Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen allversusalle komutudur.
Program:
ADI
allversusall - Hepsi-hepsi karşılaştırmasından elde edilen dizi benzerliği verileri.
SİNOPSİS
her şeye karşı -seqinpath yönetici listesi [-matris matrisf] [-gapopen şamandıra] [-boşluk genişletmek şamandıra]
-datoutdir dış yön -log dosyası dış dosya
her şeye karşı -Yardım
AÇIKLAMA
her şeye karşı EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Utils:Veritabanı oluşturma" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-seqinpath yönetici listesi
Varsayılan değer: ./
-matris matrisf
Bu seçenek, dizi için kullanılan kalıntı ikame matrisini belirtir.
karşılaştırmak. Varsayılan değer: EBLOSUM62
gereklidir Bölüm
Ek Bölüm
-gapopen şamandıra
Bu seçenek, boşluk ekleme cezasını belirtir. Boşluk ekleme cezası,
bir boşluk oluşturulduğunda alınan puan. En iyi değer, seçime bağlıdır.
karşılaştırma matrisi. Varsayılan değer, aşağıdakiler için EBLOSUM62 matrisini kullandığınızı varsayar.
protein dizileri ve nükleotid dizileri için EDNAFULL matrisi. Varsayılan değer: 10
-boşluk genişletmek şamandıra
Bu seçenek, boşluk uzatma cezasını belirtir. Boşluk uzatma, ceza eklendi
boşluktaki her baz veya kalıntı için standart boşluk cezasına. Bu ne kadar uzun boşluklar
cezalandırılır. Genellikle çok sayıda kısa boşluk yerine birkaç uzun boşluk beklersiniz, bu nedenle
boşluk uzatma cezası boşluk cezasından daha düşük olmalıdır. Bir istisna nerede
bir veya her iki dizi, olası dizileme hatalarıyla tekli okumalardır, bu durumda
birçok tek temel boşluk beklersiniz. Boşluğu ayarlayarak bu sonucu elde edebilirsiniz.
açık cezayı sıfıra (veya çok düşük) ve boşluğu kontrol etmek için boşluk genişletme cezasını kullanma
puanlama. Varsayılan değer: 0.5
Çıktı Bölüm
-datoutdir dış yön
Bu seçenek, dizi benzerliği veri dosyalarının (çıktı) konumunu belirtir. Varsayılan
değer: ./
-log dosyası dış dosya
Bu seçenek, ALLVERSUSALL günlük dosyasının (çıktı) adını belirtir. günlük dosyası
ALLVERSUSALL çalışırken ortaya çıkan hatalarla ilgili mesajları içerir. Varsayılan değer:
allversusall.log
onworks.net hizmetlerini kullanarak allversusalle'i çevrimiçi kullanın
