cmbuild - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

cmbuild - yapısal olarak açıklamalı RNA çoklu dizisinden kovaryans model(ler)i oluşturun
hizalama(lar)

SİNOPSİS

cmbuild [seçenekler]

TANIM

Her bir çoklu dizi hizalaması için bir kovaryans modeli oluşturun ve onu kaydedin
yeni bir dosya .

Hizalama dosyası Stockholm veya SELEX formatında olmalı ve fikir birliği içermelidir
ikincil yapı açıklaması. cmbuild belirlemek için konsensüs yapısını kullanır.
CM'nin mimarisi.

'-' (tire) olabilir, bu da bu girdiyi şuradan okumak anlamına gelir: stdin bir dosyadan ziyade.
'-' kullanmak için, hizalama dosyası biçimini de belirtmelisiniz. --bilgi , içinde olduğu gibi
--bilgi Stockholm (uygulamamızdaki mevcut bir sınırlama nedeniyle, MSA dosyası
biçimler, geri sarılamaz bir giriş akışında otomatik olarak algılanamaz.)

olmayabilir '-' (stdout), çünkü CM dosyasını göndermek stdout'u çatışır
programın diğer metin çıktısı ile.

CM(ler) yazmaya ek olarak , cmbuild ayrıca her biri için tek bir satır çıktısı verir
stdout için oluşturulan model. Her satırda şu alanlar bulunur: "aln":
CM'yi oluşturmak için kullanılan hizalama; "idx": CM'nin dizini ; "isim":
CM'nin adı; "nseq": CM'yi oluşturmak için kullanılan hizalamadaki dizilerin sayısı;
"eff_nseq": modeli oluşturmak için kullanılan etkin dizi sayısı; "alen": uzunluk
CM'yi oluşturmak için kullanılan hizalamanın; "clen": hizalamadaki sütun sayısı
fikir birliği (eşleşme) sütunları olarak tanımlanır; "bps": CM'deki temel çiftlerin sayısı; "bif":
CM'deki çatallanma sayısı; "rel entropi: CM": toplam göreli entropi
model, fikir birliği sütunlarının sayısına bölünür; "rel entropi: HMM": toplam göreli
ikincil yapıyı görmezden gelen modelin entropisi, fikir birliği sayısına bölünür.
sütunlar. "açıklama": modelin/hizalamanın açıklaması.

SEÇENEKLER

-h Yardım; komut satırı kullanımı ve mevcut seçenekler hakkında kısa bir hatırlatma yazdırın.

-n Yeni CM'yi adlandırın . Varsayılan, hizalamanın adını kullanmaktır (eğer varsa
içinde mevcut ), veya bu olmazsa, adı . If
birden fazla hizalama içerir, -n çalışmıyor ve her hizalama
üzerinde açıklamalı bir isim olmalı (Stockholm #=GF ID ek açıklamasında olduğu gibi).

-F izin vermek üzerine yazılacak. Bu seçenek olmadan, eğer zaten
, mevcut cmbuild hata ile çıkıyor.

-o Özet çıktısını dosyaya yönlendirin , yerine standart.

-O Her model oluşturulduktan sonra açıklamalı kaynak hizalamalarını bir dosyaya yeniden kaydedin
Stockholm formatında. Diziler, hangi göreli dizi ağırlıklarıyla not edilir
atandı. Hizalamalar ayrıca bir referans açıklama satırıyla açıklanır
hangi sütunların fikir birliği olarak atandığını gösterir. Kaynak hizalaması olsaydı
referans notu ("#=GC RF"), konsensüs kalıntısı ile değiştirilecektir.
fikir birliği sütunları için model ve '.' ekleme sütunları için, sürece --el
Konsensüs pozisyonlarını belirlemek için seçenek kullanıldı, bu durumda
değişmeden.

--devhelp ile olduğu gibi yazdırma yardımı -h , değil, aynı zamanda uzman seçeneklerini de içerir.
ile görüntülenen -h . Bu uzman seçeneklerinin aşağıdakilerle ilgili olması beklenmemektedir:
kullanıcıların büyük çoğunluğu ve bu nedenle kılavuz sayfasında açıklanmamıştır. Tek
gerçekte ne yaptıklarını anlamak için kaynaklar kısa tek satırlık
açıklama çıktısı ne zaman --devhelp etkinleştirilir ve kaynak kodu.

SEÇENEKLER KONTROL MODEL İNŞAAT

Bu seçenekler, fikir birliği sütunlarının bir hizalamada nasıl tanımlandığını kontrol eder.

--hızlı Konsensüs sütunlarını >= kesiri olan sütunlar olarak otomatik olarak tanımlayın simetrik of
boşlukların aksine kalıntılar. (Aşağıya bakınız --symfrac seçeneği.) Bu
Varsayılan.

--el Hangisini belirlemek için referans koordinat açıklamasını (#=GC RF hattı, Stockholm'de) kullanın.
sütunlar fikir birliğidir ve bunlar ekler. Boşluk olmayan herhangi bir karakter, bir
fikir birliği sütunu. (Örneğin, fikir birliği sütunlarını "x" ile işaretleyin ve sütunları ekleyin
"." ile.) Bu seçenek çağrıldı --rf Infernal'in önceki sürümlerinde (0.1
1.0.2 aracılığıyla).

--symfrac
Bir konsensüs sütunu tanımlamak için gerekli olan kalıntı fraksiyonu eşiğini tanımlayın.
kullanmıyor --el. Varsayılan 0.5'tir. Her sütundaki sembol kesri
göreli dizi ağırlığı dikkate alındıktan sonra hesaplanır. Bunu ayarlamak
0.0, her hizalama sütununun fikir birliği olarak atanacağı anlamına gelir;
bazı durumlarda faydalıdır. 1.0'a ayarlamak, yalnızca 0 boşluk içeren sütunların
konsensüs olarak atanacaktır. Bu seçenek, --boşluk seçenek
Infernal'in önceki sürümlerinden (0.1'den 1.0.2'ye kadar), (1.0 -
). Örneğin, bir komutun davranışını yeniden oluşturmak için cmbuild --boşluk 0.8
önceki bir sürümde, kullanın cmbuild --symfrac 0.2 bu sürümle.

--hayır Varsa, ikincil yapı açıklamasını yoksayın. ve bir CM oluşturun
sıfır baz çifti. Bu model bir HMM profiline benzeyecek ve cmarama ve
cm tarama programlar bunun için CM algoritmalarından daha hızlı olan HMM algoritmalarını kullanacaktır.
modeli. Ek olarak, sıfır baz çifti modelinin şu şekilde kalibre edilmesine gerek yoktur: cmkalibre
koşmadan önce cmarama Bununla. --hayır seçeneği yoksa kullanılmalıdır.
ikincil yapı açıklaması .

--arama
Dosyadaki RIBOSUM matrisini kullanarak emisyon puanlarını bir ARAŞTIRMA ile parametrelendirin .
İle --arama etkin, tüm hizalamalar tam olarak bir tane içermelidir
sıra veya --Arama seçeneği de etkinleştirilmelidir. Her dizideki tüm pozisyonlar
fikir birliği "sütunları" olarak kabul edilecektir. Aslında, bunlar için emisyon puanları
modeller, modellemedeki farklılıklar nedeniyle RIBOSUM puanlarıyla aynı olmayacaktır.
Infernal ve RSEARCH arasındaki strateji, ancak mümkün olduğunca benzer olacaklar.
RIBOSUM matris dosyaları, Infernal'ın "matrisler/" alt dizininde bulunur.
üst düzey "infernal-xxx" dizini. RIBOSUM matrisleri ikame puanıdır
ayrı tek sarmallı yapısal RNA'lar için özel olarak eğitilmiş matrisler
kalıntı ve baz çifti ikame puanları. Daha fazla bilgi için ARAŞTIRMA'ya bakın
yayın (Klein ve Eddy, BMC Bioinformatics 4:44, 2003).

DİĞER MODEL İNŞAAT SEÇENEKLER

--boş
Şuradan boş bir model oku . Boş model, her RNA'nın olasılığını tanımlar
arka plan dizisindeki nükleotid, varsayılan her nükleotit için 0.25 kullanmaktır.
Boş dosyaların formatı kullanıcı kılavuzunda belirtilmiştir.

--önceki
Öncesinde bir Dirichlet okuyun , varsayılan karışım Dirichlet'in değiştirilmesi. NS
önceki dosyaların formatı kullanım kılavuzunda belirtilmiştir.

kullanım --devhelp ek, aksi takdirde belgelenmemiş model yapım seçeneklerini görmek için.

SEÇENEKLER KONTROL BAĞIL AĞIRLIKLAR

cmbuild yakından ilişkili ağırlığı azaltmak için özel bir dizi ağırlıklandırma algoritması kullanır
diziler ve uzaktan ilişkili olanları büyütün. Bu, modelleri daha az yapma etkisine sahiptir.
eşit olmayan filogenetik temsil tarafından önyargılı. Örneğin, iki özdeş dizi
tipik olarak her biri, bir dizinin alacağı ağırlığın yarısını alır. Bu seçenekler kontrol
hangi algoritma kullanılır.

--wpb Henikoff pozisyon tabanlı dizi ağırlıklandırma şemasını kullanın [Henikoff ve Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. Bu varsayılandır.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia ağırlıklandırma algoritmasını kullanın [Gerstein ve diğerleri, J. Mol.
Biyol. 235:1067, 1994].

--wnone
Sıra ağırlığını kapatın; örneğin, tüm dizi ağırlıklarını açıkça 1.0'a ayarlayın.

--wverildi
Giriş hizalama dosyasındaki ek açıklamada verilen sıra ağırlıklarını kullanın. Eğer hayırsa
ağırlıklar verildi, hepsinin 1.0 olduğunu varsayalım. Varsayılan, yeni belirlemektir
Gerstein/Sonnhammer/Chothia algoritmasına göre dizi ağırlıkları,
açıklamalı ağırlıklar

--wblosum
Dizileri ağırlıklandırmak için varsayılan yerine BLOSUM filtreleme algoritmasını kullanın.
GSC ağırlıklandırma. Dizileri belirli bir yüzde özdeşliğinde kümeleyin (bkz. --geniş);
her kümeye üyeler arasında eşit olarak dağıtılan toplam 1.0 ağırlık atayın
o kümenin.

--geniş
davranışını kontrol eder. --wblosum yüzde ayarlayarak ağırlıklandırma seçeneği
hizalamayı kümelemek için kimlik .

SEÇENEKLER KONTROL ETKİLİ SIRA NUMBER

Göreceli ağırlıklar belirlendikten sonra, toplam efektif değere toplanacak şekilde normalleştirilirler.
Sıra numarası, eff_nseq. Bu sayı, dizideki gerçek dizi sayısı olabilir.
hizalama, ancak neredeyse her zaman bundan daha küçüktür. Varsayılan entropi ağırlığı
yöntem (--ent) bilgi içeriğini azaltmak için etkin sıra numarasını azaltır
(göreceli entropi veya gerçek homologlarda beklenen ortalama puan) fikir birliği pozisyonu başına. NS
hedef bağıl entropi, iki parametreli bir fonksiyon tarafından kontrol edilir;
parametreler ile ayarlanabilir --buraya ve --esigma.

--ent Etkili sıra numarasını belirlemek için entropi ağırlıklandırma stratejisini kullanın.
bir hedef ortalama eşleşme durumu göreli entropisi verir. Bu seçenek varsayılandır ve
ile kapatılabilir --enon. Varsayılan hedef ortalama eşleşme durumu göreli
entropi, en az 0.59 temel çifti olan modeller için 1 bit ve modeller için 0.38 bittir
sıfır temel çift ile, ancak ile değiştirildi -- işte. 0.59 veya 0.38 bitin varsayılan değeri
modelin toplam göreli entropisi (toplanan eşleşme
göreli durum entropisi), varsayılan olarak 6.0 bit olan bir kesme değerinden küçüktür, ancak
uzman tarafından değiştirilebilir, belgesiz --eski seçenek. eğer gerçekten istiyorsan
bu seçenekle oynayın, kaynak koduna bakın.

--enon
Entropi ağırlıklandırma stratejisini kapatın. Etkili sıra numarası sadece
hizalamadaki dizi sayısı.

--buraya
Hedef ortalama eşleşme durumu göreli entropisini şu şekilde ayarlayın: . Varsayılan olarak hedef
eşleşme konumu başına göreli entropi, en az 0.59 olan modeller için 1 bittir.
sıfır temel çifti olan modeller için temel çift ve 0.38.

--eminseq
İzin verilen minimum etkin sıra numarasını şu şekilde tanımlayın: .

--ehmm
Hedef HMM ortalama eşleşme durumu göreli entropisini şu şekilde ayarlayın: . için entropi
temel eşleşme eşleşme durumları, marjinalleştirilmiş temel çift emisyonu kullanılarak hesaplanır
ihtimal.

--eset
Entropi ağırlığı için etkili sıra numarasını şu şekilde ayarlayın: .

SEÇENEKLER KONTROL FILTRE P7 SMM İNŞAAT

Her bir CM için cmbuild yapılar, girişten eşlik eden bir p7 HMM filtresi oluşturulur
hizalama da. Bu seçenekler filtre HMM yapısını kontrol eder:

--p7ere
p7 HMM filtresi için hedef ortalama eşleşme durumu göreli entropisini şu şekilde ayarlayın: . By
varsayılan olarak, eşleşme konumu başına hedef göreli entropi 0.38 bittir.

--p7ml HMM filtresi olarak CM'den oluşturulmuş bir maksimum olabilirlik p7 HMM kullanın. Bu HMM
CM'ye mümkün olduğunca benzer olun (zorunlu olarak ikincil bilgiden habersiz
yapı).

kullanım --devhelp Ek, aksi takdirde belgelenmemiş filtre HMM yapım seçeneklerini görmek için.

SEÇENEKLER KONTROL FILTRE P7 SMM KALİBRASYON

Her filtre HMM'sini oluşturduktan sonra, cmbuild kullanılacak uygun E-değeri parametrelerini belirler
filtreleme sırasında cmarama ve cm tarama bir dizi diziyi örnekleyerek ve onları arayarak
Her HMM filtre yapılandırması ve algoritması ile.

--EmN Yerel MSV filtre HMM kalibrasyonu için örneklenen dizilerin sayısını şu şekilde ayarlayın: .
Varsayılan olarak 200.

--EvN Yerel Viterbi filtresi HMM kalibrasyonu için örneklenen dizilerin sayısını şu şekilde ayarlayın:
. Varsayılan olarak 200.

--ElfN Yerel İleri filtre HMM kalibrasyonu için örneklenen dizilerin sayısını şu şekilde ayarlayın:
. Varsayılan olarak 200.

--EgfN Küresel İleri filtre HMM kalibrasyonu için örneklenen dizilerin sayısını ayarlayın
için . Varsayılan olarak 200.

kullanım --devhelp Ek, aksi takdirde belgelenmemiş filtre HMM kalibrasyon seçeneklerini görmek için.

SEÇENEKLER İÇİN ARITMA L' GİRİŞ UYUM

-- rafine
Beklentileri kullanarak CM'yi oluşturmadan önce hizalamayı iyileştirmeye çalışın.
maksimizasyon (EM). Bir CM ilk olarak her zamanki gibi ilk hizalamadan oluşturulur. Sonra,
hizalamadaki diziler en uygun şekilde yeniden hizalanır (HMM bantlı CYK ile
algoritma, optimal, bantlar verilen optimal anlamına gelir) CM'ye ve yeni bir CM inşa edildi
elde edilen hizalamadan. Diziler daha sonra yeni CM'ye yeniden hizalanır ve bir
yeni CM bu hizalamadan oluşturulmuştur. Bu yakınsama kadar devam eder,
özellikle iki ardışık yineleme için hizalamalar olmadığında
önemli ölçüde farklı (tüm dizilerin toplam bit puanları
hizalama iki ardışık yineleme arasında %1'den daha az değişir). Son
hizalama (yazılan CM'yi oluşturmak için kullanılan hizalama ) is
yazılır .

-l İle -- rafine, hizalamaya izin veren yerel hizalama algoritmasını açın.
gerekirse iki veya daha fazla alt diziyi kapsar (örneğin, sorgunun yapıları
model ve hedef dizi yalnızca kısmen paylaşılır), belirli büyük
normalden farklı şekilde cezalandırılacak yapıda eklemeler ve silmeler
indeller. Varsayılan, sorgu modelini hedef dizilere genel olarak hizalamaktır.

--gibbs
davranışını değiştirir -- rafine bu nedenle EM yerine Gibbs örneklemesi kullanılır. NS
fark, hizalama aşaması sırasında hizalamanın zorunlu olmamasıdır.
optimaldir, bunun yerine her dizi için bir hizalama (çözüm ağacı)
Inside algoritması tarafından belirlenen şekilde hizalamaların sonsal dağılımı. Dolayı
bu örnekleme adımı --gibbs deterministik değildir, bu nedenle aynı ile farklı çalışır
hizalama farklı sonuçlar verebilir. Bu doğru değil -- rafine kullanılır
olmadan --gibbs seçeneği, bu durumda son hizalama ve CM her zaman
aynısı. Ne zaman --gibbs etkinleştirildiğinde --tohum seçeneği tohumlamak için kullanılabilir
rasgele sayı üreteci tahmin edilebilir, sonuçları tekrarlanabilir hale getirir. Amacı
the --gibbs seçenek, uzman RNA hizalama küratörlerinin yapısal
alternatif yüksek puanlı hizalamaları gözlemlemelerine izin vererek hizalamalar.

--tohum
Rastgele sayı üretecini şu şekilde tohumlayın , bir tamsayı >= 0. Bu seçenek yalnızca
ile birlikte kullanılabilir --gibbs. If sıfırdan farklı, stokastik örnekleme
hizalamalar tekrarlanabilir olacaktır; aynı komut aynı sonuçları verecektir. Eğer
0 ise rasgele sayı üreteci keyfi olarak ekilir ve stokastik
örneklemeler, aynı komutun çalıştırılmasından çalıştırılmasına değişiklik gösterebilir. Varsayılan tohum 0'dır.

--cyk İle -- rafine, CYK algoritması ile hizalayın. Varsayılan olarak optimum doğruluk
algoritma kullanılmaktadır. Bu konuda daha fazla bilgi şurada var: hizalamak manuel sayfa.

--notrunc
İle -- rafine, kesilmiş hizalama algoritmasını kapatın. Fazlası var
bu konuda bilgi şurada hizalamak manuel sayfa.

kullanım --devhelp ek, aksi takdirde belgelenmemiş, hizalama iyileştirme seçeneklerini aşağıdaki gibi görmek için
tek bir model için birden çok model oluşturmaya yönelik diğer çıktı dosyası seçenekleri ve seçeneklerinin yanı sıra
hizalaması.

onworks.net hizmetlerini kullanarak cmbuild'i çevrimiçi kullanın