Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ABYSS komutudur.
Program:
ADI
ABYSS - kısa okumaları contig'lerde birleştirin
SİNOPSİS
UÇURUM [SEÇENEK] ... DOSYAKendi ID’n ile mağazalarını oluştur
TANIM
FASTA, FASTQ, qseq, dışa aktarma, SRA, SAM veya
BAM biçimindedir ve gz, bz2 veya xz ile sıkıştırılabilir ve katranlı olabilir.
ABySS ile tam bir derleme çalıştırmak isteyen kullanıcıların, abyss-pe kullanmaları önerilir.
ABYSS programı yerine giriş noktası. abyss-pe, birçok şeyi koordine eden bir Makefile'dir.
ABySS montaj hattının tamamını çalıştırmak için ABySS araçlarının (ABYSS dahil)
abyss-pe, ABYSS'nin yapamadığı pek çok şeyi yapabilir, örneğin
eşleştirilmiş uç okumalar ve montaj ilişkisi çifti okumaları tarafından sağlanan mesafe bilgisi.
-- iffet
iffetsiz okumaları at [varsayılan]
--hayır-iffet
iffetsiz okumaları atmayın
--trim-maskeli
okumaların sonlarından maskelenmiş tabanları kırp [varsayılan]
--düzeltilmemiş-maskelenmiş
okumaların uçlarından maskelenmiş tabanları kırpmayın
-q, --trim-kalite=EŞİK
kalitesi eşikten daha düşük olan okumaların uçlarından tabanları kırpın
-Q, --maske kalitesi=EŞİK
kalitesi eşikten düşük olan okumalardaki tüm temelleri maskele
--standart kalite
sıfır kalite `!' (33)
FASTQ ve SAM dosyaları için varsayılan
--illumina kalitesi
sıfır kalite `@' (64)
qseq ve dışa aktarma dosyaları için varsayılan
-o, --dışarı=DOSYA
contig'leri DOSYA'ya yaz
-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer boyutu
-t, --trim-uzunluk=TRIM_LENGTH
kırpmak için sarkan kenarların maksimum uzunluğu
-c, --kapsama=KAPSAM
ortalama k-mer kapsamı bu eşikten daha az olan contig'leri kaldırın
-b, --kabarcıklar=N
N bp'den daha kısa baloncukları patlatır (varsayılan: 3*k).
-b0, --kabarcıksız
baloncukları patlatma
-e, --aşındırmak=KAPSAM
Bu eşikten daha az kapsama sahip künt bitişiklerin uçlarındaki tabanları aşındırır
-E, --erode-iplik=KAPSAM
üzerinde bu eşikten daha az kapsama sahip künt bitişiklerin uçlarındaki tabanları aşındırır
her iki iplik
--kapsam geçmişi=DOSYA
k-mer kapsama histogramını DOSYA'ya kaydedin
-g, --grafik=DOSYA
nokta biçiminde bir grafik oluşturun
-s, --snp=DOSYA
patlamış baloncukları DOSYA'ya kaydet
-v, --ayrıntılı
ayrıntılı çıktıyı göster
--yardım et Bu yardımı gösterir ve çıkar
--versiyon
çıkış sürüm bilgisini gösterir ve çıkar
ABYSS'yi onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi kullanın
