Ito ang Linux app na pinangalanang Virmid na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang Virmid-1.2.0.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang Virmid sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
Virmid
DESCRIPTION
BALITA:
11-07-2013 Isang bagong bersyon na Virmid 1.1.0 ang na-upload.
08-29-2013 Ang Virmid paper ay inilathala na ngayon sa Genome Biology.
Kim S et al, "Virmid: tumpak na pagtuklas ng somatic mutations na may sample impurity inference", Genome Biology 2013, 14:R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Ang Virmid (Virtual Microdissection para sa pagtawag sa SNP) ay isang variant na tumatawag na batay sa Java na idinisenyo para sa mga sample na tumutugma sa pagkontrol sa sakit. Ang Virmid ay dalubhasa din sa pagtukoy ng potensyal sa loob ng indibidwal na kontaminasyon kung saan ang sample ng sakit ay hindi sapat na nadalisay. Habang ang rate ng pagtawag sa SNP ay malubhang nakompromiso sa heterogeneity na ito, maaaring matuklasan ng Virmid ang mga SNP na may mababang dalas ng allele sa pamamagitan ng pagsasaalang-alang sa antas ng kontaminasyon (alpha). Ang mahahalagang katangian ng Virmid ay:
• Pagtataya ng tumpak na proporsyon ng control sample sa isang (halo-halong) sample ng sakit
• Pinahusay na SNP at somatic mutation calling patungkol sa tinantyang proporsyon
Mga tampok
- Paghanap ng somatic mutation
- Halimbawang hinuha sa karumihan
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding makuha mula sa https://sourceforge.net/projects/virmid/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
