Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bio-rainbow komutudur.
Program:
ADI
gökkuşağı - gökkuşağı 2.0.4 için kılavuz sayfası -[e-posta korumalı], [e-posta korumalı]>
SİNOPSİS
gökkuşağı [seçenekleri]
TANIM
gökkuşağı 2.0.4 -- <[e-posta korumalı], [e-posta korumalı]>
küme
Giriş Dosyası Formatı: eşleştirilmiş fasta/fastq dosyası/dosyaları Çıkış Dosyası Formatı:
\T \T \T
-1 Fasta/fastq dosyasını girin, birden fazla '-1'i destekler
-2 Fasta/fastq dosyasını girin, birden fazla '-2'yi destekler [null]
-l
Okuma uzunluğu, varsayılan: 0 değişken
-m
Maksimum uyumsuzluklar [4]
-e
Tam olarak eşleşen eşik [2000]
-L Düşük düzeyde polimorfizm
div
Giriş Dosyası Formatı: \T \T \T Çıktı
Dosya Biçimi:
\T \T \T [\T ]
-i Giriş dosyası [stdin]
-o Çıkış dosyası [stdout]
-k
K_allele, yeni bir grup oluşturmak için minimum değişkenler [2]
-K
K_allele, varyant sayısı bu değeri aştığında frekansa bakılmaksızın bölün
[50]
-f
Frekans, yeni bir grup oluşturmak için minimum değişken frekans [0.2]
birleştirme
Giriş Dosyası Formatı:
\T \T \T [\T ]
-i Giriş rbasm çıktı dosyası [stdin]
-a çıkış düzeneği
-o Birleştirilmiş bitişikler için çıktı dosyası, küme başına bir satır [stdout]
-N
Birleştirilecek maksimum bölünmüş küme sayısı [300]
-l
İki okumayı birleştirirken minimum örtüşme (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [5]
-f
Montaj sırasında minimum benzerlik oranı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir)
[0.90]
-r
Birleştirilecek minimum okuma sayısı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [5]
-R
Birleştirilecek maksimum okuma sayısı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [300]
Kullanım: gökkuşağı [seçenekler]
küme
Giriş Dosyası Formatı: eşleştirilmiş fasta/fastq dosyası/dosyaları Çıkış Dosyası Formatı:
\T \T \T
-1 Fasta/fastq dosyasını girin, birden fazla '-1'i destekler
-2 Fasta/fastq dosyasını girin, birden fazla '-2'yi destekler [null]
-l
Okuma uzunluğu, varsayılan: 0 değişken
-m
Maksimum uyumsuzluklar [4]
-e
Tam olarak eşleşen eşik [2000]
-L Düşük düzeyde polimorfizm
div
Giriş Dosyası Formatı: \T \T \T Çıktı
Dosya Biçimi:
\T \T \T [\T ]
-i Giriş dosyası [stdin]
-o Çıkış dosyası [stdout]
-k
K_allele, yeni bir grup oluşturmak için minimum değişkenler [2]
-K
K_allele, varyant sayısı bu değeri aştığında frekansa bakılmaksızın bölün
[50]
-f
Frekans, yeni bir grup oluşturmak için minimum değişken frekans [0.2]
birleştirme
Giriş Dosyası Formatı:
\T \T \T [\T ]
-i Giriş rbasm çıktı dosyası [stdin]
-a çıkış düzeneği
-o Birleştirilmiş bitişikler için çıktı dosyası, küme başına bir satır [stdout]
-N
Birleştirilecek maksimum bölünmüş küme sayısı [300]
-l
İki okumayı birleştirirken minimum örtüşme (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [5]
-f
Montaj sırasında minimum benzerlik oranı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir)
[0.90]
-r
Birleştirilecek minimum okuma sayısı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [5]
-R
Birleştirilecek maksimum okuma sayısı (yalnızca '-a' açıldığında geçerlidir) [300]
Onworks.net hizmetlerini kullanarak bio-rainbow'u çevrimiçi kullanın
