cleanasn - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

cleanasn - NCBI ASN.1 nesnelerindeki düzensizlikleri temizler

SİNOPSİS

temiz [-] [-A Dosya] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L Dosya] [-M Dosya]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i Dosya] [-j Dosya] [-k Dosya] [-m str] [-n yol]
[-o Dosya] [-p yol] [-q yol] [-r yol] [-v yol] [-x ext]

TANIM

temiz NCBI ASN.1 nesnelerindeki düzensizlikleri temizlemek için bir yardımcı programdır.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır.

- Kullanım mesajını yazdır

-A Dosya
Katılım listesi dosyası

-C str str'deki bayraklara göre sıralı işlemler:
c Sıkıştır
d Sıkıştırmayı aç
v Parçalı dizi içindeki sanal boşluklar
s Parçalı kümeyi delta dizisine dönüştürün

-D str str'deki bayraklara göre tanımlayıcıları temizleyin:
t Başlığı Kaldır
c Yorumu Kaldır
n Nuc-Prot Set başlığını kaldırın
e Pop/Phy/Mut/Eco Set başlığını kaldırın
m mRNA başlığını kaldır
p Protein başlığını kaldır

-F str str'deki bayraklara göre temizleme özellikleri:
u Kullanıcı nesnelerini kaldırın
d db_xrefs'i kaldırın
e Kaldır /kanıt ve /çıkarım
r Gereksiz gen referanslarını kaldırın
f Yinelenen özellikleri sigortalayın
k Paket kodlama bölgesi veya parça özellikleri
z EC numaralarını silin veya güncelleyin

-K str str'deki bayraklara göre genel bir temizlik yapın:
b TemelSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (harici bir yardımcı program aracılığıyla)
CiddiSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Tanımlayıcı sırasını normalleştir
u NcbiCleanup Kullanıcı Nesnelerini Kaldır
c Genetik Kodları senkronize et
d CDS kısmi parçalarını yeniden senkronize et
m mRNA kısmi parçalarını yeniden senkronize et
t Peptit kısmi parçalarını yeniden senkronize et
a Konsensüs eklemesini ayarla
i "en kötü" Sıra Kimliğine terfi

-L Dosya
Log dosyası

-M Dosya
makro dosyası

-N str str'deki bayraklara göre bağlantıları temizleyin:
o Overlap ile CDS mRNA'yı bağlayın
p Ürüne göre CDS mRNA'yı bağlayın
Özellik kimliklerini yeniden atayın
f Eksik karşılıklı özellik kimliklerini düzeltin
c Özellik kimliklerini temizle

-P Yayın seçenekleri:
a Tüm yayınları Kaldır
s Seri numarasını kaldır
f Şekil, numaralandırma ve adı kaldır
r Açıklamayı Kaldır
u Yalnızca PMID yayınını güncelleyin
# Yayınlanmayanları PMID ile değiştirin

-Q str Rapor:
c Kayıt sayısı
r ASN.1 KEİ raporu
s ASN.1 SSEC raporu
n NORM ve SSEC raporu
e PopPhyMutEco Otomatik Tanımlama raporu
o Örtüşme raporu
l Enlem-boylam ülke farkı
d SSEC farklılıklarını günlüğe kaydet
g GenBank SSEC farkı
f asn2gb/asn2flat farkı
h Seg-delta GenBank farkı
v Doğrulayıcı SSEC farkı
m Gen/RNA/PCR'yi Modernize Edin
u Yayınlanmamış Pub araması
p Yayınlanmış Pub araması
j Dizinlenmemiş Günlük raporu
x Özel tarama

-R Kimlikten uzaktan alma (NCBI dizi veritabanları)

-S str Seçici fark filtresi (büyük harfler atlanır)
SSEC'in
b KEİ
Bir Yazar
p Yayın
l Konum
rRNA
q Niteleyici sıralama düzeni
g Genbank bloğu
k Paket CdRegion veya parça özellikleri
m Yayını taşı
o Yinelenen Bioseq yayınını bırakın
d Otomatik tanımlama satırı
e Pop/Phy/Mut/Eco Set tanımlama satırı

-T Taksonomi Araması

-U str str'deki bayraklara göre modernize edin:
g genler
rRNA
p PCR Primerleri

-V str Doğrulayıcı önem derecesine göre özellikleri kaldırın:
r reddet
e Hata
w Uyarı
ben Bilgi

-X str Str başına çeşitli seçenekler:
d Otomatik tanımlama satırı
e Pop/Phy/Mut/Eco Set tanımlama satırı
n Örnek NC başlığı
m Örnek NM başlıkları
x Özel XM başlıkları
p Örnek Protein başlıkları
c Dizileri kodlamak için mRNA'lar oluşturun
f Karşılıklı protein_id/transkript_id'yi düzeltin

-Z str Belirtilen Kullanıcı nesnesini kaldır

-a str ASN.1 tipi
a Herhangi biri (varsayılan)
e Sıra girişi
b Biyoseq
s Bioseq seti
m Sıra-gönder
t Toplu İşleme [Dize]

-b ASN.1 girişi İkilidir

-c ASN.1 girişi Sıkıştırılmış

-d str Kaynak veritabanı
a Herhangi biri (varsayılan)
g Gen Bankası
EMBL
dDDBJ
b EMBL veya DDBJ
r RefSeq
NCBI
v Yalnızca bölümlere ayrılmış diziler
w Bölümlere ayrılmış dizileri hariç tut
x EMBL/DDBJ'yi Hariç Tut
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts'yi hariç tutun

-f str alt dize filtresi

-i Dosya
Tek giriş dosyası (varsayılanı stdin'dir)

-j Dosya
İlk dosya adı

-k Dosya
Son dosya adı

-m str Düz dosya modu:
Serbest bırakma
e Giriş
payet
d dökümü

-n yol
asn2flat yürütülebilir (varsayılan /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o Dosya
Tek çıktı dosyası (varsayılanı stdout'tur)

-p yol
Tüm eşleşen dosyaları şurada işleyin: yol

-q yol
ffdff yürütülebilir (varsayılan /netopt/genbank/alt araç/bin/ffdiff)

-r yol
Sonuçlar için yol

-v yol
asnval yürütülebilir (varsayılan /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext ile kullanım için dosya seçim soneki -p (varsayılan .ent)

onworks.net hizmetlerini kullanarak cleanasn'ı çevrimiçi kullanın