chemtool - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

chemtool - kimyasal yapılar editörü

SİNOPSİS

Chemtool [Dosya]

TANIM

Chemtool organik molekülleri çizmek ve bunları X bitmap, PNG olarak dışa aktarmak için bir programdır.
PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL veya EPS dosyası. GTK kullanarak X Pencere Sistemi altında çalışır
widget seti.

Program temelde sınırsız geri alma/yineleme, iki metin yazı tipi artı sembol, yedi
renkler, birkaç yakınlaştırma ölçeğinde çizim ve daha kolay kullanım için kare ve altıgen arka plan ızgaraları
hizalaması.

ÖRNEKLER

Tüm çizim ve düzenleme modlarında, farenin bir düğmesi (genellikle sol düğme) kullanılır.
nesneleri işaretleyin veya çizin, üçüncü düğme (sağ düğme) nesneleri silmek için kullanılabilir
mevcut türden. Ortadaki buton, esas olarak bağ çekme modlarında kullanılır.
bağ tiplerinin hızlı değişmesine izin verir. 1.5 sürümünden başlayarak, varsayılan depolama
veri dosyaları için dizin ve kullanılacak dosya adı uzantısı, bir
yapılandırma iletişim kutusu.

Çizim of tahviller:
4 farklı açı ayarında (30° aralıklarla altıgen, iki
72° aralıklı beşgenler (farklı yön) ve 45° i sekizgen). (Orta düzey
açılar bu modların hepsinde de mümkündür - bu moddaki işaret noktalarını göz ardı edin.
vaka).

Düğme çubuğunun ortasındaki bağ stili seçici, seçilecek bağ türünü belirler.
çizilmiş - başlangıçta bu tek bir bağdır. Daha sonra bir bağın türünü değiştirmek isterseniz,
ya sonraki tür(ler)e geçmek için farenizin orta düğmesiyle üzerine tıklayın ya da
seçicide uygun türü seçin ve ardından bağ türü moduna geçin ve tümünü seçin
yeni türe dönüştürmek istediğiniz tahviller. (Bağ için kullanılan renk
gerekirse aynı anda güncellenir.) Bir bağ üzerindeyken orta fare düğmesine basmak
'Bondtype' modu, bu bağın yönünü tersine çevirir.

Üçüncü (genellikle sağ) fare düğmesinin kullanılması, imlecin yanındaki bağı siler
pozisyon.

Mevcut tahvil türleri şunlardır:

· tek bağ

· çift bağ

· çift bağ (diğer tarafta daha kısa hat)

· merkezli çift bağ

· üçlü bağ (merkezden daha kısa yan hatlar)

· üçlü bağ (eşit hat uzunluklarıyla)

· dörtlü bağ

· kama şeklinde bağ

· kesikli kama biçimli bağ

· Dalgalı çizgi

· yarım ok

· normal ok

· geniş bağ

· Daire

· noktalı çizgi

· örtüşen tekli bağ (geçtiği herhangi bir bağdan bir parçayı keser)

· hafif pi yörünge lobu

· karanlık pi yörünge lobu

yarı otomatik çizim of halkalar:
3 ila 12 üyeli halkalar, bir çizim yaparken Ctrl tuşu basılı tutularak kolayca çizilebilir.
hat. Bu çizgi daha sonra otomatik olarak çizilen bir halkanın ilk parçası olacaktır.
saat yönünde. Halkanın boyutu, varsayılan olarak seçilen halkaya uygun
çizim modu (yani 5, 6 veya 8 taraf), ancak düğmesine basarak halka bazında ayarlanabilir
ctlr- halkayı çizmeden önce, 3-9 sayıları 3 ila 9 üyeye karşılık gelir
halkalar, 0 ila 2 sırasıyla 10, 11 ve 12 üyeli halkaları seçer.

Yeni çizilen halkalar, Ctrl ve fare düğmesine 3 birlikte basılarak silinebilir.

Çizim of kavisli hatları:
Oklar veya yörünge lobları gibi nesneler için eğri çizgiler, spline eğri modunda şu şekilde çizilebilir:
sınırlayıcı bir çokgen oluşturan dört kontrol noktası belirtme (başlangıç ​​noktası, üzerinde iki nokta
zirvenin her iki tarafı, bitiş noktası). Stil menüsünde bulunan normal bağ tiplerinden,
'tek satır', 'yan ok', ok ve 'kesik çizgi' olağan işlevlerini korurken,
'geniş çizgi' türü, doldurulmuş bir çokgeni belirtmek için kullanılır. Kontrol noktaları sadece
görünür Hareket sonra bir eğrinin şeklini değiştirmek için sürüklenebilecekleri mod
çizilir.

ayar bağ stil
Bağ stili modunda, diyagramdaki herhangi bir bağa tıklamak, temsilini şu şekilde değiştirir:
yanındaki açılır menüde seçilen tür Tip düğmesine basın.

Açılır menüde bulunan ek bağ türü,

kavisli ok

sadece çizim için kullanılabilir. Aslında eğri çizimlerinden biri için bir kısayol
otomatik olarak ikinci ve üçüncü kontrol noktaları ile yukarıda açıklanan işlevler
oluşturuldu. Bu itibarla, geleneksel bağ türlerinden herhangi birine dönüştürülemez veya bunlardan herhangi birine dönüştürülemez.

(Ancak, diğer eğri tiplerinden herhangi birine dönüştürülebilir, örn.
ok ucu). Okun şekli genellikle kaydırılarak ayarlanmalıdır.
'Taşı' modunda yanında görünen kontrol noktası.

takma metin
Metin kutusuna yazılan metin, imleç ile konumlandırılabilir ve solda görünebilir,
çizimde orta veya sağa hizalı. Metin boyutu ve rengi sabit olarak seçilebilir
seçim listesi. Alt ve üst simge için kullanılacak iki özel karakter vardır
aşağıdaki karakter:

yukarı kaydırmak için '^' (örn. N^+)

'_' aşağı kaydırmak için (örneğin CH_3)

Kontrol karakteri '|' |t-Bu'da olduğu gibi aşağıdaki karakteri italik yapmak için kullanılır.

Bileşikleri numaralandırmak için tipik olarak kullanılan kalın bir yazı tipi,
'#' ile karakter.

Özel karakter '@', standart X11 sembolünü kullanan sembol moduna geçer
yazı tipi. Tüm alfabetik tuşlar, bu modda karşılık gelen Yunanca karakterleri üretir ve
standart Latin1 eşdeğerleri zaten varsa birkaç başka sembol de mevcuttur
klavyeye eşlenir:

yen -> sonsuzluk

tire -> yukarı ok

macron -> aşağı ok

'plusminus' ve 'tescilli' (ticari marka) sembolleri zaten standart yazı tipindedir,
normalde klavyede bulunmamalarına rağmen. Aşağıdaki komutları kullanın (veya
beyannameleri ekleyin .xmodmaprc ) aracılığıyla kullanılabilir hale getirmek için +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R kayıtlı' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P artı eksi' \
-e 'keysym u = u U kısa çizgi' \
-e 'keysym d = d D makron'

(bu, AltGr-P = artı eksi, AltGr-R = normal modda kayıtlı ve AltGr-O =
sonsuz, AltGr-U = yukarı ok, AltGr-D = sembol yazı tipinde aşağı yön).

'Noktalar ve çarpılar' diyagramları için, sembol yazı tipiyle ilgili aşağıdaki eşlemeler şu şekilde olabilir:
yararlı: akut -> çapraz (örneğin keysym x = x X akut) orta nokta -> doldurulmuş nokta (örneğin keysym
d = d D nokta merkezli) (açık nokta için derece işaretini kullanarak).

İyonik yükü belirtmek için artı ve eksi işaretlerinin daire içine alınmış versiyonları @+ olarak mevcuttur
ve @- .

Sembolleri alt veya üst simge olarak kullanmak istediğinizde, alt veya üst simgeyi
'@' karakterinden önceki karakter, örneğin K_@a .

Metin modunda, farenin sağ düğmesi imleç konumundaki etiketi siler. Değiştirme
Bir etiketin boyutu, yazı tipi veya rengi seçildikten sonra üzerine sol tıklanarak yapılabilir.
istenen ayar kombinasyonu. Çizim alanının üzerindeki metin giriş kutusu boş olduğunda,
etiketin içeriği değiştirilmeden yalnızca ayarlar güncellenir, aksi takdirde
etiket metni de değiştirilir. Mevcut bir etiketin metnini
metin giriş kutusu, orta fare tuşu ile üzerine tıklayın.

Etiketleme kısayolları
Tüm bağ çizim modlarında, atom sembolleri eklemek için birkaç klavye kısayolu mevcuttur
çizim modundan çıkmak zorunda kalmadan. Etiket, geçerli çizim konumuna yerleştirilir
(çizilen son çizginin bitiş noktası veya en son tıklanan nokta).

'c', 'h', 'n', 'o','s', 'p' ve 'r' tuşlarına karşılık gelen büyük harf olan 'l' eklenir.
(küçük harf L) 'Cl' eklerken, '1', '2', '3' sırasıyla CH,CH_2 ve CH_3'ü ekler. NS
yıldız tuşu (*) içi dolu bir daire ekler.

Boşluk çubuğuna bir kez basmak, istediğiniz yere yerleştirilecek olan etiketleri girmenizi sağlar.
Geri tuşuna bastığınızda geçerli konum.

Çizim elektron çiftleri
Sayısal tuş takımının tuşları, kısa 'elektron çifti' çizgileri çizmek için kullanılabilir.
eleman sembolü - eleman sembolünün ortadaki '5' tuşunda oturduğu düşünülürse,
her anahtar konumu için uygun elektron çiftini çeker. ile birlikte kullanıldığında
Shift tuşu, bir çizgi yerine iki nokta çizilir - eğer varsa noktalardan birini tekrar silmeniz yeterlidir.
tek sayıda elektrona ihtiyacınız var.

numaralama atomlar
Bir moleküldeki atomların hızlı bir şekilde numaralandırılması için metin modlarından birine geçin, basılı tutun
Kontrol tuşuna basın ve farenin sol tuşu ile art arda her atomu seçin. Numaralama
1'den başlar ve dizi herhangi bir zamanda sağ fare düğmesi tıklanarak sıfırlanabilir.
Kendi numaralandırma düzeninizi kullanmanız gerekiyorsa, orta düğmeye tıklayarak (hala
Kontrol tuşunu basılı tutarak), metin giriş alanındaki numarayı almasını sağlar.

Merkezleme
Molekülünüz için yeterli alan yoksa, onu sayfanın ortasına koyabilirsiniz.
ortadaki düğme ile.

İhracat için yabancı formatları:
Moleküllerinizi bir X bitmap, bir PNG veya EMF görüntüsü, kapsüllenmiş bir
postscript dosyası, Brian Smith' için bir girdi dosyası Xfig(1) program, bir MDL ver. 2000 mol dosyası
ticari paketlerle veri alışverişi için, XHTML web sayfaları için bir SVG dosyası veya
LaTeX belgelerine doğrudan dahil etmek için PicTeX formatı. PicTeX, PNG, EMF ve
Postscript çıktı işlevleri, şekil2dev81) programdan şekil değiştirmek(1) paketi
ve yalnızca bu program başlangıçta algılandığında kullanılabilir. Eğer şekil2sxd(1)
program yüklendiğinde, OpenOffice SXD formatı için ek bir dışa aktarma seçeneği mevcuttur.
Aynı şekilde, (açık)babel programı kuruluysa, ek bir Dışa Aktar menüsü sağlar.
bu araç tarafından desteklenen tüm dosya türlerine erişim sağlanır.

Mevcut yakınlaştırma ölçeğine göre farklı boyutlarda çıktılar oluşturabilirsiniz.
Postscript ve PicTeX dosyaları ayrıca, ekranda seçilebilen isteğe bağlı ölçeklerde oluşturulabilir.
ihracat dosyası menüsü.

Yapılandırma menüsündeki bir seçenek aramak için ayarlanabilir. şekil2dev uluslararası dilde
kullanarak alternatif (Times) yazı tipinde yazılmış herhangi bir metni otomatik olarak oluşturacak olan mod.
geçerli yerel ayara uygun postscript yazı tipi (şu anda Hırvatça, Kiril,
Çekçe, Macarca, Japonca, Korece, Lehçe). Bkz. şekil2dev ayrıntılar için belgeler.

PicTeX dosyasını LaTeX belgenize dahil etmek için pictex makro paketine ihtiyacınız olacak.
Kullandığınız sürümlere bağlı olarak, 'renk' paketini de yüklemeniz gerekebilir.
LaTeX dosyanızın önsözü. 'TeX kapasitesi aşıldı' hata mesajlarıyla karşılaşırsanız,
içindeki extra_mem_bot parametresini artırın metinf.cnf dosya (genellikle
/usr/share/texmf/web2c, /usr/yerel/texmf or /etc/texmf). Pictex, sıra dışı özellikleriyle bilinir.
(tex standartlarına göre) bellek gereksinimleri ve standart ayarlar bunu hesaba katmaz
(her ne kadar 'pictex kullanıyorsanız bunu değiştirin' şeklinde bir yorum bulabilseniz de metinf.cnf
dosya). extra_mem_bot=400000 gibi bir şey, orta derecede modern hiçbir şeye zarar vermemelidir.
sistem.

Baskı çizimler
1.5 sürümünden bu yana, diyagramların doğrudan Postscript özellikli bir yazdırma aygıtına yazdırılması (veya
daha tipik olarak ghostscript çalıştıran bir yazdırma kuyruğu) mümkündür. Kağıt boyutu,
büyütme, yazıcı adı ve kullanılacak yazdırma komutu (şu anda ya lp(1) lpr(1)
or kyazıcı(1)) Yapılandırma İletişim Kutusunda saklanabilir.

Seçilmesi herşey or parçalar of a çizim için dönüşümler:
'İşaretle' düğmesini kullanarak, mevcut çizimin bölümlerini çevreleyerek kolayca seçebilirsiniz.
onları bir 'lastik bant' dikdörtgeni ile.

Seçiminize dikdörtgen alanın dışındaki atomları eklemeniz gerekiyorsa, basitçe çizin.
Ctrl tuşunu basılı tutarken etraflarında başka bir lastik bant.

Seçilen parçalar mavi renkle vurgulanmış olarak görünecek ve hemen kullanıma hazır olacaktır.

hareketli basılı tutarken parçayı fare ile istediğiniz konuma sürükleyin
sol fare düğmesini aşağı. (Yalnızca tek tek atomları hareket ettirmeniz gerekiyorsa veya
bağları, işaretlemek zorunda kalmadan 'Taşı' modunda kolayca seçip sürükleyebilirsiniz.
önce onları).

dönen farenin yatay hareketi, farenin etrafında yumuşak dönüş anlamına gelir.
fare düğmesine basıldığında seçilen pivot noktası

lanetleme (yansıtma) parçayı yatay veya dikey bir ayna düzlemi boyunca
merkezi: bu, uygun menü düğmesine tıklanarak gerçekleştirilir

kopyalama 'Kopyala' menü düğmesine tıklamak, seçilenin tam bir kopyasını oluşturur
parça orijinaline göre biraz kaymış. işareti otomatik olarak
yeni kopyaya aktarılır.

yeniden ölçeklendirme yatay fare hareketi, yumuşak bir artış veya azalmaya çevrilir.
işaretli parçanın boyutu

silme işaretli parçayı silmek için üçüncü (genellikle sağ) tıklamanız yeterlidir
vurgulandıktan sonra fare düğmesine basın.

çerçeveleme çerçeve ve köşebent stillerinin açılır listesinden simgelerden birini seçme
karşılık gelen nesneyi, örneğin bir çift yuvarlak parantezin etrafına çizer.
vurgulanan parça

optimize 'kova ve süpürge' sembolüne tıklamak, kaldıran bir işlevi çağırır
çizimden örtüşen (yinelenen) bağlar ve etiketler ve düzeltir
neredeyse yatay veya dikey olan çizgiler.

Ekleme Önceden kaydedilmiş rakamlar:
Önceden kaydedilmiş bir chemtool çiziminden başka bir molekül eklemek için, onu dosyada seçin
'Ekle' düğmesine bastığınızda açılan seçim penceresi. Herhangi birine tek tıklama
Listedeki dosya adı, seçime yardımcı olmak için molekülün küçük bir önizlemesini görüntüler. NS
yeni eklenen molekül otomatik olarak aktif hale getirilir, böylece yeniden konumlandırılabilir.
İstenen.

Başka bir molekül üzerinde önceden tanımlanmış bir konuma eklemek isterseniz, bunu işaretleyebilirsiniz.
ek site, işaretçi dikdörtgenini sürüklemek yerine üzerine sol tıklayarak. Küçük
yeni parçanın referans konumu olan yerde yeşil nokta görünecektir. eğer kaydedersen
Böyle bir işaret kümesine sahip moleküller, sırayla, bağlanma yerlerini tanımlayacaklardır.
başka bir çizime eklenir.

Ekleme bir of the Önceden tanımlanmış şablonlar:
'Araçlar' menüsünden 'Şablonlar' seçildiğinde küçük bir koleksiyonla ikinci bir pencere açılır
önceden tanımlanmış yapıların Eklemek için istediğiniz molekülün resmine tıklamanız yeterlidir.
senin çizimin. Şablon penceresi, bir chemtool oturumu boyunca açık tutulabilir - eğer
başka bir pencere tarafından gizlenirse, 'Şablon' menüsünü seçerek öne taşıyabilirsiniz.
tekrar chemtool'da.

Şablon sistemindeki veriler, normal chemtool çizimlerinden yalnızca şu gerçeğiyle farklılık gösterir:
program içinde ve biraz garip bir biçimde saklanırlar (x ve y koordinatları
kaynak dosya templates.h'de ayrı olarak listelenir). Bunlar, bir
tüm kullanıcılar için uygun, ancak bireysel olarak genişletilemez (kullanabilirsiniz
kendi yapılarınız için 'Ekle' işlevi). Özel istiyorsanız lütfen bize bildirin
şablonlara eklenen moleküller - adları veya ideal olarak normal bir chemtool çizim dosyası
tek ihtiyacımız olan şey. (email gönder [e-posta korumalı])

İçe yabancı dosya formatları:
Chemtool, dosyaların Protein tarafından kullanılan hem PDB formatında içe aktarılması için işlevler sağlar.
Veritabanı (ve çoğu moleküler modelleme paketi tarafından) ve tescilli MDL molfile formatı
ISISdraw tarafından kullanılan ve diğer yapı çizim paketleri ve veritabanı tarafından anlaşılan
ön uçlar.

Her ikisi de 3B dosya formatı olduğundan, chemtool yalnızca içe aktarılan 2B projeksiyonları işlerken
moleküller önce geçici bir depoya okunur ve tuval üzerinde mavi renkle gösterilir.
Bu 3B gösterim daha sonra fare kullanılarak döndürülebilir. Sadece Geri Dön düğmesine bastıktan sonra
klavyedeki tuş, düzenlenebilen son 2D projeksiyona dönüştürülmesidir. Süre
böyle bir 3d içe aktarma devam ediyor, tüm normal çizim ve düzenleme işlevleri devre dışı bırakıldı.

MDL molfile içe aktarma ile karbon atomu etiketleri otomatik olarak atılır. PDB için
içe aktardığınızda, etiketleme miktarı, aşağıdakileri sunan dosya seçimi iletişim kutusunda seçilebilir:
ya tüm etiketlerin, yalnızca hidrojen olmayan atomların etiketlerinin ya da yalnızca sayısal olmayanların tutulması
etiketlerin bir parçası.

Babel programı kuruluysa - ya Pat Walters tarafından yazılmış orijinal versiyon ya da
daha yeni OpenBabel çabası - chemtool otomatik olarak bir menü seçeneği sunacak
bunun desteklediği dosya biçimlerinden herhangi birinden içe aktarma.

belirlenmesi toplam formül ve moleküler ağırlık:
Dağıtım bir yardımcı program içerir, cht(1), hesaplamak için Radek Liboska (Prag) tarafından
bir chemtool çizim dosyasından toplam formül ve (tam) moleküler ağırlık. Aynı zamanda
mevcut yapı için bu verileri hesaplamak için chemtool içinden veya bir
işaretlenmiş parçası. cht çift ​​bağlar tarafından yanlış yönlendirilebilir ( chemtool kaldırmaz
otomatik olarak kaynaşan halka sistemlerinden kaynaklanabilecekleri gibi örtüşen bağlar) ve
"aromatik halka" sembolü ile işaretlenir, bu nedenle bunlardan kaçınmalı ve uygunluğunu kontrol etmelisiniz.
mümkünse oluşturulan toplam formülü.

Çizim fonksiyonlar değil mevcut içinde kimyasal araç:
Genel çizgi çizme işlevleri gibi şu anda chemtool tarafından desteklenmeyen özellikler için,
Brian Smith'in XFig çizim paketini almak Xfig şiddetle tavsiye edilir. Sadece hakkında
sunmadığı şey, 'kimyasal' çizgi tipleri ve çizim açıları için destek - ki bu
chemtool neden bir tür yardımcı program olarak yazıldı? (Muhtemelen daha fazlası olacak
zamanla chemtool'a en çok ihtiyaç duyulan çizim seçenekleri eklendi, ancak
daha genel amaçlı özellikleri Xfig oldukça anlamsız görünüyor.)

onworks.net hizmetlerini kullanarak chemtool'u çevrimiçi kullanın