Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bowtie-build komutudur.
Program:
ADI
bowtie-build - bowtie için bir renk alanı indeksi oluşturma
SİNOPSİS
papyon yapımı [seçenekleri]*
TANIM
referans_in
ref dizili dosyaların virgülle ayrılmış listesi
ebwt_outfile_base
Ebwt verilerini bu dir/basename ile dosyalara yaz
SEÇENEKLER
-f referans dosyaları Fasta'dır (varsayılan)
-c cmd satırında verilen referans dizileri (as )
--büyük-indeks
ref 4 milyardan az olsa bile, oluşturulan endeksi 'büyük' olmaya zorlayın
nükleotidleri
-C/--renk
bir renk alanı dizini oluşturun
-a/--otomatik değil
otomatik devre dışı bırak -p/--bmax/--dcv bellek uydurma
-p/--paketlenmiş
paketlenmiş dizeleri dahili olarak kullanın; daha yavaş, daha az mem kullanır
--bmaks
bloklu sonek dizisi oluşturucu için maksimum kova sz
--bmaxdivn
ref len'in böleni olarak max kova sz (varsayılan: 4)
--dcv
blok bazında diff-cover periyodu (varsayılan: 1024)
--nodc diff-cover'ı devre dışı bırak (algoritma ikinci dereceden olur)
-r/--noref
.3/.4.ebwt (paketlenmiş referans) kısmı oluşturmayın
-3/--sadece referans
sadece .3/.4.ebwt (paketlenmiş referans) kısmı oluşturun
-o/--offrate
SA, her 2^offRate BWT karakterinde bir örneklenir (varsayılan: 5)
-t/--ftabchar'lar
İlk aramada tüketilen karakter sayısı (varsayılan: 10)
--ntoa Ns'yi As'a göre dönüştür
--tohum
rastgele sayı üreteci için tohum
-q/--sessizlik
ayrıntılı çıktı (hata ayıklama için)
-h/--Yardım
aracın ayrıntılı açıklamasını ve seçeneklerini yazdırın
--kullanım
bu kullanım mesajını yazdır
--versiyon
sürüm bilgilerini yazdır ve çık
64-bit Dahili lgw01-11 26 Kasım Perşembe 11:11:03 UTC 2015 Derleyici: gcc sürüm 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Seçenekler: -O3 -WL,--karma stili=her ikisi de -D_fortify_source=2 -g -O2
-fstack-koruyucu-güçlü -W biçimi -Whata=biçim güvenliği -g -O2 -fstack-koruyucu-güçlü
-W biçimi -Whata=biçim güvenliği -WL,-Bsembolik-fonksiyonlar -WL,-z,relro Sizeof {int, uzun,
Uzun, geçersiz*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
onworks.net hizmetlerini kullanarak bowtie-build çevrimiçi kullanın
