Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ABYSS komutudur.
Program:
ADI
ABYSS - kısa okumaları contig'lerde birleştirin
SİNOPSİS
UÇURUM [SEÇENEK] ... DOSYA...
TANIM
FASTA, FASTQ, qseq, dışa aktarma, SRA, SAM veya
BAM biçimindedir ve gz, bz2 veya xz ile sıkıştırılabilir ve katranlı olabilir.
ABySS ile tam bir derleme çalıştırmak isteyen kullanıcıların, abyss-pe kullanmaları önerilir.
ABYSS programı yerine giriş noktası. abyss-pe, birçok şeyi koordine eden bir Makefile'dir.
ABySS montaj hattının tamamını çalıştırmak için ABySS araçlarının (ABYSS dahil)
abyss-pe, ABYSS'nin yapamadığı pek çok şeyi yapabilir, örneğin
eşleştirilmiş uç okumalar ve montaj ilişkisi çifti okumaları tarafından sağlanan mesafe bilgisi.
-- iffet
iffetsiz okumaları at [varsayılan]
--hayır-iffet
iffetsiz okumaları atmayın
--trim-maskeli
okumaların sonlarından maskelenmiş tabanları kırp [varsayılan]
--düzeltilmemiş-maskelenmiş
okumaların uçlarından maskelenmiş tabanları kırpmayın
-q, --trim-kalite=EŞİK
kalitesi eşikten daha düşük olan okumaların uçlarından tabanları kırpın
-Q, --maske kalitesi=EŞİK
kalitesi eşikten düşük olan okumalardaki tüm temelleri maskele
--standart kalite
sıfır kalite `!' (33)
FASTQ ve SAM dosyaları için varsayılan
--illumina kalitesi
sıfır kalite `@' (64)
qseq ve dışa aktarma dosyaları için varsayılan
-o, --dışarı=DOSYA
contig'leri DOSYA'ya yaz
-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer boyutu
-t, --trim-uzunluk=TRIM_LENGTH
kırpmak için sarkan kenarların maksimum uzunluğu
-c, --kapsama=KAPSAM
ortalama k-mer kapsamı bu eşikten daha az olan contig'leri kaldırın
-b, --kabarcıklar=N
N bp'den daha kısa baloncukları patlatır (varsayılan: 3*k).
-b0, --kabarcıksız
baloncukları patlatma
-e, --aşındırmak=KAPSAM
Bu eşikten daha az kapsama sahip künt bitişiklerin uçlarındaki tabanları aşındırır
-E, --erode-iplik=KAPSAM
üzerinde bu eşikten daha az kapsama sahip künt bitişiklerin uçlarındaki tabanları aşındırır
her iki iplik
--kapsam geçmişi=DOSYA
k-mer kapsama histogramını DOSYA'ya kaydedin
-g, --grafik=DOSYA
nokta biçiminde bir grafik oluşturun
-s, --snp=DOSYA
patlamış baloncukları DOSYA'ya kaydet
-v, --ayrıntılı
ayrıntılı çıktıyı göster
--yardım et Bu yardımı gösterir ve çıkar
--versiyon
çıkış sürüm bilgisini gösterir ve çıkar
ABYSS'yi onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi kullanın
