Ito ang Windows app na pinangalanang BBMap na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang BBMap_39.03.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang BBMap na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Magsimula ng anumang OS OnWorks online emulator mula sa website na ito, ngunit mas mahusay na Windows online emulator.
- 5. Mula sa OnWorks Windows OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application at i-install ito.
- 7. I-download ang Wine mula sa iyong mga Linux distributions software repository. Kapag na-install na, maaari mong i-double click ang app upang patakbuhin ang mga ito gamit ang Wine. Maaari mo ring subukan ang PlayOnLinux, isang magarbong interface sa ibabaw ng Wine na tutulong sa iyong mag-install ng mga sikat na programa at laro sa Windows.
Ang alak ay isang paraan upang patakbuhin ang software ng Windows sa Linux, ngunit walang kinakailangang Windows. Ang alak ay isang open-source na layer ng compatibility ng Windows na maaaring direktang magpatakbo ng mga program sa Windows sa anumang desktop ng Linux. Sa totoo lang, sinusubukan ng Wine na muling ipatupad ang sapat na Windows mula sa simula upang mapatakbo nito ang lahat ng mga Windows application na iyon nang hindi talaga nangangailangan ng Windows.
MGA LALAKI
Ad
BBMap
DESCRIPTION
Kasama sa package na ito ang BBMap, isang maikling read aligner, pati na rin ang iba't ibang bioinformatic tool. Ito ay nakasulat sa purong Java, maaaring tumakbo sa anumang platform, at walang mga dependency maliban sa Java na naka-install (compiled para sa Java 6 at mas mataas). Ang lahat ng mga tool ay mahusay at multithreaded.
BBMap: Maikling read aligner para sa data ng DNA at RNA-seq. May kakayahang pangasiwaan ang mga arbitraryong malalaking genome na may milyun-milyong scaffold. Hinahawakan ang Illumina, PacBio, 454, at iba pang mga nabasa; napakataas na sensitivity at mapagparaya sa mga error at maraming malalaking indel. Napakabilis.
BBNorm: Kmer-based na error-correction at normalization tool.
Dedupe: Pinapasimple ang mga pagtitipon sa pamamagitan ng pag-alis ng mga duplicate o naglalaman ng mga kasunod na may parehong target na porsyentong pagkakakilanlan.
I-reformat: Binabasa ang mga reformat sa pagitan ng fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, at ASCII-33/64, sa mahigit 500 MB/s.
BBDuk: Mga filter, trim, o mask na binabasa gamit ang mga kmer na tugma sa isang artifact/contaminant file.
...at iba pa!
Mga tampok
- Purong Java, tumatakbo sa anumang platform; naka-compile na, i-unzip lang at patakbuhin.
- Mabilis, mahusay, at multithreaded.
- Ang impormasyon ng paggamit ay ipinapakita kapag nagpapatakbo ng isang shellscript na walang mga parameter.
- Pinakamataas na sensitivity ng anumang short-read aligner.
- Madaling i-install - i-unzip/untar lang.
- Madaling gamitin. Halimbawa: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Pinangangasiwaan ang lahat ng karaniwang format: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Ginamit ng Joint Genome Institute.
- Ang BB ay nangangahulugang Bestus Bioinformaticus.
- Mayroong madaling FAQ dito: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Console/Terminal
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
