Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_papplmaker.plp komutudur.
Program:
ADI
papplmaker.PLS - Analiz araçları modül oluşturucu
SİNOPSİS
# yardım al
papplmaker.PLS -h
# 'seqret' programı için modül oluştur
papplmaker.PLS -n edit.seqret
# aynen, ancak 'seqret'i nerede bulacağınızı belirtin
papplmaker.PLS -n düzenleme::seqret
-l http://localhost:8080/eksen/hizmetler
# aynen, ancak 'seqret' için varsayılan olmayan bir erişim yöntemi belirtin
papplmaker.PLS -n düzenleme::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-bir corba
# mevcut tüm analizler için modüller oluşturun
# (varsayılan konum ve varsayılan erişim yöntemi kullanılarak)
papplmaker.PLS
# üretmeyin ama neyin üretileceğini görün
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S
# 'edit::seqret' analizi için modül oluştur
# ama adını 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n düzenle::seqret -m MySeqret
# ...ve kullan
MySeqret'i kullanın;
yeni MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt') yazdır
->osformat ('embl')
->bekle_for
->outseq;
# aynen ama sonucu '/tmp/my' dizinine koy
# (dizinlerin var olması gerekmez)
papplmaker.PLS -n düzenle::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/
# adları olan tüm analizler için modüller oluşturun
# normal ifadeyle eşleşiyor (büyük/küçük harfe duyarlı değil)
papplmaker.PLS -r 'düzenle'
# aynen, ancak kendi adlarınızla oluşturulan modül adı
# (papplmaker.PLS'nin adlarınızın bazı kısımlarını değiştirmesine izin verin)
papplmaker.PLS -r 'düzenle' -m 'My_$ANALYSIS'
TANIM
"Bio::Tools::Run::Analysis" modülü, yerel ve uzaktan analize erişim sağlar
araçları birleşik bir şekilde ("Bio::AnalysisI" bölümünde tanımlanmıştır). Modül genel yaklaşımı kullanır
keyfi giriş verilerinin ayarlanmasına ve bunlara ad verilerek sonuçların alınmasına izin verir. Yine de,
bazen bir analiz aracını temsil eden belirli bir modülü kullanmak daha uygundur,
mevcut girdi ve sonuç adlarını zaten bilen.
"papplmaker.PLS" oluşturucu, bu tür özel modüller oluşturur.
"papplmaker.PLS", genel modülle aynı erişim yöntemini kullanır - bu, şu anlama gelir:
"erişim" parametresine bağlı olarak SOAP, CORBA veya başka herhangi bir (desteklenen) kullanabilir
protokolüne erişebilir veya yerel analize erişebilir (aynı makinede mevcuttur).
"papplmaker.PLS" çağrılır).
"papplmaker.PLS" işini ya bir adlandırılmış analiz için yapar ("-n" seçeneğiyle belirtilir,
veya hangi analizlerin olduğunu bulmak için "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" modülünü kullanır.
kullanılabilir ve tarafından verilen normal bir ifadeyle eşleştirerek sayılarını sınırlayabilir.
"-r" seçeneği.
Oluşturulan modül veya modüller, varsayılan olarak, modüllerin adlarına benzer şekilde adlandırılır.
karşılık gelen analizler, ancak bu, aslında bir olan "-m" seçeneği ile değiştirilebilir.
aşağıdaki dizelerin tanındığı ve değiştirildiği şablon:
$ANALYSIS veya ${ANALYSIS}
Analizin adıyla değiştirilecektir.
$CATEGORY veya ${CATEGORY}
Analizin ait olduğu kategorinin adıyla değiştirilecektir.
$SERVICE veya ${SERVICE}
Hizmetin tam adıyla değiştirilecektir (bu genellikle bir
bir kategori ve bir analiz adı içerir ve ayrıca varsayılan modül adı olarak kullanılır, btw).
"Hizmet" ve "analiz" arasındaki fark nedir ve "kategori" ne anlama gelir?
Bazen bu terimler kafa karıştırıcı olabilir çünkü biraz farklı şeyler ifade edebilirler.
onlarla iletişim kurmak için kullanılan erişim yöntemine bağlı olarak. Genel olarak, bir "analiz"
bir yerde, ancak bazen yerel bir makinede çalışan bir program (bir uygulama, bir araç). Bir
bir analiz örneği "seqret"tir (EMBOSS paketinden). Analizler gruplandırılabilir
işlevlerine veya ilgilendikleri veri türüne göre kategorilere ayrılır (ancak bazen
hiçbir kategori yoktur). Her analize daha yüksek bir seviye kullanılarak erişilebilir.
soyutlama, bir "hizmet". Bir hizmet genellikle Web gibi protokole bağlı bir sarmalayıcıdır.
Servis veya bir CORBA servisi. Örneğin, bir "edit::seqret" hizmeti vardır.
"düzenle" kategorisindeki "seqret" analizini temsil eder.
GERİ BİLDİRİM
Posta Listeler
Kullanıcı geri bildirimi, bu ve diğer Bioperl modüllerinin gelişiminin ayrılmaz bir parçasıdır. Göndermek
yorumlarınızı ve önerilerinizi tercihen Bioperl posta listesine. Senin katılımın
çok takdir edilmektedir.
[e-posta korumalı] - Genel Tartışma
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Posta listeleri hakkında
Raporlama Bugs
Hataları ve hatalarını takip etmemize yardımcı olması için hataları Bioperl hata izleme sistemine bildirin.
çözüm. Hata raporları web üzerinden gönderilebilir:
http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_papplmaker.plp'yi çevrimiçi kullanın
