cnrun - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

CNrun -- bir nöronal ağ simülatörü

SİNOPSİS

koş -h | -U | -e senaryo [SEÇENEK ...]

TANIM

CNrun NEURON veya GENESIS'e benzer, ancak provizyonu olmayan bir nöronal ağ simülatörüdür.
ünite bölmeleri için. Ağ topolojisini NeuroML formatında dışa aktarılmış olarak okur, fi,
NeuroConstruct tarafından. Birim türleri, .nml'deki 'cell_type' özniteliği tarafından belirlenir
tanımlar.

İlgili 'cell_type' dizesine göre mevcut nöron türleri şunları içerir:

· HH ve HHR Oranı, iletkenliğe ve hıza dayalı Hodgkin-Huxley nöronları (Traub & Miles,
1991);

· Basitleştirilmiş ancak hızlı, sabit dt Harita HH modelini taklit eden nöronlar;

· Poisson, Van der Pol (VdP) ve basit Nabız osilatörler;

· Rall ve diğerleri, 1967'de açıklandığı gibi sinapslar (ralli) ve Destexhe ve diğerleri, 1994 (AB).

Birim parametreleri bir aracılığıyla ayarlanabilir set_parm_* komut (bkz. YAZILIM aşağıda); değerler olabilir
simülasyondan önce bir kez veya kullanıcı tanımlı programa göre sürekli veya periyodik olarak ayarlayın.

Durum değişkenlerini hesaplamak için 6-5 sıralı bir Runge-Kutta entegrasyon yöntemi kullanılır. Bunlar
(nöronlar için zar potansiyeli E veya anlık ateşleme hızı R, nörotransmiter salınımı
Sinapslar için S) ve ani yükselme süreleri kaydedilebilir.

CNrun'da komut dosyası oluşturma desteği, bir model oluşturmak ve doldurmak için komutlar içerir,
normal ifade eşleşmesine göre seçilen tek birimler veya gruplar için parametreler. Değişkenler ('a =
1; b = a + 2') ve aritmetik ifadeler ('-', '+', '*', '/', '()' ) desteklenir.

SEÇENEKLER

-C dir chdir için dir koşmadan önce.

-D Modeldeki tüm birim tiplerini boşaltın ve çıkın.

-e [senaryo]
Gerçekleştirmek senaryo. Bu seçenek dosya adı olmadan verilmişse (veya hiç verilmemişse),
etkileşimli bir tercüman başlatın.

-s Birimleri sıralayın (çoğunlukla ayrıntılı çıktıyla kullanışlıdır).

-L[1dbxL]
Tüm dinleyiciler için:

d Sürekli yazmak yerine diske yazmayı bitene kadar erteleyin (
simülasyon ama ilerlemeyi gnuplot ile canlı izleyemezsiniz)

1 Yalnızca ilk değişkeni günlüğe kaydedin (birimlerin
üç ilginç olmayan geçit parametresini aşar).

b ASCII yerine yerel ikili biçimde yazın. Bu görüntülemeyi hızlandıracak
(şimdi label.varx dosyaları) gnuplot ile. Çiziminizi “ikili” ile yapın
Bunu başarmak için format="%lf%lf"”.

Bu seçenekler ayrıca komut kullanılarak da ayarlanabilir. dinleme_modu (aşağıya bakınız).

L günlük entegratörü dt.

-E çift
Bu aralıkta dinleyin (varsayılan 1 msn; her döngüyü dinlemek için 0'a ayarlayın;
yavaş cnrun önemli ölçüde azalır). Komut olarak da mevcuttur dinle_dt.

-k[l|0]
Etiketleri ('l') veya birim kimliklerini ('0') kullanarak, model çapında bir artış gösteren nöron günlüğü yazın.

-e uint
Tüm çıktılar için kesinliği ayarlayın (varsayılan 8).

-oçift
dt_max (varsayılan 0.5).

-oçift
dt_min (varsayılan 1e-05).

-ixçift
Cap dt, mevcut dt değeri x bu kadar artar (varsayılan 5).

-nc Sinaps birleştirmeyi devre dışı bırakın (karşılaştırma için).

-v int Ayrıntı düzeyini ayarlayın (varsayılan 1; 7'ye kadar olan değerler anlamlıdır). Negatif kullan
yalnızca ilerleme yüzdesini gösteren değer, satırda -8 x bu
değeri.

-U Mevcut tüm birimleri listeleyin.

-h Komut satırı seçeneklerine genel bakışı yazdırın.

Tek harfli seçenekler için seçenek harfi ve argüman arasında boşluk isteğe bağlıdır.
Yine de bir argüman alan tüm iki harfli seçeneklerde, boşluk olmadığından emin olun.
arasında.

YAZILIM

Komutlar iki nokta üst üste veya yeni satır ile sınırlandırılır. Yorumlar # ile başlayan satırlardır. NS
aşağıdaki komutlar mevcuttur:

yeni model ADI
NAME adlı yeni bir model oluşturun. Mevcut model silinir.

use_nml NML_FILE
Ağ topolojisini NML_FILE'den yükleyin, gerekirse bir model oluşturun veya bir
mevcut model” topolojisi.

birleştirme_nml NML_FILE
NML_FILE'den topolojide birleştirme.

ek_nöron TİP ETİKET
LABEL etiketli TYPE türünde yeni bir newron ekleyin.

add_synapse TÜR KAYNAK HEDEF G
SOURCE etiketli nöronu, sinaps türünde bir HEDEF etiketli bir nörona bağlayın
TİP, gsyn G ile.

cull_deaf_synapses
Sıfır ağırlıkla sinapsları kaldırın.

set_parm_neuron ETİKET PARM DEĞERİ
LABEL ile eşleşen etiketli belirli bir nöron grubu için PARM parametresini ayarlayın.

set_parm_synapse SRC TGT PARM DEĞERİ
SRC ve TGT ile eşleşen etiketli nöronlar arasındaki sinapslar için PARM parametresini ayarlayın. NS
kendisi bir sinaps parametresi olmayan sinaptik ağırlık da bununla ayarlanabilir
komut: bunu yapmak için 'gsyn'i PARM olarak kullanın.

ayarlamak Modeli sıfırlayın. Model zamanı 0'a geri sarılır ve tüm birimlerin durumu vardır
değişkenler stok varsayılanlarına sıfırlanır. Daha önce atanan birim parametreleri ve
ekli veri kaynakları korunur.

reset_revert_params
Modeli sıfırlayın. Model zamanı 0'a geri sarılır, tüm birimlerin durum değişkenleri vardır
ve parametreler stok varsayılanlarına sıfırlanır.

reset_state_units REGEX
Mevcut model zamanını koruyarak birimleri yukarıdaki gibi sıfırlayın.

avans_until ZAMAN
TIME msn'ye kadar ilerleyin.

ilerlemek ZAMAN
İlerleme TIME msn.

söndürmek REGEX
Etikete göre REGEX ile eşleşen birimleri silin.

kırıp geçirmek REGEX FRAC'ı
REGEX tarafından seçilen bir birim popülasyonunun FRAC birimlerini rastgele silin.

start_listen REGEX
Eşleşen birimleri dinletin.

dur_dinle
Eşleşen birimlerin dinlemeyi durdurmasını sağlayın.

dinle_dt [DEĞER]
Dinleme aralığını DEĞER olarak ayarlayın veya DEĞER verilmemişse mevcut değeri gösterin.

dinleme_modu [SPEC]
Geçerli dinleme modunu yazdırın (argüman atlanırsa) (yalnızca bir değişken, ertelenmiş
yazma ve/veya ikili); aksi takdirde, '1', 'd' veya 'b' ise ilgili modu etkinleştirin
SPEC'de oluşur veya varsa devre dışı bırakır ve hemen ardından bir '-' gelir.
Halihazırda dinleyen birimlerin etkilenmeyeceğini unutmayın; modunu değiştirmek için
onları, sorunu start_listen yeni mod ayarlandıktan sonra onlar için.

start_log_spikes REGEX
REGEX günlük sivri uçlarıyla eşleşen nöronlar yapın.

stop_log_spikes REGEX
REGEX ile eşleşen nöronları günlük artışlarını durdurun.

sxf_params GECİKME:PERİYOD:SIGMA
Ani yoğunluk fonksiyonu başlangıç ​​gecikmesini, örnekleme periyodunu ve sigma'yı belirtildiği gibi ayarlayın.

tarif_modeli
Model topolojisinin ve birim türlerinin bir özetini yazdırın.

show_units REGEX
REGEX ile eşleşen birimlerin parametrelerini ve durumunu yazdırın.

yeni kaynak TİP KİMLİK ARG ...
Yeni bir tür kaynağı ve belirtildiği gibi bir kimlik oluşturun. Kaynaklar bağlanabilir
dinamik olarak değişen bir davranış oluşturmak için bir araç olarak parametreleri birleştirmek. Görmek
DİNAMİK KAYNAKLARI altında.

bağlantı kaynağı SOURCE_ID ETİKET PARMASI
Bu kaynağı eşleşen birimlerin parametresine bağlayın.

show_sources
O anda aktif olan kaynakları göster (hem bağlı hem de boşta).

exec [SENARYO]
Bir komut dosyası yürütün. SCRIPT belirtilmemişse, etkileşimli bir yorumlayıcı başlatın.

lâf salatası [SEVİYE]
Ayrıntı düzeyini ayarlayın/gösterin.

show_vars [REGEX]
REGEX ile eşleşen değişkenleri veya REGEX atlanmışsa tüm değişkenleri yazdırın.

clear_vars [REGEX]
REGEX ile eşleşen değişkenleri veya REGEX atlanmışsa tümünü temizleyin.

duraklatmak [GECİKM]
Belirtilmişse GECİKME saniye veya aksi takdirde kullanıcı Enter'a basana kadar duraklatın.

çıkmak tarafından çağrıldıysa mevcut tercümandan çık exec; yoksa programdan çıkın.

Tercümanı etkileşimli olarak kullandığınızda, TAB tamamlamaları uygun şekilde listeleyecektir,
bağlama göre değişir.

DİNAMİK KAYNAKLARI

ile statik birim parametresi/değişken atamasına ek olarak set_parm_{nöron,sinaps},
birimlerin herhangi bir parametresine veya değişkenine eklenmiş bir veri kaynağı olabilir (gerçi
sonraki döngüde değişkenlerin üzerine yazılacaktır).

Veri kaynakları üç türdendir (dördüncüsü geliştiriciler için mevcuttur, isteğe bağlı olarak
zamanın kullanıcı işlevi, ancak bir yorumlayıcı komutu olarak gösterilmez). için veri nerede
kaynak bir dosyadan okunur, değerler bir '>>' operatörü kullanılarak okunur ( ) içine
bir çift değişken. karşılık gelen yeni kaynak argümanlar:

bant DOSYA
DOSYA'dan “zaman değeri” çiftlerini okuyun ve parametrenin değerini buna göre ayarlayın.

Periyodik DOSYA
DOSYA'nın scanf("%lg") tarafından okunan ilk sayı değeri olarak bir zaman içermesi beklenir.
Aşağıdaki değerlerin parametreye sıralı olarak atandığı süre.
Değerler, her entegrasyon döngüsünün başında atanır.

Gürültü EN AZ EN ÇOK
İçinde (zamandan bağımsız olarak) tek tip olarak dağıtılmış bir rasgele sayı üretin
EN AZ EN ÇOK.

Parametrelere benzer şekilde durum değişkenleri de bu şekilde ayarlanabilir; bu durumda,
okunan değerler, birimin iç işleyişinin kendisine atadığı her şeyi geçersiz kılacaktır.
Bir Bandın atama süreleri arasında mevcut dt'den daha büyük bir boşluk olduğu durumlarda, atamalar
hala yapılmış; ancak bu, Periyodik kaynaklar için geçerli değildir (esas olarak performans için
nedenleri).

SİNAPS BİRLEŞTİRME

Birleştirilmiş sinapslar, aynı parametrelere ve aynı kaynağa sahip olanlardır.
Birleştirme, sapma oranı başına, S değişkeninin yeniden hesaplanma sayısını azaltır
döngü başına aynı parametrelerle; ayrıca barındırılan sinapslar için entegrasyon
vektör, daha fazla performans kazancına uyacak şekilde küçültülür.

Birleşme aynı kaynaktan gelen iki sinaps arasında otomatik olarak gerçekleşir.
parametre atamaları, özdeş oldukları bulunmuştur (sinaptik ağırlıklar dikkate alınmadan).
Tersine, kullanıcı bir parametreyi farklı bir birleşik sinapsla değiştirdiğinde
bu parametrenin diğerlerindeki değerinden, o sinaps bağımsız hale gelir.

Bir sinaps birimlerinin etiketinin, kaynağın etiketinden dinamik olarak oluşturulduğuna dikkat edin.
noktalı virgül ve mevcut hedef sayısı. Birleşmenin bir başka sonucu da şudur:
aynı şekilde etiketlenmiş birden fazla sinaps birimi olabilir (dolayısıyla
bir sinaps, kaynağını ve hedefini belirtmeniz gerekir).

Komut satırı seçeneği -nc birleştirmeyi devre dışı bırakmak için kullanılabilir.

onworks.net hizmetlerini kullanarak cnrun'u çevrimiçi kullanın