Ito ang Linux app na pinangalanang ViralFusionSeq [VFS] na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang ViralFusionSeq [VFS] para tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
ViralFusionSeq [VFS] upang tumakbo sa Linux online
DESCRIPTION
Ang VFS ay ganap na nasubok sa ilalim ng Ubuntu/Debian system.** Anunsyo 1**: Ang VFS ay mas mataas kaysa sa Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Noong 2016, ang VFS ay ang tanging tool sa pagsasama ng viral na magagamit sa NIH HPC system.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
Ang ViralFusionSeq (VFS) ay isang versatile high-throughput sequencing (HTS) na tool para sa pagtuklas ng mga kaganapan sa pagsasama ng viral at muling pagbuo ng mga fusion transcript sa solong-base na resolusyon.
Pinagsasama ng VFS ang soft-clipping na impormasyon, pagsusuri ng read-pair, at naka-target na de novo assembly upang matuklasan at i-annotate ang mga kaganapan ng viral-human fusion.
Ang isang simple ngunit epektibong empirical statistical model ay ginagamit upang suriin ang kalidad ng fusion breakpoints.
Kinakailangan ang mga minimum na parameter na tinukoy ng user.
Ang source code na may user manual at gabay sa pag-install ng VFS ay makukuha sa seksyong "Files" ng sourceforge.
Pagsipi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Mga tampok
- Naaangkop at ganap na nasubok gamit ang data ng RNA-Seq at DNA-Seq
- Gamitin ang parehong clipped-sequence (CS) at paired-end (RP) na impormasyon para matuklasan ang viral integration
- Muling pagtatayo ng pagkakasunud-sunod ng fusion transcript gamit ang impormasyon ng CS at RP
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Perl
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.