CombineMUMs - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mummer - çoklu genomların dizi hizalaması için paket

SİNOPSİS

mummer-açıklama
BirleştirMUM'lar
dnadiff [seçenekler]veya [seçenekler]-d<deltadosya>
tam tandemler
boşluklar
harita görünümü [seçenekler]<koordinatlardosya>[UTRkodlar][CDSkodlar]
mgap'ler [-NS][-F][-l][-S]
maskeli oyuncu [seçenekleri]
mumya arsası [seçenekler]<eşleşmedosya>
sayı [seçenekler]
sayı2xfig
söz sahibi [seçenekler]
tekrar maç [seçenekler]
koş-mummer1 <fastareferans><fastasorgu>[-R]
koş-mummer3 <fastareferans><çok-fastasorgu>
hizalar [seçenekler]<refkimlik><Qrykimlik>

Girdi, üzerinde geçirilen "nucmer" veya "promer" programının .delta çıktısıdır.
Komut satırı.

Çıktı stdout içindir ve sorgu ile referans arasındaki tüm hizalamalardan oluşur.
komut satırında tanımlanan diziler.

NOT: Varsayılan olarak sıralama yapılmaz, bu nedenle hizalamalar,
NS giriş.
gösteri kodları [seçenekler]
gösteri-snps [seçenekler]
gösterişli döşeme [seçenekler]

TANIM

SEÇENEKLER

Tüm araçlar (boşluklar hariç) -h, --help, -V ve --version seçeneklerine olduğu gibi uyar
beklemek. Bu yardım mükemmel ve bu kılavuz sayfalarını temelde geçersiz kılıyor.
BirleştirMUM'lar MUM'ları birleştirir maçları uçlara ve MUM'lar arasına uzatarak.
referans dizisinin bir fasta dosyasıdır. bir multi-
referansla eşleşen dizilerin fasta dosyası

-D Sadece fark konumlarını stdout için çıktı
ve karakterler
-n Yalnızca nükleotitler, yani ACGT'ler arasındaki eşleşmelere izin ver
-N num Break eşleşmeleri veya daha fazla ardışık ACGT olmayan
-q etiketi Sorgu eşleşmesini etiketlemek için kullanılır
-r etiketi Referans eşleşmesini etiketlemek için kullanılır
-S Dizelerdeki tüm farklılıkları çıktıla
-t Etiket sorgusu, sorgu fasta başlığıyla eşleşir
-v num Ekstra çıktı için ayrıntılı düzeyi ayarla
-W dosyası witherrors.gaps varsayılan çıktı dosya adını sıfırlayın
-x .cover dosyalarının çıktısını alma
-e Hata oranı kesmesini e olarak ayarlayın (ör. 0.02 yüzde ikidir)
dnadiff Nucmer ve ilişkili öğeleri kullanarak iki dizi setinin karşılaştırmalı analizini çalıştırın.
Önerilen parametrelere sahip yardımcı programlar. Daha ayrıntılı bilgi için MUMmer belgelerine bakın
çıktının açıklaması. Aşağıdaki çıktı dosyalarını üretir:

.report - Hizalamaların, farklılıkların ve SNP'lerin özeti
.delta - Standart sayısal hizalama çıktısı
.1delta - delta filtresinden 1'e 1 hizalama -1
.mdelta - delta filtresinden M'den M'ye hizalama -m
.1koordinatlar - gösteri kodlarından 1'e 1 koordinatlar -THrcl .1delta
.mcoords - gösteri kodlarından M-to-M koordinatları -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta'dan gelen SNP'ler
.rdiff - show-diff -rH .mdelta'dan sınıflandırılmış referans kesme noktaları
.qdiff - show-diff -qH .mdelta'dan sınıflandırılmış qry kesme noktaları
.unref - Hizalanmamış referans kimlikleri ve uzunlukları (varsa)
.unqry - Hizalanmamış sorgu kimlikleri ve uzunlukları (varsa)

ZORUNLU:
referans Giriş referansı çoklu FASTA dosya adını ayarlayın
sorgu Giriş sorgusu çoklu FASTA dosya adını ayarla
or
delta dosyası Nucmer'dan filtrelenmemiş .delta hizalama dosyası

SEÇENEKLER:
-d|delta Analiz için önceden hesaplanmış delta dosyası sağlayın
-h
--help Yardım bilgilerini görüntüleyin ve çıkın
-p|prefix Çıktı dosyalarının önekini ayarlayın (varsayılan "out")
-V
--version Sürüm bilgilerini görüntüleyin ve çıkın

harita görünümü
-h
--help Yardım bilgilerini görüntüleyin ve çıkın
-m|mag Şeklin oluşturulduğu büyütmeyi ayarlayın,
bu, oluşturmak için kullanılan fig2dev için bir seçenektir.
PDF ve PS dosyaları (varsayılan 1.0)
-n|num Bölümlemek için kullanılan çıktı dosyalarının sayısını ayarlayın.
çıktı, bu çok fazla dosya oluşturmaktan kaçınmak içindir.
görüntülenecek büyük (varsayılan 10)
-p|prefix Çıktı dosyası önekini ayarlayın
(varsayılan "PROMER_graph veya NUCMER_graph")
-v
--verbose İşlenen dosyaların ayrıntılı günlüğü
-V
--version Sürüm bilgilerini görüntüleyin ve çıkın
-x1 koordinatı Ekranın alt koordinat sınırını ayarlayın
-x2 koordinatı Ekranın üst koordinat sınırını ayarlayın
-g|ref Giriş dosyası 'mgaps' tarafından sağlanıyorsa,
referans dizisi kimliği (ilk sütunda göründüğü gibi)
UTR/CDS kod dosyası)
-I Sorgu dizilerinin adını görüntüle
-Ir Referans genlerin adını göster
maskeli oyuncu Yeterince uzun olan tüm öğelerin konumlarını ve uzunluğunu bulun ve çıktısını alın (stdout'a).
içindeki bir alt dizenin maksimum eşleşmeleri ve

-mum, her iki dizide de benzersiz olan maksimum eşleşmeleri hesaplar
-mumcand, -umreference ile aynı
-mumreference, benzersiz olan maksimum eşleşmeleri hesaplar
referans dizisi, ancak mutlaka sorgu dizisinde değil
(Varsayılan)
-maxmatch, benzersizliğine bakılmaksızın tüm maksimum eşleşmeleri hesaplar
-n yalnızca a, c, g veya t karakterleriyle eşleşir
büyük veya küçük harf olabilirler
-l bir eşleşmenin minimum uzunluğunu ayarla
ayarlanmazsa, varsayılan değer 20'dir.
-b ileri ve geri tamamlayıcı eşleşmelerini hesapla
-r sadece ters tamamlayıcı eşleşmeleri hesaplar
-s eşleşen alt dizeleri gösterir
-c bir ters tamamlayıcı eşleşmenin sorgu konumunu bildir
orijinal sorgu dizisine göre
-F, sayısı ne olursa olsun 4 sütun çıktı biçimini zorlar
referans dizisi girişleri
-L, başlık satırındaki sorgu dizilerinin uzunluğunu gösterir
rahibe
nucmer, iki çoklu-FASTA girişi arasında nükleotit hizalamaları oluşturur
Dosyalar. İki çıktı dosyası oluşturulur. .cluster çıktı dosyası listeleri
her dizi arasındaki eşleşme kümeleri. .delta dosyası aşağıdakileri listeler:
maksimum puanlama üreten eklemeler ve silmeler arasındaki mesafe
Her dizi arasındaki hizalamalar.

ZORUNLU:
Referans Giriş referansı çoklu FASTA dosya adını ayarlayın
Sorgu Giriş sorgusu çoklu FASTA dosya adını ayarlayın

--mum Her iki referansta da benzersiz olan bağlantı eşleşmelerini kullanın
ve sorgu
--mumcand --mumreference ile aynı
--mumreference Referansta benzersiz olan bağlantı eşleşmelerini kullanın
ancak sorguda benzersiz olması gerekmez (varsayılan davranış)
--maxmatch Benzersizlikleri ne olursa olsun tüm bağlantı eşleşmelerini kullan

-b|breaklen Bir hizalama uzantısının yapmaya çalışacağı mesafeyi ayarlayın
pes etmeden önce zayıf puanlama bölgelerini genişlet (varsayılan 200)
-c|mincluster Bir eşleşme kümesinin minimum uzunluğunu ayarlar (varsayılan 65)
--[no]delta Delta dosyasının oluşturulmasını aç/kapat (varsayılan --delta)
--depend Bağımlılık bilgilerini yazdırın ve çıkın
-d|diagfactor Kümeleme diyagonal fark ayırma faktörünü ayarlayın
(varsayılan 0.12)
--[no]extend Küme genişletme adımını değiştir (varsayılan --extend)
-f
--forward Sorgu dizilerinin yalnızca ileri sarmalını kullanın
-g|maxgap Bir dizideki iki bitişik eşleşme arasındaki maksimum boşluğu ayarlayın.
küme (varsayılan 90)
-h
--help Yardım bilgilerini görüntüleyin ve çıkın
-l|minmatch Tek bir eşleşmenin minimum uzunluğunu ayarlayın (varsayılan 20)
-o
--coords Orijinal NUCmer1.1 kodlarını otomatik olarak oluşturur
'show-coords' programını kullanarak çıktı dosyası
--[no]optimize et Hizalama puanı optimizasyonunu değiştir, yani bir hizalama varsa
uzantı bir dizinin sonuna ulaşırsa, geriye doğru gidecektir.
sonlandırmak yerine hizalama puanını optimize etmek için
dizinin sonunda hizalama (varsayılan --optimize)
-p|prefix Çıktı dosyalarının önekini ayarlayın (varsayılan "out")
-r
--reverse Sorgu dizilerinin yalnızca ters tümleyenini kullanın
--[no]basitleştirme Gölgeli kümeleri kaldırarak hizalamaları basitleştirin. Dönüş
bu seçenek, bir diziyi bakmak için kendisine hizalıyorsa kapalıdır.
tekrarlar için (varsayılan --simplify)

söz sahibi
promer, iki çoklu-FASTA DNA girişi arasında amino asit hizalamaları oluşturur
Dosyalar. İki çıktı dosyası oluşturulur. .cluster çıktı dosyası listeleri
her dizi arasındaki eşleşme kümeleri. .delta dosyası aşağıdakileri listeler:
maksimum puanlama üreten eklemeler ve silmeler arasındaki mesafe
Her dizi arasındaki hizalamalar. DNA girişi 6'nın tümüne çevrilir.
çıktıyı oluşturmak için okuma çerçeveleri, ancak çıktı koordinatları
orijinal DNA girişini referans alın.

ZORUNLU:
Referans Giriş referansı multi-FASTA DNA dosyasını ayarlayın
Sorgu Giriş sorgusu multi-FASTA DNA dosyasını ayarlayın

--mum Her iki referansta da benzersiz olan bağlantı eşleşmelerini kullanın
ve sorgu
--mumcand --mumreference ile aynı
--mumreference Referansta benzersiz olan bağlantı eşleşmelerini kullanın
ancak sorguda benzersiz olması gerekmez (varsayılan davranış)
--maxmatch Benzersizlikleri ne olursa olsun tüm bağlantı eşleşmelerini kullan

-b|breaklen Bir hizalama uzantısının yapmaya çalışacağı mesafeyi ayarlayın
pes etmeden önce zayıf puanlama bölgelerini genişletmek,
amino asitler (varsayılan 60)
-c|mincluster Bir eşleşme kümesinin minimum uzunluğunu ayarlar.
amino asitler (varsayılan 20)
--[no]delta Delta dosyasının oluşturulmasını aç/kapat (varsayılan --delta)
--depend Bağımlılık bilgilerini yazdırın ve çıkın
-d|diagfactor Kümeleme diyagonal fark ayırma faktörünü ayarlayın
(varsayılan .11)
--[no]extend Küme genişletme adımını değiştir (varsayılan --extend)
-g|maxgap Bir dizideki iki bitişik eşleşme arasındaki maksimum boşluğu ayarlayın.
amino asitlerle ölçülen küme (varsayılan 30)
-l|minmatch Tek bir eşleşmenin amino cinsinden ölçülen minimum uzunluğunu ayarlayın
asitler (varsayılan 6)
-m|masklen Amino cinsinden ölçülen maksimum kitap ayracı maskeleme uzunluğunu ayarlayın
asitler (varsayılan 8)
-o
--coords Orijinal PROmer1.1 ".coords" dosyasını otomatik olarak oluşturur
"show-coords" programını kullanarak çıktı dosyası
--[no]optimize et Hizalama puanı optimizasyonunu değiştir, yani bir hizalama varsa
uzantı bir dizinin sonuna ulaşırsa, geriye doğru gidecektir.
sonlandırmak yerine hizalama puanını optimize etmek için
dizinin sonunda hizalama (varsayılan --optimize)

-p|prefix Çıktı dosyalarının önekini ayarlayın (varsayılan "out")
-x|matrix Hizalama matrisi numarasını 1 [BLOSUM 45] olarak ayarlayın,
2 [BLOSUM 62] veya 3 [BLOSUM 80] (varsayılan 2)
tekrar maç Tüm maksimum tam eşleşmeleri bul
-E Eşleşmeleri bulmak için kapsamlı (yavaş) aramayı kullanın
-f Yalnızca ileri sarmal, ters tamamlayıcı kullanmayın
-n # Minimum tam eşleşme uzunluğunu # olarak ayarlayın
-t Yalnızca çıkış tandem tekrarları
-V # Ayrıntılı (hata ayıklama) yazdırma düzeyini # olarak ayarlayın
hizalar
-h Yardım bilgilerini görüntüle
-q Hizalamaları sorgu başlangıç ​​koordinatına göre sıralayın
-r Hizalamaları referans başlangıç ​​koordinatına göre sıralayın
-w int Ekran genişliğini ayarlayın - varsayılan 60'tır
-x int Matris türünü ayarlayın - varsayılan 2'dir (BLOSUM 62),
diğer seçenekler arasında 1 (BLOSUM 45) ve 3 (BLOSUM 80) bulunur
not: sadece amino asit hizalamaları üzerinde etkisi vardır
gösteri kodları
-b Üst üste binen hizalamaları eşleşme konumundan bağımsız olarak birleştirir
veya çerçeve ve herhangi bir kimlik bilgisi göstermez.
-B Çıktıyı btab formatına çevirin
-c Çıktıya yüzde kapsam bilgisini dahil et
-d Hizalama yönünü ek olarak görüntüleyin.
FRM sütunları (promer için varsayılan)
-g Kullanımdan kaldırılmış seçenek. Lütfen bunun yerine 'delta filtresi' kullanın
-h Yardım bilgilerini görüntüle
-H Çıktı başlığını yazdırma
-Ben yüzer Görüntülenecek minimum kimlik yüzdesini ayarlayın
-k Çakışan hizalamalar (görüntüleme)
%50'den fazla farklı bir çerçevede başka bir hizalama
uzunluklarının VE daha küçük bir yüzde benzerliğine sahip
veya diğer hizalamanın boyutunun %75'inden küçükse
(yalnızca promer)
-l Çıktıya dizi uzunluğu bilgisini dahil edin
-L uzun Görüntülenecek minimum hizalama uzunluğunu ayarlayın
-o İki dizi arasındaki maksimum hizalamalara açıklama ekleyin, yani
referans ve sorgu dizileri arasındaki örtüşmeler
-q Çıktı satırlarını sorgu kimliklerine ve koordinatlarına göre sıralayın
-r Çıkış satırlarını referans kimliklerine ve koordinatlarına göre sıralayın
-T Çıktıyı sekmeyle ayrılmış biçime geçir

Girdi, üzerinde geçirilen "nucmer" veya "promer" programının .delta çıktısıdır.
Komut satırı.

Çıktı stdout'tur ve bir koordinatlar listesinden, yüzde özdeşliğinden ve diğer
olarak kullanılan .delta dosyasında yer alan hizalama verileriyle ilgili yararlı bilgiler
giriş.

NOT: Varsayılan olarak sıralama yapılmaz, bu nedenle hizalamalar bulunduğu gibi sıralanır
içinde giriş.
gösteri-snps
-C Belirsiz bir hizalamadan gelen SNP'leri rapor etmeyin.
eşleme, yani yalnızca [R] ve [Q]'nun bulunduğu SNP'leri rapor edin
sütunlar 0'a eşittir ve bu sütunların çıktısını almaz
-h Yardım bilgilerini görüntüle
-H Çıktı başlığını yazdırma
-İndelleri rapor etmiyorum
-l Çıktıya dizi uzunluğu bilgisini dahil et
-q Çıktı satırlarını sorgu kimliklerine ve SNP konumlarına göre sıralayın
-r Çıkış satırlarını referans kimliklerine ve SNP konumlarına göre sıralayın
-S Geçerek hangi hizalamaların raporlanacağını belirtin
stdin'e 'show-kodları' satırları
-T Sekmeyle ayrılmış biçime geç
-x int Çevreleyen SNP bağlamının x karakterini
çıkış, varsayılan 0

Girdi, komuta geçirilen nucmer veya promer programının .delta çıktısıdır.
hattı.

Çıktı stdout'tur ve SNP'lerin (veya amino asit ikamelerinin) bir listesinden oluşur.
promer) pozisyonlar ve diğer faydalı bilgilerle. Çıktı, varsayılan olarak -r ile sıralanır
ve [BUFF] sütunu her zaman konumları sıralanmış olan diziye atıfta bulunacaktır.
Bu değer, bu SNP'den en yakın uyumsuzluğa olan mesafeyi belirtir (hizalama sonu,
indel, SNP, vb) aynı hizadayken [DIST] sütunu mesafeyi belirtir
bu SNP'den en yakın dizi sonuna kadar. [R] ve [Q] sütunlarının olduğu SNP'ler
0'dan büyük olması, bu sütunların sayısını belirttiği için dikkatle değerlendirilmelidir.
bu konumla örtüşen diğer hizalamalar. SNP'lerin yalnızca şuradan bildirilmesini sağlamak için -C'yi kullanın.
benzersiz hizalama bölgeleri

gösterişli döşeme
-a Sekmeyle ayrılmış alanları yazdırarak döşeme yolunu tanımlayın.
bölge koordinatlarını stdout'a hizalama
-c Referans dizilerinin dairesel olduğunu varsayalım ve
kökeni yaymak için kiremitli contigs
-g int Kümelenmiş hizalamalar arasındaki maksimum boşluğu ayarlayın [-1, INT_MAX]
-1 değeri sonsuzluğu temsil eder
(sayı varsayılanı = 1000)
(promer varsayılanı = -1)
-i float Minimum özdeşlik yüzdesini döşemeye ayarla [0.0, 100.0]
(sayı varsayılanı = 90.0)
(promer varsayılanı = 55.0)
-l int [-1, INT_MAX] raporu için minimum bitiş uzunluğu ayarla
-1 değeri sonsuzluğu temsil eder
(ortak varsayılan = 1)
-p file Sorgunun sözde molekülünü 'dosya'ya çıkar
-R Rastgele yerleştirerek tekrarlayan contig'lerle uğraşın
kopya konumlarından birinde (-V 0 anlamına gelir)
-t dosyası Her sorgu dizisinin bir TIGR stili contig listesi çıktısı alın
referansla yeterince eşleşen (dairesel olmayan)
-u dosyası Sekmeyle ayrılmış hizalama bölgesi koordinatlarının çıktısını alın
'dosya' için kullanılamayan contig'lerin
-v float Minimum bitişik kapsamını döşemeye ayarla [0.0, 100.0]
(sayı varsayılanı = 95.0) tek tek hizalamaların toplamı
(promer varsayılanı = 50.0) sintenik bölgenin kapsamı
-V şamandıra Minimum bitişik kapsama farkını ayarla [0.0, 100.0]
yani bir hizalamayı belirlemek için gereken fark
başka bir hizalamadan 'daha iyi'
(sayı varsayılanı = 10.0) tek tek hizalamaların toplamı
(promer varsayılanı = 30.0) sintenik bölgenin kapsamı
-x XML contig'ini yazdırarak döşeme yolunu tanımlayın
bilgileri stdout'a bağlama

Girdi, nucmer programının .delta çıktısıdır, çok benzer dizi verileri üzerinde çalışır veya
promer programının .delta çıktısı, farklı dizi verileri üzerinde çalışır.

Çıktı stdout içindir ve her hizalama sorgusunun tahmini konumundan oluşur
referans dizileriyle eşlendiği gibi contig. Bu koordinatlar,
contig'in yalnızca belirli bir yüzdesi gerçekte olduğunda bile, tüm sorgu contig'i
hizalanmış ( -a seçeneği kullanılmadığı sürece). Sütunlar, referansla başlar, referansla biter, mesafe
sonraki bitişik, bu bitişikliğin uzunluğu, hizalama kapsamı, kimlik, yönlendirme ve kimlik
respectivamente.

onworks.net hizmetlerini kullanarak CombineMUM'ları çevrimiçi kullanın