alien_hunter - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

alien_hunter - Yatay tanımlama için İnterpolasyonlu Değişken Sıra Motifleri
edinilmiş DNA

SİNOPSİS

uzaylı avcısı [Opsiyonlar]

TANIM

Alien_hunter, varsayılan Yatay Gen Transferinin tahmini için bir uygulamadır.
İnterpolasyonlu Değişken Sıralı Motiflerin (IVOM'ler) uygulanmasıyla (HGT) olaylar. Bir
IVOM yaklaşımı, değişken sıralı motif dağılımlarını kullanarak kompozisyon önyargılarından yararlanır ve
sabit sıraya kıyasla bir dizinin yerel bileşimini daha güvenilir bir şekilde yakalar
yöntemler. İsteğe bağlı olarak tahminler 2 durumlu 2. sıra Gizli Markov'a ayrıştırılabilir
Model (HMM), bir değişiklik noktası algılama çerçevesinde,
öngörülen bölgelerin sınırları. Tahminler (embl formatı) otomatik olarak
Artemis genom görüntüleyicisine yüklendi ve şuradan ücretsiz olarak edinilebilir:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

GİRDİ: ham genomik dizi TAHMİNİ: İnterpolasyonlu Değişken Sırasına dayalı HGT bölgeleri
Motifler (IVOM'ler) argümanları:


ham genomik dizi


çıktı verileri için dosya adı

İsteğe bağlı argümanlar:

-a tahmin dosyasını Artemis'e yüklemek için

-c bir değişiklik noktası algılaması ile tahmin edilen sınırları optimize edin 2 durumlu 2. derece HMM

Çıktı dosyaları:


embl formatında tahminler (sekme dosyası)

.opt
embl formatında optimize edilmiş (HMM) tahminler (sekme dosyası)

.komplo
Artemis User Plot formatındaki tahminler, Graph -> Add kullanılarak manuel olarak yüklenecek
Kullanıcı Planı...

.opt.plot
Artemis User Plot formatında optimize edilmiş (HMM) tahminler kullanılarak manuel olarak yüklenecek
Grafik -> Kullanıcı Grafiği Ekle...

.sco
tüm sürgülü pencerelerdeki puanlar - puan dağılımı kontrolü için

Not: rRNA operonu ile örtüşen tahminler nota niteleyicisinde belirtilmiştir.

onworks.net hizmetlerini kullanarak alien_hunter'ı çevrimiçi kullanın