Ito ang Windows app na pinangalanang gsasnp2 na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang gsasnp2 gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Magsimula ng anumang OS OnWorks online emulator mula sa website na ito, ngunit mas mahusay na Windows online emulator.
- 5. Mula sa OnWorks Windows OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application at i-install ito.
- 7. I-download ang Wine mula sa iyong mga Linux distributions software repository. Kapag na-install na, maaari mong i-double click ang app upang patakbuhin ang mga ito gamit ang Wine. Maaari mo ring subukan ang PlayOnLinux, isang magarbong interface sa ibabaw ng Wine na tutulong sa iyong mag-install ng mga sikat na programa at laro sa Windows.
Ang alak ay isang paraan upang patakbuhin ang software ng Windows sa Linux, ngunit walang kinakailangang Windows. Ang alak ay isang open-source na layer ng compatibility ng Windows na maaaring direktang magpatakbo ng mga program sa Windows sa anumang desktop ng Linux. Sa totoo lang, sinusubukan ng Wine na muling ipatupad ang sapat na Windows mula sa simula upang mapatakbo nito ang lahat ng mga Windows application na iyon nang hindi talaga nangangailangan ng Windows.
MGA LALAKI
Ad
gsasnp2
DESCRIPTION
* Ang GSA-SNP2 ay isang kahalili ng GSA-SNP (Nam et al. 2010, NAR web server issue). Ang GSA-SNP2 ay tumatanggap ng data ng buod ng GWAS ng tao (rs number, p-values) o gene-wise p-values at naglalabas ng mga pathway geneset na 'pinayaman' ng mga gene na nauugnay sa ibinigay na phenotype. Nagbibigay din ito ng parehong lokal at pandaigdigang mga network ng pakikipag-ugnayan ng protina sa mga nauugnay na landas.
* Artikulo: Syoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Efficient pathway enrichment at network analysis ng GWAS summary data gamit ang GSA-SNP2", Nucleic Acids Research, Vol. 46(10), e60(2018).
* PubMed ID: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> MANGYARING ILIPAT O GUMAWA NG KOPYA NG 'DATA' FOLDER SA IYONG INTENSIVE TEST FOLDER (IE LINUX, MAC O WINDOWS SPECIFIED FOLDER) UPANG PAYAGAN ANG PROGRAM NA HANAPIN ANG PREDESIGNED DATA.
* TANDAAN SA I-UPDATE:
-> Set-1-2020: magdagdag ng update para sa Ubuntu-20.04. Kakailanganin mong naka-install ang Boost library (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mar-7-2018: baguhin ang mga tuntunin ng header sa output file
Mga tampok
- 1/ 'DECENT TYPE I ERROR CONTROL' na nakamit ng sumusunod na dalawang proseso: A) Ang mga marka ng gene ay 'inaakma' sa bilang ng mga SNP na itinalaga sa bawat gene gamit ang monotone cubic spline trend curve. B) Ang mga katabing gene na may mataas na inter-gene correlations sa loob ng bawat landas ay tinanggal
- 2/ 'HIGH POWER AT FAST COMPUTATION' batay sa random set model
- 3/ 'WALANG KRITIKAL NA LIBRENG PARAMETER'
- 4/ 'PROTEIN INTERACTION NETWORKS' sa mga miyembrong genes ay na-visualize para sa makabuluhang mga landas. Ang function na ito ay nagbibigay-daan sa user na bigyang-priyoridad ang mga pangunahing sub-network sa loob at sa kabuuan ng mga makabuluhang pathway. Kasalukuyang ibinibigay ang STRING at HIPPIE network
- 5/ 'MADALI GAMITIN': Nangangailangan lamang ito ng data ng buod ng GWAS (o mga p-value ng gene) at tumatagal lamang ng isang minuto o dalawa para makakuha ng mga resulta. Ang iba pang makapangyarihang self-contained pathway tool ay nangangailangan din ng SNP correlation input at mas matagal. Maaari ring mag-upload ang user ng kanilang sariling mga pathway gene-set at mga network ng pakikipag-ugnayan ng protina.
Interface ng gumagamit
Win32 (MS Windows), Command-line
Wika ng Programming
C++, PHP, JavaScript
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
