babel - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

ana baba günü, obel — kimya ve moleküler modelleme veri dosyaları için bir dönüştürücü

SİNOPSİS

ana baba günü [-H yardım seçenekleri]
ana baba günü [SEÇENEKLER] [-i giriş tipi] dosyada [-o çıktı türü] dış dosya

obel [-H yardım seçenekleri]
obel [SEÇENEKLER] [-i giriş tipi | -"SMILES-dizesi"] dosyada [-o çıktı türü] -O dış dosya

TANIM

ana baba günü kullanılan birçok dosya formatı arasında dönüşüm sağlamak için tasarlanmış çapraz platform bir programdır.
moleküler modelleme ve hesaplamalı kimya ve ilgili alanlar.

obel ve ana baba günü biraz farklıdır. Birincisi normal Unix sözleşmesine daha yakın
komut satırı programları için ve kullanıcının parametre değerlerini belirtmesi gerektiğinde daha esnek
seçenekler üzerinde. İle birlikte ana baba günü bu yalnızca seçenek satırın sonuncusu olduğunda çalışır; ile birlikte obel
böyle bir kısıtlama uygulanmaz. Ayrıca, SMILES dizelerini girmek için bir kısayola sahiptir;
girdi dosyası yerine kullanılabilir.

Open Babel ayrıca kimya yazılımı geliştirmek için eksiksiz bir programcı araç takımıdır. İçin
daha fazla bilgi için Open Babel web sayfalarına bakınhttp://openbabel.org/>.

SEÇENEKLER

Sadece girdi ve çıktı dosyaları verilirse, Open Babel dosya tipini dosya tipinden tahmin edecektir.
dosya adı uzantısı.

-"SMILES-dizesi"
SMILES dizesini girin ve bunu bir girdi dosyası yerine kullanın. SMILES dizesi şu şekilde olmalıdır:
tırnak içine alınır. Birden fazla kullanılabilir ve bir molekül başlığı olabilir
tırnak içine alınmışsa dahil edilmiştir.

-a seçenekleri
Biçime özel giriş seçenekleri. Görmek -H biçim kimliği belirli bir kişi tarafından izin verilen seçenekler için
biçim

--addtotitle
Geçerli molekül başlığına metin ekle

--add formülü
Molekül formülünü mevcut molekül başlığından sonra ekleyin

-b Datif bağları dönüştürün: ör., [N+]([O-])=O'dan N(=O)=O'ya

-c (0,0,0) noktasındaki atomik koordinatları merkezleyin

-C İlk dosyadaki molekülleri aynı ada sahip diğerleriyle birleştirin

-e Hatalardan sonra devam et

-d Hidrojenleri Sil

---hata düzeyi 2
Görüntülenen hata ve uyarı düzeylerini filtreleyin:
1 = yalnızca kritik hatalar
2 = uyarıları da dahil et (varsayılan)
3 = bilgi mesajlarını da dahil edin
4 = verilerdeki değişikliklerin "denetim günlüğü" mesajlarını içerir
5 = hata ayıklama mesajlarını da dahil et

-f # Çoklu giriş girişi için, ilk giriş olarak molekül # ile içe aktarmaya başlayın

-F Kullanılabilir parmak izi türlerini çıktılayın

-h Hidrojen ekle

-H Çıktı kullanım bilgileri

-H biçim kimliği
Çıktı biçimlendirme bilgileri ve belirtilen biçim için seçenekler

-Salon
Tüm formatlar için çıktı formatlama bilgileri ve seçenekleri

-ben
Giriş biçimini belirtir, mevcut biçimler için aşağıya bakın

-j

--katılmak
Tüm giriş moleküllerini tek bir çıkış molekülü girişinde birleştirin

-k Hesaplamalı kimya modelleme anahtar kelimelerini çevirin (örneğin, GAMESS ve Gauss)

-m Aşağıdakilere izin vermek için birden çok çıktı dosyası üretin:
- Bir girdi dosyasını bölme - her molekülü ardışık olarak numaralandırılmış hale getirin
çıktı dosyaları
- Toplu dönüştürme - birden çok girdi dosyasının her birini belirli bir dosyaya dönüştürün
çıkış biçimi

-l # Çoklu giriş girişi için, son giriş olarak molekül # ile içe aktarmayı durdurun

-o biçim kimliği
Çıktı biçimini belirtir, mevcut biçimler için aşağıya bakın

-O dış dosya
Çıktı dosyasını belirtin. Bu seçenek şunlar için geçerlidir: obel bir tek.

-p pH'a uygun Hidrojenler ekleyin (phmodel.txt'de dönüşümleri kullanın)

--Emlak
Bir özelliği ekleyin veya değiştirin (örneğin, bir MDL SD dosyasında)

-s SMARTS
Yalnızca belirtilen SMARTS modeliyle eşleşen molekülleri dönüştürün

--ayırmak
Bağlantısız parçaları ayrı moleküler kayıtlara ayırın

-t Tüm girdi dosyaları tek bir molekülü tanımlar

--Başlık başlık
Moleküler başlık ekleyin veya değiştirin

-x seçenekleri
Biçime özel çıktı seçenekleri. Görmek -H biçim kimliği belirli bir kişi tarafından izin verilen seçenekler için
biçim

-v SMARTS
Sadece molekülleri dönüştür DEĞİL eşleşen SMARTS modeli belirtildi

-V Çıkış sürüm numarası ve çıkış

-z Çıktıyı gzip ile sıkıştırın

DOSYA BİÇİMLER

Aşağıdaki biçimler şu anda Open Babel tarafından desteklenmektedir:
acr -- Carine ASCI Kristali
alc -- Kimya formatı
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR formatı [Salt okunur]
bgf -- MSI BGF formatı
kutu -- Dock 3.5 Kutu formatı
bs -- Top ve Çubuk formatı
c3d1 -- Chem3D Kartezyen 1 formatı
c3d2 -- Chem3D Kartezyen 2 formatı
caccrt -- Kakao Kartezyen formatı
önbellek -- CAChe MolStruct biçimi [Salt yazma]
cacint -- Kakao İç biçimi [Salt yazılabilir]
can -- Kanonik SMILES formatı
araba -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR formatı [Salt okunur]
ccc -- CCC biçimi [Salt okunur]
cdx -- ChemDraw ikili biçimi [Salt okunur]
cdxml -- ChemDraw CDXML formatı
cht -- Chemtool formatı [Salt yazma]
cif -- Kristallografik Bilgi Dosyası
cml -- Kimyasal İşaretleme Dili
cmlr -- CML Reaksiyon formatı
com -- Gauss 98/03 Kartezyen Girdi [Salt yazma]
kopyala -- Ham metni kopyalar [Salt yazılabilir]
crk2d -- Kimyasal Kaynak Kiti 2D diyagram formatı
crk3d -- Kimyasal Kaynak Kiti 3D formatı
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR formatı [Salt yazma]
cssr -- CSD CSSR biçimi [Salt yazma]
ct -- ChemDraw Bağlantı Tablosu formatı
dmol -- DMol3 koordinat formatı
ent -- Protein Veri Bankası formatı
fa -- FASTA formatı [Salt yazma]
fasta -- FASTA formatı [Salt yazma]
fch -- Gauss biçimli denetim noktası dosya biçimi [Salt okunur]
fchk -- Gauss biçimli denetim noktası dosya biçimi [Salt okunur]
fck -- Gauss biçimli kontrol noktası dosya biçimi [Salt okunur]
feat -- Özellik biçimi
fh -- Fenske-Hall Z-Matrisi formatı [Salt yazma]
düzeltme -- SMILES FIX biçimi [Salt yazma]
fpt -- Parmak izi biçimi [Salt yazma]
kesir -- Serbest Biçim Kesirli biçim
fs -- Babel FastSearching veritabanını aç
fsa -- FASTA formatı [Salt yazma]
g03 -- Gauss 98/03 Çıkışı [Salt okunur]
g98 -- Gauss 98/03 Çıkışı [Salt okunur]
gam -- GAMESS Çıktısı [Salt okunur]
gamin -- GAMES Girişi [Salt yazma]
gamout -- GAMESS Çıktısı [Salt okunur]
gau -- Gauss 98/03 Kartezyen Girdi [Salt yazma]
gjc -- Gauss 98/03 Kartezyen Girdi [Salt yazma]
gjf -- Gauss 98/03 Kartezyen Girdi [Salt yazma]
gpr -- Kimyasal biçim
gr96 -- GROMOS96 biçimi [Salt yazma]
hin -- HyperChem HIN formatı
inchi -- IUPAC InChI [Salt yazma]
inp -- OYUN Girişi [Salt yazma]
ins -- ShelX biçimi [Salt okunur]
jin -- Jaguar giriş biçimi [Salt yazma]
jout -- Jaguar çıktı biçimi [Salt okunur]
mdl -- MDL MOL formatı
mmd -- MakroModel biçimi
mmod -- MakroModel biçimi
mol -- MDL MOL formatı
mol2 -- Sybyl Mol2 formatı
molreport -- Babil molekül raporunu aç [Salt yazılabilir]
moo -- MOPAC Çıkış formatı [Salt okunur]
paspas -- MOPAC Kartezyen formatı
mopcrt -- MOPAC Kartezyen formatı
mopin -- MOPAC Dahili
mopout -- MOPAC Çıkış formatı [Salt okunur]
mpc -- MOPAC Kartezyen formatı
mpd -- Sybyl tanımlayıcı biçimi [Salt yazma]
mpqc -- MPQC çıktı biçimi [Salt okunur]
mpqcin -- MPQC basitleştirilmiş giriş biçimi [Salt yazma]
nw -- NWChem giriş biçimi [Salt yazma]
nwo -- NWChem çıktı formatı [Salt okunur]
pc -- PubChem biçimi [Salt okunur]
pcm -- PCModel formatı
pdb -- Protein Veri Bankası formatı
pov -- POV-Ray giriş formatı [Salt yazma]
pqs -- Paralel Kuantum Çözümleri formatı
prep -- Amber Prep formatı [Salt okunur]
qcin -- Q-Chem giriş formatı [Salt yazma]
qcout -- Q-Chem çıktı formatı [Salt okunur]
rapor -- Babil rapor biçimini aç [Salt yazma]
res -- ShelX biçimi [Salt okunur]
rxn -- MDL RXN formatı
sd -- MDL MOL formatı
sdf -- MDL MOL formatı
smi -- SMILES formatı
sy2 -- Sybyl Mol2 formatı
tdd -- Termo biçim
test -- Test formatı [Salt yazma]
term -- Termo format
tmol -- TurboMole Koordinat biçimi
txyz -- Tinker MM2 formatı [Salt yazma]
unixyz -- UniChem XYZ formatı
vmol -- ViewMol biçimi
xed -- XED biçimi [Salt yazma]
xml -- Genel XML biçimi [Salt okunur]
xyz -- XYZ kartezyen koordinat formatı
yob -- YASARA.org YOB formatı
zin -- ZINDO giriş biçimi [Salt yazma]

FORMAT SEÇENEKLER

Bireysel dosya biçimlerinin ek biçimlendirme seçenekleri olabilir.

Giriş biçimi seçeneklerinden önce 'a' gelir, örneğin -as

Çıktı formatı seçeneklerinden önce 'x' gelir, örneğin -xn

Daha ayrıntılı bilgi ve seçenekler için -H kullanın
örneğin, -Hcml

ÖRNEKLER

Standart dönüştürme:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
STDIN'deki bir SMI dosyasından STDOUT'a yazılmış bir Mol2 dosyasına dönüştürme:
babel -ismi -omol2
Çok moleküllü bir dosyayı new1.smi, new2.smi, vb. olarak bölün:
babel infile.mol yeni.smi -m

onworks.net hizmetlerini kullanarak babel'i çevrimiçi kullanın