Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bowtie2-align-l komutudur.
Program:
ADI
bowtie2-align-l - sıralamayı hizalamak için ultra hızlı ve bellek açısından verimli arka uç aracı
uzun referans dizilerini okur
TANIM
Bowtie 2 sürüm 2.2.6, Ben Langmead tarafından ([e-posta korumalı], www.cs.jhu.edu/~langmea)
KULLANIM
bowtie2-align [seçenekler]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]
Dizin dosya adı öneki (sondaki eksi .X.bt2l). NOT: Papyon 1 ve Papyon 2
indeksler uyumlu değil.
Dosyalarla eşleştirilmiş #1 eşli dosyalar .
Dosyalarla eşleştirilmiş #2 eşli dosyalar .
Eşlenmemiş okumaları olan dosyalar.
SAM çıktısı için dosya (varsayılan: stdout)
, , virgülle ayrılmış listeler olabilir (boşluksuz) ve belirtilebilir
bir cok zaman. Örneğin '-U dosya1.fq, dosya2.fq -U dosya3.fq'.
SEÇENEKLER (varsayılanlar in parantez)
Giriş:
-q sorgu girdi dosyaları FASTQ .fq/.fastq şeklindedir (varsayılan)
--qseq sorgu girdi dosyaları Illumina'nın qseq biçimindedir
-f sorgu girdi dosyaları (multi-)FASTA .fa/.mfa'dır
-r sorgu girdi dosyaları ham satır başına bir dizidir
-c , , dizilerin kendileridir, dosyalar değil
-s/--atlamak
ilkini atla girişte okur/çiftler (yok)
-u/--kadar
önce dur okur/çift (sınırsız)
-5/--kırp5
kırpmak okumaların 5'/sol ucundan bazlar (0)
-3/--kırp3
kırpmak okumaların 3'/sağ ucundan bazlar (0)
--phred33
nitelikler Phred+33'tür (varsayılan)
--phred64
nitelikler Phred+64
--int-nitelikler
boşlukla sınırlandırılmış tam sayılar olarak kodlanmış nitelikler
Ön ayarlar:
İle aynı:
İçin --uçtan uca:
--çok hızlı -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--hızlı -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--duyarlı -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (varsayılan)
--çok hassas -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
İçin --yerel:
--çok hızlı-yerel -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00
--hızlı-yerel -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75
--duyarlı-yerel -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (varsayılan)
--çok-duyarlı-yerel -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
hizalama:
-N
tohum hizalamasında maksimum # uyumsuzluk; 0 veya 1 (0) olabilir
-L
tohum alt dizilerinin uzunluğu; >3, <32 (22) olmalıdır
-i
tohum alt dizileri arasındaki aralık w/r/t read len (S,1,1.15)
--n-tavan
aln'de izin verilen maksimum A/C/G/T'ler için işlev (L,0,0.15)
--dpad
Dahil etmek DP tablosunun kenarlarında ekstra referans karakterleri (15)
--gbar
boşluklara izin verme aşırı okuma sayısı (4)
--ignore-quals
Phred ölçeğinde tüm kalite değerlerini 30 olarak ele alın (kapalı)
---nofw okumanın (kapalı) ileri (orijinal) versiyonunu hizalamayın
--norc okumanın ters tamamlayıcı sürümünü hizalamayın (kapalı)
--no-1mm-ön
optimal tohumlama için taramaya çalışmadan önce 1 uyumsuz hizalamaya izin vermeyin
hizalamalar
--uçtan uca
tüm okuma hizalanmalıdır; kırpma yok (açık)
OR
--yerel
yerel hizalama; uçlar yumuşak kırpılmış olabilir (kapalı)
puanlama:
--ma
maç bonusu (0 için --uçtan uca, 2 için --yerel)
--mp
uyumsuzluk için maksimum ceza; daha düşük nitelik = daha düşük ceza (6)
--np
okuma/başvuruda A/C/G/T olmayanlar için ceza (1)
--rdg ,
açık oku, cezaları uzat (5,3)
--rfg ,
referans boşluğu açık, cezaları uzat (5,3)
--skor-dk minimum kabul edilebilir hizalama puanı, w/r/t okuma uzunluğu
(Yerel için G,20,8, uçtan uca için L,-0.6,-0.6)
Raporlama:
(Varsayılan)
MAPQ ile birden fazla hizalama arayın, en iyi şekilde rapor edin
OR
-k
rapor etmek okuma başına alns; MAPQ anlamlı değil
OR
-a/--herşey
tüm hizalamaları rapor edin; çok yavaş, MAPQ anlamlı değil
Çaba:
-D
sonra uzatmaktan vazgeç başarısız uzatmalar (15)
-R
tekrarlayan tohumlarla okumak için deneyin tohum setleri (2)
Eşleştirilmiş uç:
-I/--mininler
minimum parça uzunluğu (0)
-X/--maxins
maksimum parça uzunluğu (500)
--Fr/-rf/-ff -1, -2 montaj ilişkileri ileri/geri, devir/fw, fw/fw (--Fr)
--karışıksız
eşleştirilmiş okumalar için eşleştirilmemiş hizalamaları bastır
--uyumsuz
eşleştirilmiş okumalar için uyumsuz hizalamaları bastır
--hayır-kırlangıç
eşler birbirini geçtiğinde uyumlu değil
--içermez
bir montaj ilişkisi hizalaması diğerini içerdiğinde uyumlu değil
-- örtüşme yok
montaj ilişkileri hiç örtüştüğünde uyumlu değil
Çıktı:
-t/--zaman
arama aşamaları tarafından alınan duvar saati süresini yazdır
--sessizlik
ciddi hatalar dışında stderr'e hiçbir şey yazdırma
--met-dosyası
metrikleri şu adresteki dosyaya gönder: (kapalı)
--met-stderr
metrikleri stderr'e gönder (kapalı)
--tanışmak
her seferinde dahili sayaçları ve metrikleri raporlayın saniye (1)
--hayır-ünal
hizalanmamış okumalar için SAM kayıtlarını bastır
--kafasız
başlık satırlarını, yani @ ile başlayan satırları gizle
--hayır-kare
@SQ başlık satırlarını bastır
--rg kimliği
@RG satırına ve RG:Z: opt alanına yansıtılan okuma grubu kimliğini ayarla
--rg
Ekle ("lab:değer") SAM başlığının @RG satırına. Not: @RG satırı yalnızca yazdırılır
ne zaman --rg kimliği ayarlanır.
--omit-sn-seq
ikincil hizalamalar için SEQ ve QUAL alanlarına '*' koyun.
performans:
-p/--İş Parçacığı başlatılacak hizalama iş parçacığı sayısı (1)
--yeniden sırala
SAM çıkış sırasını giriş okuma sırasına uymaya zorla
--mm dizin için bellek eşlemeli G/Ç kullanın; birçok 'papyon paylaşabilir
Diğer:
--qc-filtre
QSEQ filtresine göre kötü olan okumaları filtreleyin
--tohum
rastgele sayı üreteci için tohum (0)
--kararsız tohum randı. gen. okuma niteliklerini kullanmak yerine keyfi olarak
--versiyon
sürüm bilgilerini yazdır ve çık
-h/--Yardım
bu kullanım mesajını yazdır
onworks.net hizmetlerini kullanarak bowtie2-align-l'yi çevrimiçi kullanın