Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_search2alnblocksp komutudur.
Program:
ADI
bp_search2alnblocks - SearchIO ayrıştırılabilir raporlarını bir dizi hizalanmış bloğa dönüştürün
SİNOPSİS
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen UZUNLUK --minevalue DEĞERLENDİRME dosyası1.
blast file2.blast ...> out.fas
TANIM
Bu komut dosyası, BLAST (veya Bio::SearchIO'nun ayrıştırabileceği diğer formatlar) çıktısını ayrıştırır ve filtreler.
ve hizalamayı HSP'lere dayalı hizalama blokları olarak biçimlendirin. Not bu sadece
ayrıştırılan girdi dosyası gerekli olanı içeriyorsa çalışın.
Tipik olarak bu, BLAST çıkışını giriş için bir FASTA hizalama formatına dönüştürmek için kullanılabilir.
RNA genleri (E.Rivas) için QRNA karşılaştırmalı gen bulucuya.
SEÇENEKLER
--maxevalue Bir HSP için maksimum E-değeri
--minevalue Bir HSP için Minimum E-değeri
--minlen Bir HSP'nin minimum uzunluğu [varsayılan 0]
--maxid Maksimum Yüzde Kimliği [varsayılan 100]
(gerçekten yakın olan dizileri kaldırmaya yardımcı olmak için)
--minid HSP için Minimum Yüzde Kimliği [varsayılan 0]
-i/--input İsteğe bağlı bir girdi dosya adı (varsayılan olarak STDIN'de girdi bekler)
-o/--output İsteğe bağlı bir çıktı dosya adı (varsayılan olarak STDOUT'a aktarılır)
-f/--format Farklı bir Arama Hizalama biçimi belirtin-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} tümüne izin verilir
formatın gerçek hizalaması olmasına rağmen
bu betiğin çalışması için sıra
L'ye bakın daha fazla bilgi için.
-of/--outformat Hizalama blokları için çıktı formatı, herhangi bir şey
L destekler.
-v/--verbose Hata ayıklamayı aç
YAZAR - Jason Stajiç
Jason Stajich, Jason-bioperl-nokta-org'da.
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi olarak bp_search2alnblocksp kullanın
