumor-normal na pares, higit pang inuuri ang bawat variant bilang Germline, Somatic, o LOH, at nakikita rin ang mga pagbabago sa numero ng kopya ng somatic. ANG PINAKABAGONG VERSION AY AVAILABLE SA GITHUB
Mga tampok
- Tumatawag sa mga SNP at Indel mula sa SAMtools pileup file
- Sinasala ang mga variant ayon sa saklaw, lalim ng pagbasa, dalas ng variant, at kalidad ng base
- Tinutukoy ang somatic status (Somatic, Germline, LOH) para sa Tumor-Normal na pares
- Pinaghahambing, pinagsasama, at pinag-intersect ang dalawang listahan ng mga variant
- Nililimitahan ang mga variant na tawag sa isang hanay ng mga target na posisyon o target na rehiyon
- Libre para sa hindi pangkomersyal na paggamit.
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/varscan/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
